از همان ابتدا دلیل اینکه عضو شورای شهر تهران که به عنوان سرلیست ائتلاف اصلاح طلبان با آرای مردم به عضویت پارلمان شهری تهران در چهارمین دوره این شورا انتخاب شده بود، با ابهاماتی مواجه بود.
برخی به این موضوع فکر می‌کردند که خروج اینچنینی سرلیست ائتلاف اصلاح‌طلبان از شورا، بی‌توجهی به رأی مردم است. اما برخی دیگر هم فرهنگی بودن و علاقه مسجدجامعی به حوزه‌های فرهنگی را دلیل این اقدام وی برمی‌شمردند.
به هر تقدیر این موضوع رسانه‌ای شد و خبر صدور حکم ریاست مسجدجامعی بر کتابخانه ملی منتشر شد، اما ین عضو شورا مطرح کرد که تا سیر قانونی پذیرش استعفایش از شورای شهر به همکاری با شورا ادامه خواهد داد.
نامه استعفای مسجد جامعی در روز دوشنبه اطلاع‌رسانی شد و نکته جالب آنکه همزمانی تاریخ استعفای وی و تحویل آن به دبیرخانه شورای شهر برای برخی فعالان رسانه‌ای قابل توجه بود و حتی درخصوص این همزمانی تاریخ امضای استعفا و تاریخ ثبت در دبیرخانه احتمال شیطنت خبری و جعل این نامه هم مطرح شد اما با توجه به تایید مجدد روابط عمومی شورای اسلامی شهر تهران، این گمانه‌زنی‌ها رد و نامه استعفای احمد مسجدجامعی از شورای شهر تایید شد.
اما دستور کار سیصدو بیست ویکمین جلسه شورای شهر با مواردی از جمله گزارش دبیر دبیران شورایاران منطقه 10، نطق پیش از دستور عباس جدیدی، تقدیم لایحه بودجه سال 96 شهرداری توسط محمدباقر قالیباف و بررسی لایحه اصلاح مفاد برخی از تبصره‌ها و ردیف‌های اعتباری بودجه مصوب سال 95 شهرداری تهران که دارای مصوبه یک فوریتی در جلسه 19دی بود و همچنین بررسی لایحه نظام مدیریت یکپارچه اطلاعات مکانی شهر تهران از جمله مواردی بود که در این دستور کار جلسه روز گذشته بود و نشان‌دهنده حجم زیاد کارهای مورد انتظار برای طرح در این روز کاری بود، منتشر و ابلاغ شده بود.
روز گذشته هم مباحث مطرح شده در شورا به طول انجامید و مباحثی که مطرح شد موجب شد کمبود زمان در جلسه خود را به رخ کشد.
حدود ساعت 12:10 دقیقه احمد مسجدجامعی اقدام به خروج از شورا کرد. در این حین چمران رئیس شورا اشاره کرد که موضوع ایشان مطرح می‌شود. ابوالفضل قناعتی هم اعلام کرد که اگر اعضای شورا اعلام موافقت کنند نیم ساعت وقت شورا تمدید شود.با این وجود توافق عمومی اعضا ایجاد نشد و مسجدجامعی هم صحن شورای تهران را ترک کرد.
مهدی چمران هم در پی این اتفاق در گفت‌وگو با رسانه‌ها توضیحاتی در این خصوص داد.
مهدی چمران، رییس شورای شهر تهران در پایان جلسه شورای شهر (سه‌شنبه) با اشاره به حواشی ایجاد شده در مورد عدم پذیرش استعفای مسجدجامعی گفت: استعفای مسجدجامعی روزگذشته به صورت مکتوب به من واصل شد.
وی افزود: قصد داشتیم این موضوع را در صحن مورد بررسی و رأی‌گیری قرار دهیم اما به دلیل ازدیاد برنامه و دستورات و همچنین ارایه لایحه بودجه، وقت کافی نبود و پیشنهاد دادیم اگر اعضای شورای شهر موافق باشند نیم ساعت اضافه‌تر می‌مانیم تا این موضوع به رأی‌گیری گذاشته شود.
با وجود این توضیحات برخی رسانه‌ها به خبرسازی اقدام کردند و مدعی شدند برخی اعضای شورا هم به همراه مسجدجامعی صحن شورا را ترک کردند. این درحالی است که عملا این اتفاقات همزمان با پایان شورا و آخرین مباحث جلسه بود.
همچنین برخی رسانه‌ها این گمانه‌زنی را منتشر کردند که مهدی چمران تلاش دارد به عمد بررسی استعفای مسجدجامعی را به تاخیر اندازد.
برخی رسانه‌های مجازی هم ادعا کرده‌اند که چمران تلاش دارد موضوع استعفای مسجدجامعی با تاخیر در روزی که جلسه شورا بدون حضور رسانه‌ها و دور از چشم خبرنگاران برگزار می‌شود مطرح شود.
احمد مسجدجامعی روز سه‌شنبه و با اقدام به خروج از صحن شورا بر بروز این حاشیه‌ها دامن زد و شائبه رفتارهای ناسنجیده توسط سرلیست ائتلاف اصلاح‌طلبان شورای شهر تهران را ایجاد کرد.
از وی اظهاراتی هم منتشر شد که این حاشیه‌ها را پررنگ‌تر کرد. برخی رسانه‌ها خبر دادند که مسجد جامعی در مورد خروج خود از شورای شهر گفته است: من عضو 10 ساله شورای شهر هستم و طبیعی است که با چنین برخوردی ناراحت شوم.
مهدی چمران، رئیس شورای شهر تهران هم در پاسخ به برخی ابهامات موجود، از در دستور کار قرار گرفتن بررسی استعفای احمد مسجدجامعی در جلسه روز یکشنبه 3بهمن ماه شورای اسلامی شهر تهران خبر داد.
وی همچنین در خصوص این شائبه که برخی رسانه‌ها ادعا دارند هیات رئیسه شورا تعمد دارد موضوع بررسی استعفای مسجدجامعی در جلسه روز یکشنبه شورا و بدون حضور رسانه‌ها برگزار شود، ضمن بی‌ربط و بی‌منطق دانستن این اظهارنظر رسانه‌ای گفت: موضوع استعفای آقای مسجدجامعی در دستور جلسه یکشنبه شورای شهر در نظر گرفته شده است و اگر ایشان تمایل داشته باشند این موضوع در جلسه سه‌شنبه هفته آینده شورا مطرح می‌شود.