آخوندی به‌عنوان یکی از منتقدان همیشگی طرح مسکن مهر، بر این باور است اگر برنامه‌هایش به‌طور کامل اجرا می‌شد، مسکن به وضعیت کنونی گرفتار نمی‌شد. وی معتقد است که اهداف طرح مسکن مهر تغییر کرده و این اقشار متوسط بوده‌اند که از قبل این طرح صاحبخانه شده‌اند نه دهک‌های کم‌درآمد جامعه.
در ادامه بخشی از اظهارنظرهای وی در خصوص مسکن، طرح مهر و اقدامات انجام شده و نشده در این بخش آمده است؛
*مسکن در ایران ابزار حفظ قدرت پول است دلایلی خارج از بخش دارد و نمی‌توان آن را در اقتصاد مسکن پیدا کرد. دلیل این موضوع، بیشتر مربوط به اقتصاد سیاسی است.
نمونه مسکن مهر را نمی‌توان هیچ‌جای دنیا پیدا کرد. یک اسم من‌درآوردی که نمی‌توان نمونه آن را در سایر کشورها به‌روشی که اجرا شد، مشاهده کرد.
*دو اشتباه در طرح مسکن مهر رخ داد. یکی اینکه روش تأمین منابع مالی هدف کاملاً ضدهدف بود. دیگری آنکه نظام بانکی کشور متوقف شد و به‌یک‌نحوی بانکها تعهدی را که در قبال سپرده مردم داشتند، انجام ندادند.
*ظاهراً مسئله دولت نهم این بوده که می‌خواسته برای دهک‌های پایین جامعه با توجه به اینکه شعارش «دولت عدالت‌محور» بود اقدام به تهیه مسکن کند. اما با توجه به اینکه دولت بیشتر تصمیم می‌گیرد تا اینکه فکر کند این طرح کارایی لازم را نداشت.
*اکثر واحدهای طرح مهر در حال حاضر به‌دلیل نداشتن خدمات زیربنایی و روبنایی قابلیت سکونت را ندارند. اقدامات دولت در این بخش با سیاست اصل 44 مغایرت کاملی دارد.
در سال‌های اخیر به‌مرور زمان بخش خصوصی در حال خروج از بازار مسکن بوده و می‌توان گفت دولت جای این بخش را گرفته است، افزایش قیمت‌های مسکن به‌دلیل کم‌رنگ شدن حضور بخش خصوصی در ساخت‌وسازهاست.
*عرضه و تقاضا در بازار مسکن باید با همدیگر تناسب داشته باشند. فرض کنید که تقاضای زیادی برای اتومبیل است (که هست) نمی‌توانیم یک گاری عرضه کنیم و بگوییم عرضه زیاد شده است.
*بزرگترین مسئله طرح مهر این است که روش انتخاب شده بر خانه‌دار کردن با اهداف آن سازگار نبود. به‌نظرم مسکن مهر کانون بحران‌های اجتماعی آینده خواهد بود. این جدی‌ترین مسئله طرح مسکن مهر است که باید از همین امروز سیاست‌مداران درباره آن چاره‌اندیشی کنند.
*دولت نهم و دهم در حد ستاد تبلیغات باقی ماند، یعنی بیش از اینکه بخواهد یک برنامه توسعه ملی تعریف کند بیشتر به‌دنبال یک‌سری اهداف تبلیغاتی بود.
*اولین راهکار حل مشکل تاریخی مسکن آن است که هدف را درست انتخاب کنیم. حل مسئله مسکن، توزیع جمعیت و مسئله شهرنشینی راهکارهای مخصوص خود را نیز می‌طلبد.
*در طرح پاک به‌دنبال آن بودیم که عرضه و تقاضا با سازوکار بازار مسکن صورت گیرد. قرار نبود جای مردم بنشینیم و بگوییم با چه معماری خانه‌ها ساخته شود.
*استقبال مردم از طرح‌های پاک و مسکن اجتماعی خیلی زیاد بود، یادم هست در آن زمان ضریب پس‌انداز توسط مردم چند صد برابر شد.
*18 سال پیش همه به‌دنبال خانه‌های ویلایی بودند. 16 سال پیش اصلاً بحث آپارتمان‌نشینی رایج نبود. اگر اکنون آپارتمان‌نشینی رایج شده نتیجه همان اقدامات است.
مبتکر طرح پاک (پس‌انداز، انبوه‌سازی، کوچک‌سازی) همواره بر محور قرار دادن مردم و بخش خصوصی در بخش مسکن تاکید دارد. حال باید دید گزینه نهایی پیشنهادی وزارت راه و شهرسازی دولت یازدهم در صورت کسب رای اعتماد نمایندگان مجلس چگونه می‌تواند از پس مشکلات عدیده بازار مسکن برآید.
آیا دومین وزیر راه و شهرسازی ایران می‌تواند مسکن را از یک کالای سرمایه‌ای جذاب به یک کالای مصرفی تبدیل کند؟ گذشت زمان مشخص می‌کند عباس احمد آخوندی چه برنامه‌ای برای مسکن ایران دارد.