تصویری معروف از آیت‌الله هاشمی در زندان ساواک/برخی مورخان می‌گویند اسفندماه 43 در روزهایی که هنوز شکنجه عمومی نشده بود، شیخ اکبر سخت‌ترین شکنجه‌های دوران مبارزاتش را تجربه کرد. شکنجه‌ای که جای جای بدنش را مجروح کرد و او را با پایی شکسته و عفونی راهی بیمارستان. پس از آزادی از زندان به همان راه پیشین رفت و طعم چندین زندان دیگر را هم چشید.
وصف‌های شنیدنی از استقامت‌هایش در زندان وجود دارد؛ حسین شریعتمداری از مهمترین و سرسخت‌ترین منتقدان دوران پایانی زندگی ایشان، در توصیف یکی از این مقاومت‌ها می‌گوید: "یک بار در اتاق بازجویی خودم را به بیهوشی زده بودم تا ماموران شکنجه دست از سرم بردارند. در آن حال متوجه شدم آقای هاشمی رفسنجانی را به اتاق شکنجه آوردند. ایشان را قبلاً در جلسات دیده بودم و می‌شناختم. ازغندی، شکنجه‌گر معروف، دستگاه فرنچ (وسیله‌ای که دور گردن قرار می‌گرفت و با پیچاندن پیچ، هر لحظه محکم‌تر می‌شد و راه تنفس را می‌بست) را دور گردن آقای هاشمی قرار داد و آن را پیچاند. من از زیر چشم شاهد صحنه بودم. ازغندی به حدی فرنچ را پیچاند که آقای هاشمی درحال خفه شدن بود. همزمان با این شکنجه، ازغندی فحاشی هم می‌کرد. بعد گفت: تو چرا برای خمینی تبلیغ می‌کنی. ازغندی در حالی که باز هم فرنچ را محکم می‌کرد به هاشمی گفت: دیگر از این کارها نکن و بعد از لحظاتی فرنچ را باز کرد. به محض اینکه فرنچ باز شد، آقای هاشمی گفت: «باز هم از این کارها می‌کنم.» این رفتار هاشمی برای من خیلی روحیه‌بخش بود."
تصویری از حسین شریعتمداری در زندان ساواک/ او از منتقدان سرسخت بسیاری از سیاست‌های آیت‌الله هاشمی در دوران ریاست‌جمهوری و پس از آن است؛ با این حال رویت و روایت‌های او از مقاومت‌های آیت‌الله در زندان ساواک خواندنی است
او همواره در متن سیاست، یک بازیگر بسیار مهم و کم نظیر بود؛ حضور دائمی‌اش در مرکز میدان سیاست و اثرگذاری کم و بیش اما مداوم او، از آیت‌الله شخصیت کم‌نظیری ساخته است. بسیاری از کارشناسان و مردم او را به مرد پیچیده حوزه سیاست می‌شناسند؛ در واقع او به اندازه خود سیاست، پیچیده بود و همین پیچیدگی و بعضاً پارادوکسیکال بودن سیاست‌ورزی‌اش سبب شده که درگذشت او با ابهام بسیاری از صاحب‌نظران و مردم برای ارائه یک مفهوم مشترک و اجماعی از او توام باشد. سیطره‌ی این «عدم قطعیت» از همان شب اول درگذشت ایشان در شبکه‌های اجتماعی و بعضی رسانه‌ها واضح و روشن است.
فی‌الحال مهمترین پرسش پیش روی ناظران آن است که واقعیّت آیت‌الله هاشمی کدام است؟ بویژه آنکه او در دسته‌بندی‌های موجود در امر سیاسی نقل‌مکان‌های قابل توجهی داشته است. روزگاری یک شخصیت درجه اول در جناح راست به شمار می‌رفته و سالهای سال و بویژه پس از دوم خرداد 76 آماج هجمه‌های گروه موسوم به اصلاح‌طلبان بود، اما مدتی بعد جزو مشایخ و مراجع آنها شده است. ضدانقلاب در برهه‌های بسیاری شب و روز به او به مثابه یک نماد غیرقابل کتمان برای انقلاب اسلامی تاخته و حتی حکم بازداشتش را هم صادر کرده، اما در برهه‌ای دیگر به پوشش مبلغانه مواضع او همت گماشته است. از یک سو می‌گوید عشقش آیت‌الله خامنه‌ای است و هیچ دو نفری در زیر آسمان ایران نزدیک‌تر از آن دو به یکدیگر نیستند و او در نهایت مطیع ایشان است، اما از دیگر سو اختلافنظرهای بعضاً آشکار و جدی‌اش با رهبر انقلاب، غیرقابل انکار است.
