افزایش تعداد پست‌های معاونت از 5 به 7
بر اساس ساختار جدید سازمانی وزارت علوم و صدور حکم «معاونت وزیر» برای رؤسای سازمان امور دانشجویان و سازمان پژوهش‌های علمی و صنعتی، تعداد پست‌های معاونت وزیر در این وزارتخانه افزایش و تعداد آن از 5 به 7 رسید.
بر اساس بند دال ماده 29 قانون مدیریت خدمات کشوری آمده است: هر کدام از وزارتخانه‌ها و سازمان‌های مستقل که تحت نظر معاون رئیس جمهور اداره می‌شوند، می‌توانند حداکثر5 معاون و سایر مؤسسات دولتی حداکثر 3 معاون یا عناوین مشابه در ساختار تشکیلاتی خود پیش بینی کنند.
متناسب با حجم کار و تنوع وظایف و تعداد پست‌های سازمانی هر معاون می‌تواند حداکثر 5 مدیر کل یا مدیر یا رئیس یا عناوین مشابه داشته باشد. پست‌های مدیریتی مورد نیاز حوزه وزیر یا رئیس مؤسسات دولتی از سرجمع پست‌های مدیریتی مذکور در این بند تامین خواهد شد.
گفته می‌شود فرآیند پیش بینی شده در تبصره 3 ماده 57 قانون برنامه پنجم کشور و اخذ مصوبه هیئت وزیران برای افزایش تعداد معاونت‌های وزارت علوم در دست تکمیل بوده و به زودی به پایان می‌رسد.
در تبصره 3 ماده 57 قانون برنامه پنجم کشور ذکر شده است: در دستگاه‌هایی که از ادغام دو یا چند دستگاه تشکیل می‌شوند و نیز در موارد خاص با تصویب هیئت وزیران، رعایت سقف تعداد معاونت‌های دستگاه، مندرج در قانون مدیریت خدمات کشوری ضروری نیست.
تشکیل معاونت جدید حقوقی و امور مجلس
در ساختار سازمانی جدید وزارت علوم، دفتر امورحقوقی و مجلس این وزارتخانه ارتقاء یافته و به معاونت حقوقی و امور مجلس متشکل از سه دفتر حقوقی، امورمجلس و تنقیح قوانین تبدیل شده است.
معاونت آموزشی کوچکتر شد
با استقلال مرکز نظارت و ارزیابی آموزش عالی از معاونت آموزشی، این معاونت در ساختار جدید شامل سه دفتر برنامه‌ریزی آموزش عالی، گسترش آموزش عالی و آموزش عالی غیردولتی است.
مدیریت دفتر نظارت و ارزیابی آموزش عالی بر عهده رضا عامری است که با توجه به تغییر ساختاری اتفاق افتاده تا کنون خبری از صدور حکم جدید وی توسط وزیر علوم منتشر نشده است.
در مقابل دبیرخانه هیئت مرکزی جذب اعضای هیئت علمی، ارتقاء یافته و جای خود را به مرکز جذب اعضای هیئت علمی داده است.
دو معاونت ادغام شدند، یک سازمان تشکیل شد
یکی از تفاوت‌های اساسی ساختار جدید سازمانی وزارت علوم دولت دهم نسبت به شرایط این وزارتخانه در دولت قبلی، تشکیل «معاونت پژوهش و فناوری» از ادغام دو معاونت مستقل پژوهشی و فناوری است.
همچنین در این ساختار همانگونه که بسیار در این زمینه گفته و نوشته شده است، معاونت دانشجویی ارتقاء پیدا کرده و در قالب سازمان امور دانشجویان فعالیت خود را ادامه داده است.