مدارس خودگردان بر اساس مصوبه وزارت کشور قانونی نیست و درس خواندن در این مدارس نیز مورد تایید نخواهد بود. دانش‌‏آموزان غیرمجاز افغانی، امکان تحصیل در مدارس ایران را ندارند.