آیت‌الله هاشمی سرلیست جناح راست در انتخابات مجلس ششم/او روزگاری یک چهره محوری در جناح راست بود؛ اردوگاه سیاسی او بعدها دچار تغییر اساسی شد
این زوایای متقابل و ظواهر پارادوکسیکال، تحلیلها و نتیجتاً ارائه یک تفسیر قطعی درباره ایشان را برای بسیاری دچار مشکل کرده است. او نهایتاً متعلق به کدام جریان سیاسی است؟ تبلیغ رسانه‌های معارض نظام از بعضی مواضع آیت‌الله هاشمی رفسنجانی چه معنایی می‌تواند داشته باشد؟ بویژه آنکه همین سال گذشته بی‌بی‌سی فارسی به نوعی لیست انتخاباتی تنظیم شده توسط آیت‌الله برای خبرگان را هم تبلیغ و ترویج و برای رای نیاوردن رقبایش تلاش کرده است. میزانسن ارتباط او با ضدانقلاب را چگونه می‌توان ترسیم کرد و چه قضاوتی درباره آن می‌توان کرد؟ و نهایتاً آنکه داستان اختلافنظرهای او با آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب، با چه تحلیلی می‌تواند رمزگشایی شود؟
رازگشایی از این سوالات از طریق معنابخشی به وقایع مذکور، می‌تواند آیت‌الله هاشمی رفسنجانی را "همانگونه که بود" در دسترس افکار عمومی قرار دهد و سرگشتگی‌ها را بزداید. پاسخ به این سوالات کلان‌ترین مسئله‌ای که حل می‌کند این است که آیا ضدانقلاب از آیت‌الله چیزی به ارث می‌برد؟
1- در پدیدارشناسی جابجایی‌های آیت‌الله هاشمی در دسته‌بندی‌های سیاسی، نزاع بر سر دو گونه «معنابخشی»ست؛ دسته‌ی اول این جابجایی‌ها را دلالتی روشن بر یک «دگردیسی فکری» برای آیت‌الله معنا می‌کند و دسته دوم فارغ از محتوای تفسیرش از این جابجایی‌ها، مهمترین مدعایش رد ادعای دسته اول است.
توضیح بیشتر سوال اینکه مرد همیشه حاضر در صحنه سیاست ایران، پس از گذران دوران حشمت و جلال ریاست‌جمهوری که با جمله معروف "هیچ کس برای من هاشمی نمی‌شود" رهبر معظم انقلاب پایان یافته بود، در دوران دوم خرداد شدیداً منکوب و متهم می‌شود؛ تا جایی که روزنامه صبح امروز با مدیریت سعید حجاریان، دوران دولتداری او را دوره‌ی «هر 40 روز یک قتل مشکوک سیاسی» توصیف می‌کند. اکبر گنجی، قلم به دست آن روزهای اصلاح‌طلبان هم در کتاب مشهور «عالیجناب سرخپوش» که با حمایت‌های دولت اصلاحات روانه‌ی بازار و کتابخانه‌های سراسر کشور می‌شد، می‌نویسد:"هاشمی که انتقادات برخی از مطبوعات را برنمی‌تافت، چگونه اقدامات مهمترین وزارتخانه‌ی خود(وزارت اطلاعات) را نادیده می‌گرفت... ولی همین امر کار دستش داد و منجر به ده‌ها قتل شد.". "خشونت‌ورزان و جنایتکاران عرصه‌ی سیاست در دوره‌ی هاشمی، بدون دغدغه‌ی خاطر و ترس از مکافات دست به جنایات می‌زدند."
