به همین دلیل وی تحصیلات اولیه را در همان شهر آغاز کرد و در 17 سالگی برای ادامه تحصیل به حوزه علمیه اصفهان رفت که حوزه‌ای بزرگ بود، او 7 سال نزد شیخ محمدباقر اصفهانی، روحانی با نفوذ اصفهان که حدود اسلامی را در آن شهر اجرا می‌کرد، زندگی کرد و از او فقه را فراگرفت.
مرحوم نائینی در اصفهان همچنین در محضر استادانی چون جهانگیرخان قشقایی و شیخ محمدحسن هزارجریبی و آقانجفی اصفهانی فلسفه و کلام خواند. وی در سال 1303 هجری قمری برای تکمیل تحصیلات حوزوی به عراق رفت و پس از توقفی کوتاه در نجف برای شرکت در درس میرزای شیرازی به سامرا رفت و مدت 10 سال در این حوزه مقیم شد.
او در آن جا علاوه بر میرزای شیرازی صاحب فتوای معروف تحریم تنباکو، نزد مجتهدان بزرگی چون سید اسماعیل صدر و سید محمد فشارکی اصفهانی فقه و اصول را آموخت.
در سال 1316 هجری قمری به نجف بازگشت و در زمره شاگردان برجسته آخوند خراسانی قرار گرفت. وی در این دوران از یک سو با نهضت تنباکو آشنا شد و از اندیشه‌های سیاسی سیدجمال آگاهی یافت و از سوی دیگر با حضور در حلقه شاگردان آخوند خراسانی در زمره مشاوران استاد در زمینه انقلاب مشروطه قرار گرفت تا جایی که مقام و موقعیت انشاءکننده اعلامیه‌ها و فتواهای سه مجتهد تراز اول نجف درباره انقلاب مشروطه را پیدا کرد، جایگاهی که هوشمندی و درک بالای سیاسی آیت الله نائینی و موقعیت علمی و فقهی وی را در این زمان که هنوز در مقام مرجعیت قرار نداشت، مشخص می‌کند.
آیت‌الله محمد حسین نائینی
*نقل ماجرای عنایت امام زمان(عج) توسط میرزا نائینی
به مناسبت سالروز ولادت این عالم بزرگ شیعی، خاطره‌ای از زبان ایشان درباره عنایت امام عصر(عج) به برادرش، در ادامه می‌آید:
عالم صالح، میرزا محمد حسین نائینى اصفهانى فرمود: برادرى به نام میرزا محمد سعید دارم که در حال حاضر مشغول تحصیل علوم دینى است، حدود سال 1285، دردى در پایش ظاهر شد و پشت قدمش ورم کرد به طورى که آن پا کج و از راه رفتن عاجز شد.
میرزا احمد طبیب، پسر حاج میرزا عبدالوهاب نائینى را براى درمان و معالجه آوردند و اثراتى هم داشت، یعنى کجى پشت پا برطرف و ورم خوابید و پراکنده شد.
چند روزى که گذشت، ماده بین زانو و ساق نمایان شد و پس از چند روز، یکى دیگر در همان پا و در ران و یکى هم در میان کتف تا آن که همه آنها زخم شد و درد شدیدى پیدا کرد.
آنها را معالجه کردند تا همگى باز شدند و از آنها چرک مى‌آمد، نزدیک یک سال یا بیشتر مشغول معالجه بود و به انواع معالجات متوسل شد، ولى هیچ یک از آن زخم‌ها بهبود نیافت و بلکه هر روز بر جراحت افزوده مى‌شد و در این مدت طولانى قادر نبود پا را روى زمین بگذارد.
بنابراین او را براى رفتن از جایى به جایى بر دوش مى‌کشیدند و به خاطر طول مدت مرض، مزاجش ضعیف و از کثرت خون و چرکى که از آن دمل‌ها و جراحات خارج شده بود، جز پـوست و استخوان چیزى برایش باقى نمانده بود.
به همین جهت کار بر پدرمان سخت شد، زیرا به هر نوع معالجه‌اى که اقدام مى‌کرد، جز بیشتر شدن جراحت و ضعف حال و قوا اثرى نداشت، کار آن زخم‌ها هم به جایى رسید که اگر دست بر روى یکى از آنها مى‌گذاشتند، چرک و خون از دیگرى راه مى‌افتاد.
در آن ایام وباى شدیدى در نایین پیدا شده بود، ما از ترس وبا به روستایى از دهات اطراف پناه برده بودیم، در آن جا مطلع شدیم که جراح حاذقى به نام میرزا یوسف در روستایى نزدیک قریه ما منزل دارد، پدرم شخصى را نزد او فرستاد و او را براى معالجه حاضر کردند.
وقتى برادر مریضمان را بر او عرضه داشتند، قدرى ساکت ماند تا آن که پدرم از نزد او خارج شد، من با یکى از دایى‌هایم بـه نـام حاج میرزا عبدالوهاب، پیش او ماندیم.
