به گزارش مشرق، سردار مهدی باکری در عملیات بدر ،در روز ۲۵ اسفند ۶۳ بر اثر اصابت تیر مستقیم دشمن به شهادت رسید و هنگام انتقال پیکر مطهرش مورد هدف آرپی جی دشمن قرار گرفت و دریا آرامگاه ابدی‌اش شد. او در هنگام شهادت فرمانده لشکر ۳۱ عاشورا بود.
از شهید مهدی باکری خاطرات متعددی روایت شده است. یکی از این خاطرات مربوط به زمان شهادت برادرش حمید است. چرا که در عملیات خیبر به مهدی باکری خبر داده شد؛ برادرت شهید شده است و می‌خواهیم پیکرش را برگردانیم. ولی مهدی اجازه نداد و از پشت بی‌سیم این جمله تاریخی را به زبان آورد: «همه آن‌ها برادرای من هستند، اگر توانستید همه را برگردانید، حمید را هم بیاورید».
اکنون نامه‌ای که او به فرماندهان گردانش درباره همسان بودن با رزمندگان تحت امرشان نوشته را منتشر می‌کنیم.
در این نامه آمده است:
«بسمه تعالی
قابل توجه کلیه فرماندهان و مسئولین واحدها،
سلام علیکم، گرچه خودتان آشنا به موارد ذیل هستید، ولی چون اکثرا در نامه‌های برادران بسیجی نوشته می‌شود لازم دانستم مجددا متذکر شوم.
۱- بعد از همه نیروها غذا بگیرید، کمتر و دقیقا هم نوع آن‌ها باشد.
۲- در داشتن وسایل چادر و پتو و غیره فرقی با بقیه نداشته باشید.
۳- در داشتن مواد غذایی، کمپوت و میوه و چای و غیره همانند، بلکه کمتر از بقیه باشید.
۴- در گرفتن لباس و پوشاک و کفش کمتر از بقیه داشته باشید.
۵- اولین کسی باشید که در اول وقت در صف مقدم نماز و دعاها می‌باشد.
۶- مراسم بزرگداشت و ترحیم و... برای شخصیت‌ها و شهدا و... بگیرید و فعالانه شرکت کنید.
۷- در توجیه مسائل به نیروها جهت روشن شدن نسبت به مسائل کوتاهی نکنید که عدم توجیه موجب بوجود آمدن خیلی از ابهامات و مشکلات است