نمونه‌ای از مطالب مندرج در کتاب عالیجناب سرخ پوش نوشته اکبر گنجی از فعالان دوم‌خردادی آن روز/ این کتاب با حمایت وزارت ارشاد دولت دوم خرداد روانه بازار و کتابخانه‌ها شده بود
اما همین آیت‌الله هاشمی با همان جریان دوم خرداد سالها بعد موتلف می‌شوند و بویژه در انتخابات مختلف پیوندهای محکمی با یکدیگر برقرار می‌کنند.
برخی بویژه در جناح موسوم به اصلاح‌طلبان، گذر از آن «تخاصم» به این «تفاهم» را ناشی از «دگردیسی فکری» آیت‌الله و تغییر مبنای نگرش او به جهان و سیاست و ماسوای آن تفسیر و تاویل می‌کنند. بویژه با توجه به ریشه‌کردن سکولاریزم در جریان دوم خرداد، شبهه‌ای ظهور می‌کند مبنی بر اینکه آیت‌الله آگاهانه از مبانی دینی به مبانی سکولار تغییر فاز داده است.
مهمترین معارض این تفسیر، شخص آیت‌الله است. اساساً آقای هاشمی خود را فارغ از هرگونه دسته‌بندی و جناح‌بندی‌های سیاسی می‌داند و تلویحاً می‌گوید او خودش است و نه چیز دیگر. او در گفت‌وگویی که خرداد سال 94 با خبرگزاری ایسنا داشته، درباره این تطورات می‌گوید که خصلت اعتدالی خود در عرصه سیاست را از «قرآن» گرفته و با مطالعه به این نظر و عقیده رسیده است. آیت‌الله هاشمی تاکید می‌کند: "اگر می‌بینید بعضی‌ها که قبلاً با من موافق نبودند و حالا همراه شده‌اند، من عوض نشده‌ام، بلکه آنها عوض شدند. زمانی افراط کردند و ضررهایش را دیدند. در جلسات خود هم بحث کردند و فهمیدند که عملکرد آنها اشتباه داشت. اکثراً اعتراف به اشتباه کرده‌اند."(لینک گفتگوی آیت‌الله هاشمی با ایسنا)
به طور کلی موافقان تغییر مبنای آیت‌الله هاشمی هیچ نشانه نظری و شفاهی از ایشان برای ارجاع تفسیر خود ندارند و صرفاً تطورات عملی او را مبنای تحلیل قرار می‌دهند. اما در بین منتقدان سیاست‌ورزی دوران پایانی آیت‌الله هاشمی صاحب‌نظران قابل توجهی هستند که علیرغم انتقاد به آن رفتارها، اما آن را به هیچ روی ناشی از تحول فکری تحلیل نمی‌کنند.
ظهور پدیده احمدی‌نژاد در سال 84 مهمترین عنصر رمزگشا در این دست تحلیل‌هاست که به نظر می‌رسد با در نظر گرفتن جهات گوناگون، به صواب نزدیک‌تر است. به میدان آمدن احمدی‌نژاد در عرصه سیاست، نقطه آغاز پیوند سیاسی آیت‌الله هاشمی با جریان موسوم به دوم خرداد بوده است. در یک سوی این ائتلاف، آیت‌الله هاشمی است که مهمترین هدفش جبران پایگاه اجتماعی آسیب دیده در سال 84 و بازگشت مجدد به سطح بالای قدرت اجرایی است و در دیگر سو، جریان دوم خرداد قرار دارد که برای کسب یک نقطه اتکای مطمئن در هسته مرکزی جمهوری اسلامی نیازمند شخصیتی با اعتبار و سابقه آیت‌الله است. لذا این پیوند با انگیزه‌های «عملگرایانه» برقرار می‌شود و ردی از انگیزه‌ها و تحولات فکری و اندیشه‌ای از هیچ طرف در آن وجود ندارد.
به بیان دیگر، سخن بر سر این نیست که مواضع سیاسی آیت‌الله هاشمی رفسنجانی تغییر نکرده؛ بلکه این چرخش روشن است، اما بحث بر سر این است که این گردش، «مبناگرایانه» و در نتیجه تحولات فکری است یا اصطلاحاً «پراگماتیستی» و عملگرایانه و با انگیزه تجدید قوا برای بازگشت مجدد به سطح بالای قدرت؟ آنچنان که گفته شد، دلالت‌های متقن و نشانه‌های روشن، حالت دوم را تثبیت می‌کند.