مدتى با او نجوا کرد و من از مضمون صحبت‌ها فهمـیدم کـه بـه او خبر یأس مى‌دهد و از من مخفى مى‌کند که مبادا به مادرم بگویم و ایشان مضطرب شوند، در این جا پدرم به اتاق برگشت.
آن جراح گفت: من اول مبلغ را مى‌گیرم بعد شروع به معالجه مى‌کنم، هدفش از این سخن آن بود که ایشان از پرداخت آن مبلغ که خیلى زیـاد بـود، خوددارى کند تا همین بهانه‌اى براى او باشد و برود.
ایشان هم از دادن آنچه پیش از معالجه خواسته بود، امتناع کرد، جراح فرصت را غنیمت شمرد و به روستاى خود مراجعت کرد، پدر و مادر هر دو فهمیدند که این کار جراح به سبب ناامیدى و عجز او از معالجه بوده است و با آن مهارت و استادى که دارد، نمى‌تواند کارى انجام دهد، لذا از برادرم مأیوس شدند.
من دایى دیگرى به نام میرزا ابوطالب داشتم که در غایت تقوا و صلاح بود و در نایین مشهور بود که استغاثه به امام عصر حضرت حجت ارواحنافداه را براى مردم نوشته و خیلى سریع الاجابه است، مردم در شداید و بلاهای زیاد به او مراجعه مى‌کردند، مادرم از او خواهش کرد تا براى شفاى برادرم رقعه استغاثه‌اى بنویسد.
روز جمعه‌اى رقعه را نوشت و مادرم آن را گرفت و برادرم را برداشت و به نزد چاهى که نزدیک قریه ما بود، رفتند. برادرم در حالى که دستش در دست مادرم بود، آن رقعه را در چاه انداخت و در این جا براى هر دو رقت قلبى پیدا شد و بسیار گریستند، این جریان در ساعت آخر روز جمعه اتفاق افتاد.
چند روزى گذشت من در خواب دیدم که سه نفر سوار بر اسب به هیئت و شمایلى که در واقعه اسماعیل هرقلى نقل شده، از صحرا رو به خانه مى‌آیند، در همان حال، واقعه اسماعیل به خاطرم آمـد و چون در آن روزها از قضیه او مطلع شده بودم، خصوصیاتش در نظرم بود.
متوجه شدم آن سوارى که جلوى همه است، حضرت حجت(عج) است و ایشان براى شفاى برادر مریضم آمده‌اند، او هم در بستر خود، در فضاى خانه و بر پشت خوابیده یا تکیه داده بود، چنانچه در آن ایام معمولاً بـه یکى از این دو حالت بـود.
حضرت حجت(عج) نزدیک آمدند و در دست مبارک نیزه‌اى داشتند، آن نیزه را در موضعى از بدن او گذاشتند (گویا کتف او بود) و فرمودند: برخیز که دایى‌ات از سفر آمده است، من آن طور فهمیدم که منظور حضرت از این جمله، بشارت رسیدن دایى دیگرم به نام حاج میرزا على‌اکبر است .
ایشان به سفر تجارت رفته و سفرش طول کشیده بود و به خاطر طول مسافرت و دگرگونى روزگار، از قبیل قحط و گرانى شدید، نگران او بودیم، وقتى حضرت نیزه را بر کتف او گذاشتند و آن سخن را فرمودند، برادرم از رختخواب خود برخاست و با عجله به طرف در خانه، براى استقبال از دایى‌مان رفت.
در همین جا من از خواب بیدار شدم، دیدم فجر طلوع کرده و هوا روشن و هنوز کسى براى نماز صبح برنخاسته است، بلند شدم و پیش از آن که لباس رسمی بپوشم، پیش برادرم رفتم و او را از خواب بیدار کردم و گفتم: حضرت حجت(عج) تو را شفا دادند برخیز و دستش را گرفتم و او را برداشتم، او هم سر پا ایستاد.
در این جا مادرم از خواب برخاست و صدا زد: چرا او را بیدار کردى؟ (این اعتراض به خاطر آن بود کـه برادرم از شدت درد اکثر شب بیدار بود و اندک خوابى در آن حال، غنیمت به شمار مى‌رفت) گفتم: حـضرت حجت (عج) او را شفا داده‌اند.
وقتى او را سر پا نگه داشتم، شروع به راه رفتن در فضاى حجره کرد، در حالى که همان شب قدرت گذاشتن پا بر زمین را نداشت و نزدیک یک سال یا بیشتر همین طور بود، به طورى که اگر مى‌خواست به جایى برود، باید او را حمل مى‌کردند.
به هر حال این حکایت در آن قریه منتشر شد و همه خویشان و آشنایانى که بودند، جمع شدند تا او را ببینند، چـون باور نمى‌کردند، من هم خواب را نقل مى‌کردم و از این که بشارت شفایش را داده‌ام، خوشحال و مسرور بودم، چرک و خون در همان روز قطع شد و زخم‌ها قبل از تمام شدن هفته، التیام پیدا کردند، از طرفى پس از چند روز دایى ما، میرزا على‌اکبر، با دست پر و سلامت از سفر تجارت برگشت.