وی با اشاره به برنامه‌های پیشنهادی میلی‌منفرد اظهار داشت: در این برنامه‌ها در حدود 14 مورد از مبانی بسیار اساسی مورد نیاز وزارت علوم صحبتی به میان نیامده است.
عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس ارتقای کیفی علوم انسانی و حمایت مالی از پژوهش‌های تقاضا محور را از جمله آن 14 مورد برشمرد و افزود: پیشرفت‌های علمی کشور که باعث شده امروز دشمن مقابل ما بایستد در برنامه‌های وزیر پیشنهادی در بخش حمایت مالی از پژوهش‌های تقاضا محور لحاظ نشده است.
بشیری تامین و پرداخت هزینه ثبت اختراعات را از جمله دیگر مواردی عنوان کرد که در برنامه وزیر پیشنهادی، علوم، تحقیقات و فناوری ذکر نشده گفت: برقراری بیمه تامین اجتماعی نخبگان و خانواده‌های آنان از دیگر موارد است که باید مورد توجه قرار گیرد، اجرای سند راهبردی سطح شاخص توسعه انسانی و تاسیس دانشگاه در مناطق آزاد تجاری و صنعتی از دیگر مواردی است که در این برنامه لحاظ نشده است.
بشیری عدم توجه به کرسی‌های آزاداندیشی را دیگر ضعف برنامه‌های میلی‌منفرد عنوان کرد و گفت: حال که حماسه سیاسی محقق شده بنا به توصیه رهبر معظم انقلاب باید به سمت مباحث علمی و اقتصادی حرکت کنیم.
عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس با بیان اینکه دانشگاه‌ها اتاق جنگ نیستند، یادآور شد: ما آزادی‌های بی منطق را فراموش نکردیم که باعث شد دانشگاه تهران اتاق جنگ شود؛ آنگاه مقابل این دانشگاه چادرهایی نصب شده بود که کمک‌های نقدی در آن جمع‌آوری می‌شد و سپس کمک‌ها به ضدانقلاب رسانده می‌شد و همان ضدانقلاب جوانان خوب این کشور را سرمی‌برید.
بشیری با بیان اینکه جعفر میلی‌منفرد در سال 88 در تحصن اساتید دانشگاه‌ها نقش محوری داشت، تصریح کرد: وی در تحصن اساتید و دانشجویان شرکت کرده است که فیلم آن نیز موجود است.
وی اضافه کرد: من از اتاق فرمان تقاضا می‌کنم که فیلم را نشان دهند؛ البته باید بگویم این مسائل باعث بازداشت وی می‌شود. در فیلم مذکور که در صحن علنی مجلس پخش شد فردی در حال سخنرانی می‌گوید من پیشنهاد اکید دارم فردا صبح ساعت 9 به دانشگاه تهران بروید. اگر راه ندادند به همین جا می‌آییم ساعت 11 طبق برنامه. همه منسجم بروید دانشگاه تهران. همه اساتید و هر که را می‌شناسید در سطح دانشگاه تهران مطلع کنید»
«در موبایل هر کدامتان چند تا حرف دیگر. از همه بخواهید که به دیگران هم اطلاع دهند فردا صبح ساعت 9 دانشگاه تهران. پس از پخش این فیلم‌ها چند عکس نیز که به گفته بشیری در زمان حضور میلی‌منفرد در تجمعات و تحصنات سال 88 گرفته شده در صحن علنی مجلس پخش شد.
وی درباره تصاویر و فیلم پخش شده در مجلس اظهار داشت: فیلم و سه عکس است که نشان دهنده حضور میلی‌منفرد در این برنامه‌هاست.
این نماینده مردم در خانه ملت امضای اعلامیه‌ای که در آن بحث انتخابات مهندسی شده مطرح شده بود را از دیگر فعالیت‌های وزیر پیشنهادی علوم در سال 88 برشمرد و تصریح کرد: امروز مردم نسبت به ایجاد تشنج در دانشگاه‌ها احساس نگرانی دارند؛ باید نسبت به این موارد حساس بود و من قضاوت را به نمایندگان واگذار می‌کنم.
وی با بیان اینکه سبقه سیاسی جعفر میلی‌منفرد بسیار پررنگ است، اظهار داشت: با توجه به حساسیت‌هایی که امروز در مباحث علمی وجود دارد همه باید مراقبت کنیم تا دانشگاه‌ها به سمت پوچ نرود، برای پیشرفت همه‌جانبه کشور همگان باید تلاش کنند.
این نماینده مجلس با اشاره به سخن مقام معظم رهبری درباره رای نمایندگان به وزیر صالح گفت:وزیر صالح باید دارای شایستگی‌های فراوانی باشد، البته وزیر باید درک صحیحی هم از وزارتخانه داشته باشد تا بتواند مجموعه را به صورت درست مدیریت کند.
وی در پایان با اشاره به سخنان علی مطهری که در موافقت با وزیر پیشنهادی علوم اظهار نظر کرد، گفت: آقای مطهری شما هنوز درد یتیمی از چهره‌تان پاک نشده است، توطئه دشمن امثال مطهری‌ها را از ما گرفته پس باید بسیار دقت کنیم.