احمدی‌نژاد در انتخابات ریاست جمهوری 84 با پیروزی بر آیت‌الله هاشمی رئیس‌جمهور شد؛ این برهه سرآغاز مهمی برای پیوند خوردن عملگرایانه آیت‌الله و گروه موسوم به اصلاح‌طلبان است
2- پوشش برخی مواضع آیت‌الله هاشمی توسط رسانه‌های بیگانه و جبهه معارض در سالهای اخیر روشن است. بویژه آنکه این جریان احتمال می‌داد می‌تواند قطب مخالف نیرومندی در مقابل بالاترین شخصیت مذهبی و سیاسی در جمهوری اسلامی مستقر کند. در غالب تحلیلها و مطالبی که رسانه‌های مذکور درباره آیت‌الله هاشمی منتشر کرده‌اند، علاقه به تاسیس و تقویت این دوقطبی محرز است. همین مسئله موجب شده بود در مواردی، آیت‌الله از جانب برخی دلسوزان و وفاداران به انقلاب مورد نصیحت قرار بگیرد؛ اما مهمتر از آنچه رسانه‌های اپوزیسیون و غربی در این باره علاقه داشته‌اند که رخ بدهد، آنچیزی است که نهایت کار در نفس‌الامر ماجرا رخ داد. بی‌بی‌سی فارسی را می‌توان مهمترین پایگاه رسانه‌ای ضدانقلاب توصیف کرد که با بودجه و پشتیبانی‌های مهم و چندجانبه‌ای که از دستگاه های امنیتی انگلیس و حتی آمریکا می‌شود برای خود شان «مرکزیت» و «محوریت» در این جریان دست و پا کرده است. یکی از آخرین مقالات بی‌بی‌سی فارسی درباره آیت‌الله هاشمی رفسنجانی، نمایانگر برداشت واپسین ضدانقلاب از ایشان است. تیتر این مقاله به خوبی پاسخ به همه سوالات در این حوزه است:"نباید هاشمی را جدی گرفت"
بی‌بی‌سی در این مقاله خود که پس از انتخابات چند ماه پیش رئیس مجلس خبرگان رهبری نوشته و چند ساعت بعد از ارتحال آیت‌الله نیز بازنشر داده شد، ضمن ارائه تصویری از پایگاه سیاسی و اجتماعی آیت‌الله هاشمی، به طور ضمنی به هم‌کیشان خود توصیه کرد که امیدی به آیت‌الله برای پیشبرد اهداف معارضان انقلاب اسلامی در ایران نداشته باشند.
بی‌بی سی، دلبستگی ضدانقلاب به هاشمی برای ایجاد تغییرات مورد پسند آنان در ایران را تقبیح می‌کند و می‌نویسد: "افسانه هاشمی امروز تجلّی رویای تحقق نیافته همان قدرتی است که قرار بود در پی اعتراضات سال 88، مجلس خبرگان را رودرروی آیت‌الله خامنه‌ای قرار دهد."
این تقریباً آخرین نوشته مهم همراه با جمع‌بندی یک رسانه ضدانقلاب، قبل از ارتحال آیت‌الله هاشمی است. بی‌بی‌سی در پایان نوشته خود پا را فراتر گذاشته و تلویحاً می‌نویسد که برای پیشبرد اهداف تقابلی علیه انقلاب اسلامی حتی به مرگ آیت‌الله هاشمی هم نباید دلخوش بود: "شاید کتاب‌های پرحجم خاطرات هاشمی رفسنجانی یک فصل نانوشته دارد، فصلی درباره زندگی پس از مرگ او، مرگی که دیگر شاید اثری در حیات سیاسی و اجتماعی ایران نداشته باشد."
