رژیم صهیونیستی این حادثه که خشم و انزجار مسلمانان سراسر جهان را به دنبال داشت، به یک جهانگرد یهودی استرالیایی به نام «دنیس مایکل روهان» نسبت داد و صهیونیست‌ها وی را عامل به آتش کشیدن مسجد الاقصی معرفی کردند تا در یک دادگاه نمایشی ابتدا محاکمه و سپس به ادعای اینکه وی بیماری روانی بوده آزاد شود.
حادثه آتش سوزی مسجدالاقصی یک سال پس از تصرف بخش شرقی بیت المقدس توسط نظامیان اشغالگر صهیونیستی در جریان جنگ 6 روزه ژوئن 1967 (خرداد 1346) صورت گرفت.
در آن زمان «گلدا مایر»، از اعضای حزب «عمل» اسرائیل به تازگی و در پی مرگ «لیوی اشکول» به پست نخست وزیری رژیم صهیونیستی رسیده بود.
مایر را باید از جمله سیاستمداران صهیونیستی برشمرد که بر کاوش در بخش‌های زیرین مسجد الاقصی برای یافتن آنچه که «هیکل سلیمان و سایر ابنیه مقدس یهودیان» خوانده شده بود، اصرار می‌کرد.
رژیم صهیونیستی از نخستین روزهای اشغال بیت المقدس اقدامات بی‌شماری را برای از بین بردن آثار و نشانه‌های اسلامی این شهر انجام داده بود که از جمله این اقدامات باید به تعطیل کردن بانک‌های عربی، تخریب خانه‌ها و اماکن اسلامی، افزایش شهرک‌های صهیونیست‌نشین، جمع‌آوری پول‌های عربی و رواج پول اسرائیلی، مجبور کردن اعراب به تعویض شناسنامه‌های عربی و گرفتن شناسنامه‌های اسرائیلی اشاره کرد که همه در راستای هویت‌زدایی از ساکنان مسلمان بیت المقدس صورت می‌گرفت.
در جریان جنگ اول اعراب و اسرائیل و همچنین جنگ 6 روزه رژیم صهیونیستی علیه کشورهای اسلامی چندین بار بیت المقدس توسط جنگنده‌های اسرائیلی بمباران شد و در یکی از این حملات هوایی بود که دروازه مرکزی مسجد الاقصی و یکی از منارهای آن خسارت دید.
از ماه مارس 1968 (اسفند 1346) صهیونیست‌ها به وسیله گروه‌های باستان شناسی و به بهانه کشف آثار معبد سلیمان در اطراف و زیر عمارت مسجد الاقصی دست به کار حفاری شدند و در محیط حرم شریف نیز حفاری‌هایی انجام داده و در بخش زیرین مسجد تونل‌های متقاطعی ایجاد کردند.
هدف از تمام این اقدامات تخریب تدریجی مسجد الاقصی بود تا به جای آن صهیونیست‌ها دوباره معبد یهود موسوم به «هیکل سلیمان» را به جای آن بنا کنند، به همین دلیل باید حادثه به آتش کشیدن مسجد الاقصی را در این راستا و با هدف ویران کردن این بنا ملاحظه کرد.
در ماجرای آتش‌سوزی مسجد الاقصی دست‌کم 200 متر مربع از سقف مسجد به طور کامل ویران شد، گنبد مجسد در 5 نقطه آن سوخت و یکی از آثار مسجد همراه با یک منبر قدیمی با ارزش که هشتصد سال سابقه داشت، طعمه حریق شده و از بین رفت.
این جنایت که خشم مسلمانان جهان را به دنبال داشت، موجب شد تا بسیاری از رسانه‌های کشورهای اسلامی از ضرورت واکنش در برابر اقدامات تجاوزکارانه صهیونیست‌ها سخن بگویند، چون این بزرگ‌ترین جنایت صهیونیست‌ها علیه مسجد الاقصی طی 10 ماهی بود که از تصرف بیت المقدس شرقی توسط آنان می‌گذشت.
شهر بیت المقدس در سال‌های اولیه بعد از رحلت پیامبر اسلام (ص) از سلطه رومی‌ها خارج و به تصرف مسلمانان درآمد. در سال 74 هـ در همان مکانی که پیامبر اسلام به معراج رفتند، مسجد الاقصی بنا گردید.
این مسجد با شکوه، تکامل یافته همان مسجد کوچکی بود که پیشتر نیز در این مکان وجود داشت. سابقه تاریخی و حرمتی که از دیر باز این مکان مقدس داشته و دارد، سبب شد اقدام صهونیست‌ها در آتش زدن مسجد الاقصی به صورت یک فاجعه دینی جلوه کند و واکنش خشمگین همه مسلمانان جهان و جامعه بین المللی را به دنبال داشته باشد.
به دنبال این حادثه کشورهای اسلامی گردهم آمدند تا سازمانی تحت عنوان «سازمان کنفرانس اسلامی» را تاسیس کند و به این ترتیب آتش‌سوزی در مسجد الاقصی یکی از دلایل شکل‌گیری سازمان کنفرانس اسلامی در مهر 1348 بود.
این سازمان یک ماه پس از این حادثه، طی اجلاسی با شرکت سران کشورهای اسلامی در «رباط»، پایتخت مغرب اعلام موجودیت کرد.
شکست اعراب از رژیم صهیونیستی در جنگ 6 روزه که اثرات خرد کننده‌ای در روحیه مردم و بسیاری از دولت‌های اسلامی گذاشته بود، نیاز به تاسیس یک تشکل اسلامی را به روشنی نمایان می‌کرد.
در این جنگ به فاصله 6 روز نظامیان صهیونیست صحرای سینا را از مصر، جولان را از سوریه و کرانه باختری از جمله بخش شرقی بیت المقدس را از اردن جدا کرده و به تصرف خود درآوردند.
تاسیس سازمان کنفرانس اسلامی به عنوان جلوه‌ای از اتحاد و تشکل دولت‌های اسلامی، مرهمی بر این زخم بود.
موجودیت سازمان کنفرانس اسلامی در پایان اولین نشست سران کشورهای اسلامی در سوم مهر 1348 در رباط مغرب اعلام شد. «ملک حسن دوم»، پادشاه پیشین مغرب میزبان اجلاس بود . نکته‌‌‌ای که در این رابطه قابل تامل بود، حمایت کشورهای غربی از برگزاری این اجلاس و اصرار آنها به عدم برگزاری اجلاس اتحادیه عرب بود.
نشست رباط که با سخنان شاه ایران افتتاح شد، حاصل همین نگرش بود. شاه در سخنان خود کلمه‌ای از آتش‌سوزی در مسجد الاقصی به میان نیاورد و تنها کشورهای اسلامی را به تفاهم و همدلی با یکدیگر دعوت کرد.
اجلاس رباط به گونه‌ای اداره شد که در قطعنامه پایانی آن حتی از آوردن کلمه بیت المقدس نیز امتناع و به جای آن از واژه عبری «اورشلیم» استفاده شد. در این کنفرانس حتی پیشنهاد سازمان آزادیبخش فلسطین درباره متشکل شدن کشورهای اسلامی در برابر رژیم صهیونیستی و تحریم این رژیم مجال طرح نیافت و شدیدترین موضع اجلاس رباط علیه رژیم صهیونیستی درخواست از صهیونیست‌ها برای بازگشت به پشت ماورای مرزهای قبل از جنگ ژوئن 1967 بود.