فارغ از انتقادات وارد بر این پروژه نظیر ضرورت‌های دیگر و اولویت‌های اقتصادی مانند حمل و نقل ریلی، انتقادات و ابهامات فراوانی در خصوص قرارداد طرف‌های ایرانی با شرکت‌های ایرباس و بوئینگ وجود دارد که لازم است شفافیت لازم در این خصوص انجام شود.
* ابهام در ساختار و هزینه قرارداد خرید هواپیماها
با وجود ورود اولین هواپیمای ایرباس به کشور، ساختار قرارداد ایران‌ایر با ایرباس همچنان مشخص نیست و فقط از بازه‌های زمانی، 10، 15 و 18 ساله از مدت زمان قرارداد نام برده می‌شود.
آورده ایران‌ایر به عنوان پیش‌پرداخت در این قرارداد که از صندوق توسعه ملی پرداخت خواهد شد بین 15 تا 20 درصد متغیر است.
گمانه‌زنی‌ها درباره قیمت هر فروند از هواپیماهای مختلف با بررسی نرخ‌های ثبت شده در سایت کمپانی ایرباس، ما را به آن رساند که رقم قرارداد 25 میلیارد دلار است در حالی که وزیر راه و شهرسازی رقم 10.5 میلیارد دلار را اعلام کرده است. همچنین پیش از این کمپانی بوئینگ از قرارداد 16.6 میلیارد دلاری با ایران خبر داد اما قائم مقام وزیر راه در امور بین الملل (فخریه کاشان) از تخفیف 50 درصدی از بوئینگ سخن می‌گوید.
اظهارنظرهای مختلف و متناقض طرف‌های ایرانی با یکدیگر و همچنین با طرف‌های خارجی نشان از ساختار هزینه مبهم این قرارداد دارد.
* عدم شفافیت تأمین مالی در قرارداد خرید هواپیماها
یکی از بزرگترین ابهامات موجود در این قرارداد، نحوه تأمین مالی است و هنوز مشخص نیست که مکانیزم تأمین مالی آن چگونه است؛ استفاده از شرکت‌های لیزینگ، اجاره به شرط تملیک و فاینانس بانک‌های اروپایی و چینی از مهمترین روش‌های تأمین مالی این قرارداد‌ها نام برده می‌شود، همین امر نشان می‌دهد که فاینانس و تأمین مالی بین المللی تنها روی کاغذ بوده و تا اجرایی شدن موانع فاصله زیادی دارد و به نظر می‌رسد بیشتر ایده و حرف است تا راهکاری قابل اتکا.
به علت ریسک موجود در این قرارداد‌ها با در نظر گرفتن بدعهدی‌های آمریکا و کشورهای غربی، همچنان از تأمین مالی خارجی خبری نبوده و بانک‌های جهانی با دیده تردید به این امر می‌نگرند و آنچه که از همه نقدتر بوده برداشت از صندوق توسعه ملی است.
* عدم تضمین‌دهی طرف‌های مقابل در قرارداد خرید هواپیماها
پاشنه آشیل قرارداد‌های بین‌المللی کشور ما از گذشته‌های بسیار دور، عدم اخذ تعهد لازم و قابل اتکا در مقابل بدعهدی طرف‌های خارجی است که این امر در برجام هم به خوبی قابل مشاهده است. درباره اخذ تضمین‌های لازم جهت تعهد طرف غربی، نه تنها مسئولان کشور ما حرفی نمی‌زنند حتی مدیران کمپانی سازنده هواپیما نظیر ایرباس هم در این‌باره سکوت می‌کنند که در این‌باره می‌توان به طفره‌رفتن از پاسخ‌دهی مدیر منطقه‌ای ایرباس به خبرنگاران ا‌شاره کرد (در اینجا بخوانید).
محرمانه بودن قرارداد خرید هواپیماها فقط برای مردم و نهادهای نظارتی ایران
یکی از ادعاهای مسئولان از عدم تشریح جزییات قرارداد با ایرباس و بوئینگ، محرمانه بودن آن است، در حالی که این امر بهانه‌ای بیش نیست و تنها توجیهی که می‌تواند داشته باشد این است که قرارداد مطابق با منافع ملی کشور نباشد.
محرمانه بودن در حالتی قابل توجیه است که نگرانی از افشای اطلاعات برای رقیب وجود داشته باشد، جالب آنجا است که تنها رقیب ایرباس در این زمینه شرکت بوئینگ آمریکایی است که طبق گفته ایرباس این شرکت یک نسخه از قرارداد نهایی را برای همه مراجع ممکن آمریکایی از جمله دفتر دولت آمریکا و اوفک (OFAC) برای اخذ تأیید‌های نهایی ارسال کرده است و در صورت استفاده از فاینانس چینی، قرارداد برای آنها نیز افشاء خواهد شد، ظاهرا این قرارداد تنها برای نهادهای نظارتی کشور محرمانه است.
* ضرورت ورود نهادهای نظارتی به قرارداد خرید هواپیماها
از آنجا که این قرارداد، یک قرارداد تعهد‌آور بین‌المللی است، لازم است که مجلس و سازمان بازرسی ورود جدی به این حوزه داشته و جزئیات قرارداد را مورد بررسی و کارشناسی قرار دهند امری که تا کنون نه از سوی مجلس و نه از سوی سازمان بازرسی صورت نگرفته است.