مقاله معروف بی‌بی‌سی درباره آیت‌الله هاشمی/بی‌بی‌سی در این مقاله که آخرین مقاله مهمش درباره آیت‌الله، پیش از درگذشت ایشان، است تلویحاً به اپوزیسیون جمهوری اسلامی توصیه می‌کند که برای تحقق اهدافشان
به آقای هاشمی دل نبندند
3- تحلیل مناسب درباره اختلافنظرهای جناب هاشمی رفسنجانی با رهبر معظم انقلاب اسلامی، هم نیازمند گزینش میان دو معنای متقابل و متخاصم است. دسته اول تحلیلها، تفاوت اجتهادها را دلالتی بر اختلاف‌نظر مبنایی آیت‌الله با رهبر انقلاب می‌داند و نشانه‌ای بر قائل نبودن رئیس فقید مجمع تشخیص مصلحت نظام به مشروعیت تام و تمام سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای برای حضور در جایگاه رهبری. این تفسیر محبوب اپوزیسیون و ضدانقلاب هم هست که ذیل مقالات و گزارش‌های بسیاری سعی کرده‌اند چنین نتیجه‌گیری‌ای در ذهن مخاطبان بسازند. بویژه اینکه جریان مذکور طی سالهای اخیر راهبرد اصلی رسانه‌ای خود در این حوزه را به تاسیس یک دوقطبی میان بیت امام(ره) و بیت رهبری نیز اختصاص داد و بنایش بر آن بود که آیت‌الله هاشمی رفسنجانی را یار وفادار و پیرو دائمی امام خمینی (ره) توصیف و در قطب مخالفش آیت‌الله خامنه‌ای را بنشاند. جمع‌بندی مورد پسند رسانه‌های مذکور آن بود که تلقی شود آیت‌الله هاشمی برای حفظ و تداوم راه امام(ره)، با رهبر معظم انقلاب به اختلاف نظر رسیده و به همین دلیل هر از گاهی به صورت ضمنی و تلویحی با سیاست‌های کلان این روزهای نظام مخالفت جدّی می‌کند.
بدین ترتیب از یک سو در این مسئله که آیت‌الله هاشمی رفسنجانی مرید امام(ره) و مصرّ بر مشروعیت تام و تمام سیاسی و فقهی او بوده، شک و تردیدی روا داشته نمی‌شود اما درباره نسبت او با امام خامنه‌ای شبهه‌افکنی مجاز تلقی و یک رابطه علّی و یا موضوع و محمولی میان اختلاف‌نظر و عدم ارادت و اطاعت برقرار می‌شود.
اما مروری به زندگی آیت‌الله هاشمی رفسنجانی نشان می‌دهد اختلاف نظرهای ایشان با امام(ره) اگر هم‌سنگ و هم‌تراز با برخی اختلافنظرهای او با رهبر فعلی انقلاب اسلامی نباشد، یقیناً عمق و میزانش از این دومی بیشتر هم هست.
تسخیر لانه جاسوسی آمریکا از جمله مواردی است که آقای هاشمی حداقل تا مدتها نظری مخالف امام داشته است. او در این باره با اشاره به اینکه اطاعت اولیه‌اش از امام در موضوع لانه جاسوسی، اطاعت قلبی بوده و نظراً نمی‌توانسته آن را بفهمد، می‌گوید: "جاهایی بود که ایشان تصمیمی می‌گرفتند و ما نمی‌فهمیدیم. بعد می‌دیدیم که حق با ایشان است. معمولا وقتی ایشان چیزی می‌گفتند، ما قلبا اطاعت می‌کردیم..."(بی‌پرده با هاشمی رفسنجانی، قدرت الله رحمانی، تهران، کیهان، 1382، چاپ دوم، صص 42-43)
نمایی از تصویر لانه جاسوسی آمریکا توسط دانشجویان پیرو خط امام(ره)
این واقعه از جمله مواردی است که هاشمی می‌گوید نظراً با امام موافقتی نداشته و اطاعت اولیه‌اش از امام قلبی بوده است
اما مواردی هم هست که آیت‌الله هاشمی تا آخر عمر خویش موضع مخالفت خود با نظر امام را حفظ کرده است. ماجرای منع آیت‌الله بهشتی برای کاندیداتوری در اولین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری توسط امام(ره) از آن جمله است؛ آیت‌آلله هاشمی در گفت‌وگوی سال 82 خود با قدرت‌الله رحمانی که کتاب آن با عنوان "بی‌پرده با هاشمی" توسط انتشارات کیهان منتشر شده، می‌گوید: " مثلا در قضیه جلوگیری از نامزدی شهید بهشتی، ما خیلی مخالف بودیم، ولی آخر هم قانع نشدیم...هنوز فکر می‌کنیم که (تصمیم امام) اشتباه بود"
