وی حدود ساعت ده و نیم شب گذشته، در محله فاتح استانبول با تک گلوله ضاربی نا‌شناس به سرش کشته شد.
هواداران قوتف مقامات تاجیکستان را مسئول این قتل خوانده‌اند، ولی منابع نزدیک به دولت این ادعا را رد می‌کنند.
این بازرگان تاجیک، «امامعلی رحمان» رئیس‌جمهور تاجیکستان را به استبداد و فساد متهم می‌کرد.
حکومت تاجیکستان با طرح اتهام فساد مالی علیه عمرعلی قوتف قصد داشت او را، که در تبعیدی خودخواسته به سر می‌برد، بازداشت کند. البته تلاش‌های تاجیکستان برای استرداد وی به نتیجه نرسید.
یکی از نزدیکان عمرعلی قوتف گفت که او و خانواده‌اش پس از شام خوردن با یک هموطن تاجیک خود مسموم شده بودند و می‌خواستند به بیمارستان بروند که عمرعلی قوتف مورد سوءقصد قرار گرفت.
همسر و پسران وی نیز در اثر مسمومیت در بیمارستانی در وضع وخیم قرار دارند.
پلیس ترکیه اظهار نظری درباره سوءقصد به جان عمرعلی قوتف نکرده اما سخنگوی دادستان تاجیکستان اعلام کرد که اطلاعاتی در این زمینه دارد، هرچند که جزئیات بیشتری ارائه نداد.