پدرش سید اسماعیل به قولی در 1229 ق در بهبهان به دنیا آمد و پس از طی دروس مقدماتی در زادگاهش به نجف رفت و از محضر استادانی چون شیخ مرتضی انصاری، صاحب «جواهر» و شیخ حسن آل کاشف الغطاء بهره گرفت و در 1287 ق به درخواست ناصرالدین شاه به تهران آمد و به تدریس علوم دینی و امامت جماعت پرداخت و ظاهراً مقلدانی نیز داشت.
وی در 1295 ق در تهران درگذشت و جنازه‌اش به نجف حمل و در صحن علوی به خاک سپرده شد.
سید عبدالله در نجف پس از گذراندن دوره مقدماتی، سطوح عالی را نزد عالمان نامداری چون شیخ مرتضی انصاری، حاج میرزا حسن شیرازی، حاج سید حسین کوه کمری و شیخ راضی نجفی فرا گرفت و به اجازه اجتهاد نایل آمد. در 1295 ق به تهران بازگشت و به جای پدر نشست و وارث مناصب دینی و جایگاه اجتماعی پدر شد.
*روحانی که به نهضت تنباکو نپیوست؛ اما به مشروطه پیوست
نخستین بار که نام او در تاریخ تحولات سیاسی به میان آمد در ماجرای تحریم تنباکو در سال 1309 ق بود. بنا به نوشته برخی منابع بهبهانی در تحریم تنباکو با سایر علما همراهی نداشت و در مجلس دعوت سفارت عثمانی بی محابا در حضور روحانیون و دعوت شدگان سیگار کشید و حرمت تحریم را شکست و در پاسخ اعتراض چند نفر از روحانیون با صراحت گفت «من مجتهدم و به تکالیف شرعی خود آشنا می‌باشم» و صریحآً فتوا داد که قرارداد انحصار توتون و تنباکو مفید است و استعمال توتون و تنباکو هم منع شرعی ندارد.
همراهی نکردن سید عبدالله با مخالفان قرارداد تنباکو سبب گردید که از اعتبار او در میان مردم کاسته شود. از این تاریخ بهبهانی مورد توجه بیشتر صدراعظم امین السلطان قرار گرفت و رابطه دوستانه آنها مستحکم گردید.
چنان که در طول صدارت اتابک، دعاوی دولتی عمدتاً به بهبهانی ارجاع می‌شد و این امر در حد خود به تثبیت وضع اجتماعی و منزلت سیاسی و حتی تقویت بنیه مالی وی کمک می‌کرد. در رجب 1321 بر اثر فشارهای داخلی و خارجی اتابک مجبور به استعفا و خروج از ایران شد و عین‌الدوله جانشین وی شد.
گرچه بهبهانی از صدارت او ناراضی بود، مخالفت علنی از خود نشان نمی‌داد. در مقابل، عین‌الدوله که بهبهانی را طرفدار امین‌السطان می‌دانست، سعی کرد با ایجاد اختلاف میان بهبهانی و همتایان او، شیخ فضل الله نوری و سید ابوالقاسم امام جمعه، بهبهانی را منزوی کند.
در پی انتشار عکس مسیو نوز بلژیکی وزیر کل گمرکات ایران، در یک مجلس با لماسکه با لباس روحانیون در محرم 1323، بهبهانی بر منبر رفت و عکس نوز را به مردم نشان داد و خواستار اخراج و تنبیه او شد. از این پس بهبهانی مبارزه تمام عیار را با حکومت استبدادی تدارک دید و با ارسال پیام‌هایی برای چهار مجتهد تهران از آنها یاری خواست که از میان ایشان، فقط سید محمد طباطبایی دعوت او را پذیرفت و چندی بعد در 25 رمضان 1323 در منزل طباطبایی پیمان همبستگی و همراهی این دو مجتهد با یکدیگر استوار شد. اهمیت این پیمان به حدی بود که کسروی آن را آغاز جنبش مشروطه خوانده است. در این ایام مظفرالدین شاه در اروپا به سر می‌برد.