تصویر جلد کتاب بی‌پرده با هاشمی رفسنجانی؛ آیت‌الله در مصاحبه‌های خود با قدرت‌الله رحمانی به موارد مهمی از اختلاف دیدگاه‌های خود با امام خمینی(ره) اشاره کرده است
اتفاق مهمتر در این زمینه به موضوع قائم مقامی آیت‌الله منتظری مربوط است. در ماجرای این انتصاب توسط مجلس خبرگان وقت، آیت‌الله هاشمی برخلاف نظر امام خمینی(ره) عمل کرده است. آیت‌الله ری‌شهری در خاطرات خود با عنوان «سنجه انصاف» در این زمینه به نقل قولی از مرحوم آیت‌الله محمدی گیلانی ــ که در آن زمان عضو فقهای شورای نگهبان بوده است ــ اشاره کرده است، که آن مرحوم در سخنرانی خود در تاریخ 1379.9.6 در منزل آقای رازینی گفته است: یک روز قبل از مطرح شدن قائم‌مقامی آقای منتظری در مجلس خبرگان (25 تیر 1364) من ضمن تماس با دفتر امام کتباً از ایشان درخواست ملاقات کردم... امام اجازه دادند. خدمتشان رسیدم. گفتم: «فردا قرار است موضوع قائم‌مقامی آقای منتظری در مجلس خبرگان مطرح شود. خواستم به عرضتان برسانم به آقای هاشمی [که در آن موقع رئیس مجلس خبرگان بوده است] بگویید مطرح نشود. من به آقای منتظری ارادت دارم، خدمتشان درس خوانده‌ام، ایشان را عابد و زاهد می‌دانم، ولی این خصوصیات کافی نیست. او از عهده این کار برنمی‌آید...» امام گله‌های سوزانی از آقای منتظری را آغاز کرد که کجا چه کرده و کجا چه. اضافه نمودند: «احمد هم از او دفاع می‌کند. از منزل سیدمهدی هاشمی دست‌نویس‌های او را آورده‌اند. من دیده‌ام نامه‌های آقای منتظری از نوشته‌های مهدی هاشمی الهام گرفته. این را من برای ایشان نوشتم.»... عرض کردم: «بفرمایید که فردا ایشان به‌عنوان قائم‌مقام رهبری مطرح نشود». امام قدری فکر کرد و فرمود: «احمد نیست. شما زحمت بکشید و به آقای هاشمی بگویید بعد از ظهر من ایشان را ببینم». عرض کردم: «بله. اما به آقای هاشمی نفرمایید که من آمدم [و این جریان را به شما گفتم]. به هیچ‌کس نگویید. میترسم مرا هم شمس‌آبادی کنند [که گروه مهدی هاشمی او را کشتند] یا مثل شیخ قنبر در چاه بیندازند». این را که گفتم، امام خندید و سه بار فرمود: «خاطرت جمع باشد»... . رفتم خدمت آقای هاشمی و گفتم صبح خدمت امام رسیدم. کاری داشتم. فرمودند به آقای هاشمی بگویید که من ایشان را ببینم. پس از این ماجرا، روزی آقای هاشمی در حضور جمعی گفت: «من بعدازظهر رفتم خدمت امام. امام فرمودند: «موضوع قائم‌مقامی آقای منتظری را فردا مطرح نکن.» گفتم: «چرا؟ ما در اجلاسیه قبل به آقایان گفته‌ایم که ایشان را به‌عنوان قائم‌مقام مطرح کنیم.» فرمودند: «نه. یکی از دوستان آمده و چنین گفته... .» گفتم: «ما اعلام کرده‌ایم. نمی‌شود.» ... فردای آن روز، آقای هاشمی موضوع قائم‌مقامی آقای منتظری را در مجلس خبرگان مطرح کرد». ری‌شهری سپس اضافه می‌کند: «تأمل در آنچه از آقای محمدی گیلانی نقل کردیم، نشان می‌دهد که امام در مورد طرح قائم‌مقامی آقای منتظری در مجلس خبرگان، در مقابل کاری انجام‌شده قرار گرفته بود... . بی‌تردید اگر [اعضای مجلس] خبرگان نظر امام را می‌دانستند، آقای منتظری را به‌عنوان جانشین او تعیین نمی‌کردند». (ری‌شهری. سنجه انصاف. نشر دارالحدیث. تهران. صفحه 16.)
