پیش از شمخانی، سعید جلیلی از سال 86 تا 92، علی لاریجانی از سال 84 تا 86 و حجت الاسلام حسن روحانی از سال 68 تا 84 به عنوان دبیر شورای عالی امنیت ملی فعالیت داشته اند.
طی دو حکم از سوی رییس چمهور، شمخانی به سمت دبیر شورای عالی امنیت ملی و ابتکار به سمت ریاست سازمان محیط زیست منصوب شدند.