*مظفرالدین شاه فرمان مشروطه را پذیرفت
با بازگشت شاه به کشور حوادثی رخ داد که زمینه اعتراض مردم و روحانیت را نسبت به دولت گسترش داد و با کنار رفتن عین الدوله و انتخاب مشیرالدوله به صدراعظمی، شاه در 14 جمادی الثانیۀ 1324 فرمان مشروطه را صادر کرد.
پس از انتخابات، در 18 شعبان مجلس شورای ملی افتتاح گردید. با اینکه طبق متمم قانون اساسی علما نمایندگانی در مجلس داشتند، اما بهبهانی و طباطبایی به عضویت مجلس در نیامدند، ولی در جلسات آن شرکت می‌کردند و بسیار فعال بودند. چند روز پس از افتتاح مجلس، مظفرالدین شاه درگذشت و محمد علی میرزا به عنوان پادشاه مشروطه در مجلس سوگند یاد کرد.
*رویداد مهم مجلس اول تدوین قانون اساسی بود
از رویدادهای مهم مجلس اول تدوین قانون اساسی بود. شیخ فضل الله نوری اصرار داشت که قانون اساسی و دیگر امور مملکتی باید کاملاً با شریعت اسلام منطبق باشد؛ اما کسانی از نمایندگان مجلس و یا بیرون از آن اساساً با آمیختن شریعت و قانون و مشروطیت مخالف بودند، در حالی که بهبهانی و طباطبایی مخالفتی با انطباق قوانین با شریعت نداشتند؛ حتی پیشنهاد تفویض اختیار به علما برای رد مصوبات مجلس در صورت عدم انطباق با شریعت را تأیید و تصویب کردند. به تدریج مخالفتهای شیخ فضل الله نوری افزون شد و موجب جدایی کامل مشروطه خواهان از شیخ فضل الله گردید.
*محمد‌علی شاه مجلس را به توپ بست
محمد علی شاه که سلطنت خود را در خطر می‌دید در 23 جمادی الاولی 1326 به قزاقان تحت فرمان لیاخوف روسی دستور داد مجلس را به توپ بستند.
بهبهانی به دستور شاه به عتبات تبعید شد. از آنجا که حاکم خانقین با ورود بهبهانی به خاک عثمانی مخالفت کرد، سید به کرمانشاه بازگشت و مدت هشت ماه در روستای بزهرود تحت نظر قرار گرفت، سپس با اجازۀ دولت به عتبات رفت.
پس از فتح تهران توسط مشروطه خواهان و سقوط محمد علی شاه، یک روز قبل از افتتاح مجلس دوم در ذیقعدۀ 1327، در میان استقبال بی‌نظیر مردم و با کمال احترام وارد تهران شد.
سید عبدالله بهبهانی در مسیر بازگشت از تبعید عراق به تهران وقتی به راونج در نزدیکی‌های قم رسید با فرزندش سید محمد بهبهانی ملاقات کرد، در آنجا به فرزند خویش گفته بود: «تو زنده ماندی و شیخ را در تهران به دار زدند و این ثلمه را به اسلام وارد ساختند؛ چرا نرفتی بند دار را بگیری و به گردن خود اندازی که این ننگ برای اسلام پیش نیاید و این لطمه و سکته به مشروطیت ایران وارد نشود».
*ترور روحانی اعتدال‌گرا توسط افراطیون غرب‌گرا
در مجلس دوم که نمایندگان به دو گروه تندرو و میانه رو تقسیم شدند، بهبهانی به حمایت از میانه روان برخاست و در شرایطی که دامنه اختلافات دو گروه گسترش روز افزون یافته بود و بهبهانی نفوذ قابل توجهی پیدا کرده بود، تندروان کمر به قتل او بستند و در 8 رجب 1328، در خانه خود به دست چهار نفر مسلح به قتل رسید و گفته شد افرادی نظیر سید حسن تقی زاده در این توطئه دست داشته‌اند. جنازه‌اش به سال 1332 ق به نجف حمل و در صحن علوی دفن گردید.