آیت‌الله هاشمی و آیت‌الله منتظری در محضر امام خمینی(ره)
آیت‌الله محمدی گیلانی می‌گوید درباره انتخاب آقای منتظری به قائم مقامی رهبری، هاشمی کاملاً نظری مخالف امام داشته و علیرغم نهی امام، به آن عمل هم کرده است
موارد دیگری از این دست اختلافنظرهای عمیق آیت‌الله هاشمی با بنیانگذار کبیر انقلاب اسلامی وجود دارد که از جمله آنها به بحث ارتباط با آمریکا مربوط است و در خاطرات آیت‌الله نیز به آن اشاره‌هایی شده است.
با در نظر گرفتن این اختلاف‌نظرها و با لحاظ این اصل موضوعه مورد اتفاق دوست و دشمن که "ارادت و تبعیت آیت‌الله هاشمی از امام خمینی و قائل بودن ایشان به مشروعیت تام و تمام سیاسی و فقهی امام(ره) تشکیک‌ناپذیر است"، مهمترین نتیجه‌گیری حاصل آن است که نمی‌توان اختلاف نظر میان دو شخصیت را به اختلاف بنیادی تحویل داد، بر مبنای آن موج‌سواری کرد و از این اختلاف‌نظرها عدم اعتقاد آقای هاشمی به آیت‌الله خامنه‌ای را نتیجه گرفت.
بویژه آنکه ارادت به آیت‌الله خامنه‌ای و ضرورت اطاعت از ایشان، بارها در سخنرانی‌های آیت‌الله هاشمی تکرار شده و در این بین تعابیری همچون "عشق من آقای خامنه‌ای است" نیز به میان آمده است.
آیت‌الله خامنه‌ای نیز در پیام تسلیت بسیار مهم خود که ساعتی پس از ارتحال آیت‌الله هاشمی منتشر شد نوشته‌اند که" اختلاف نظرها و اجتهادهای متفاوت در برهه‌هایی از این دوران طولانی هرگز نتوانست پیوند رفاقتی را که سرآغاز آن در بین‌الحرمین کربلای معلّی بود به‌کلی بگسلد و وسوسه‌ی خناسانی که در سالهای اخیر با شدت و جدیت در پی بهره برداری از این تفاوت‌های نظری بودند، نتوانست در محبت شخصی عمیق او نسبت به این حقیر خلل وارد آورد."
اتفاق جالب در این بین آن است که آخرین سخنرانی آیت‌الله هاشمی نیز به موضوع تایید آیت‌الله خامنه‌ای اختصاص دارد. ایشان در سخنرانی 10 دی 95 خود بار دیگر به توصیه امام برای جانشینی آیت‌الله خامنه‌ای اشاره و در وصف ایشان نکاتی را بیان می‌کنند.
بنابراین اگر چه بسیاری از دوستان انقلاب دلشان برای هاشمی دهه‌های اول انقلاب بیشتر تنگ شده بود و بخصوص به یاد خطبه‌های ایشان، کام جان از یاد آن دوران شیرین می‌ساختند، اما در مجموع، آیت‌الله هاشمی رفسنجانی شخصیتی است که علیرغم اختلاف نظرها، حیات سیاسی خود را با مبارزه علیه رژیم پهلوی و در خدمت نهضت انقلاب اسلامی آغاز کرد و تا آخر حیات خود نیز درون نظام ماند. موقعیت و مقامش او را همواره در معرض طمع دشمنان انقلاب قرار داد، اما سرانجام همان شد که وصفش رفت؛ ضدانقلاب نهایتاً نه تنها از زنده‌ی او بلکه از ممات او هم قطع امید کرد. آیت‌الله با تمام فراز و فرودش از دنیا رخت بربست، اما هرکه از او ارث ببرد، یقیناً ضدانقلاب از او چیزی به ارث نخواهد برد.