توفیقی از افراد نقش‌آفرین در فتنه 88 بود؛ میلی‌‌منفرد وزیر پیشنهادی سابق وزارت علوم به خاطر حضور در جلسه‌ای که جریان فتنه در آن تجمع کرده بودند رأی اعتماد مجلس را کسب نکرد این در حالی است که توفیقی در آن جلسه سخنرانی کرده و فیلم این سخنرانی نیز موجود است از این رو مجلس حتماً عکس‌العمل نشان می‌دهد.
همچنین گفته می‌شود عملکرد توفیقی در مدت سرپرستی وزارت علوم و قلع و قمع نیروهای ارزشی در دانشگاه‌ها موجب شده که مجلس به آقای توفیقی رأی اعتماد ندهد.