پژوهشکده مهدویت در کتاب «مهدویت، پرسش‌ها و پاسخ‌ها» به برخی از شبهات این گونه پاسخ می‌دهد:
*خانواده امام
آیا حضرت مهدی (عج) ازدواج کرده است و همسر و فرزند دارد؟
درباره ازدواج حضرت مهدی (عج) اختلاف است، بعضی علما از جمله مرحوم محدث نوری (نویسنده کتاب نجم‌الثاقب)، بر این عقیده‌اند که آن حضرت ازدواج کرده و فرزندانی نیز دارد، عمده دلیل این گروه آن است که ازدواج، سنت مؤکد اسلامی است که مورد سفارش پیامبر مکرم (ص) بوده است و حضرت مهدی (عج) از هر شخصی شایسته‌تر است که به سنت پیامبر عمل کند.
در پاسخ می‌گوییم: امام مهدی (عج) در حال حاضر در غیبت به سر می‌برد و این یک حالت استثنایی است که ارتباط ایشان را با مردم محدود می‌کند، بنابراین همین عذر می‌تواند مانع اجرای این سنت نبوی شود؛ زیرا به یقین گاه به دلیل شرایطی خاص، ممکن است حکم واجبی از عهده انسان برداشته شود، چه رسد به مستحبات و سنت‌ها، افزون بر این، ازدواج سنتی نبوی است که باید در طول زندگی انجام گیرد و هیچ اشکالی ندارد که حضرت مهدی (عج) پس از ظهور اقدام به این عمل کند و در این صورت، ترک‌کننده سنت نبوی نیز نخواهد بود، از همین‌جا می‌توان استفاده کرد دعاهایی که در آنها به حضرت و خانواده او اشاره کرده، می‌تواند به دوران ظهور آن بزرگوار مربوط باشد، نه زمان غیبت!
در مقابل این نظریه، دیدگاه دیگری مطرح است که قاطعانه ازدواج حضرت را نفی می‌کند، عمده دلیل ایشان هم این است که لازمه ازدواج حضرت، یا طولانی بودن عمر همسر اوست که دلیلی بر آن نداریم، یا آن که حضرت پس از رحلت همسر، مجبور است با دیگری ازدواج کند، یا به دلیل ازدواج باید فرزندانی داشته باشد که سرپرستی آنها موجب شناخته شدن حضرت شود و....
البته این مطالب هم، سست و بی‌اساس است. ممکن است حضرت در برهه‌‌ای از حیات خود - حتی در غیبت- همسری اختیار کند و آن زن از دنیا برود، در این صورت، ایشان هم به سنت نبوی عمل کرده و هم مشکلات و پی‌آمدهایی برای آن حضرت پیش نیاید.
آیت‌الله صافی می‌گوید: باید متذکر بود که جواب این پرسش در هاله قدس غیبت امام قرار دارد و خفا امر امام (ع) که یکی از نشانه‌ها و خصایص آن حضرت است، در این نواحی نیز اثر گذاشته است، لذا به طور تحقیق و یقین نمی‌توان به آن پاسخ داد؛ چون احادیث و روایات اطمینان بخش در دست نداریم. یا این که به نظر حقیر نرسیده است و اگر در عصر ائمه (ع) و در وقت صدور سایر روایت این گونه پرسش‌ها مطرح شده باشد، شاید بعضی روات احادیث، به حفظ و ضبط احادیث آن همت نگماشته‌اند.
بعضی روایات هم که در دسترس است، با چشم‌پوشی از وضع سند و متون آنها، از جهت اختلاف نسخه ضعیف‌اند، مانند روایت شیخ الطائفه شیخ طوسی که از مفضل بن عمر روایت می‌کند که امام صادق (ع) فرمود: «هیچ یک از فرزندان او و دیگران از محل وی اطلاع ندارند».
اما «الغیبة» نعمانی این حدیث را این چنین روایت کرده است: «... و از جایگاهش هیچ کس از دوست و بیگانه آگاهی نمی‌یابد»، با وجود این اختلاف، یعنی روایت نعمانی به جای وُلده، وَلیِ است و استناد به نقل «الغیبة» شیخ طوسی اطمینان بخش نیست، بلکه نقل «الغیبة» نعمانی از بعضی جهات مانند سند و لفظ حدیث اقرب به اعتبار است.
بعضی روایات دیگر ماندن خبر کمال‌الدین انباری و خبر زین‌الدین مازندرانی قابل استناد نیست و بعضی دیگر مثل فقرات بعضی ادعیه و زیارات نیز صراحت ندارد و قابل حمل بر عصر ظهور است و علاوه بر فرض قبول دلالت، متعرض خصوصیات و تفصیلات نیست، فقط به طور اجمال اهل متزوّج بودن و فرزند داشتن آن حضرت را بیان می‌کنند.
خلاصه سخن آن که اگر چه همسر و فرزند داشتن آن حضرت متحمل است، اما در بررسی اخبار، به حدیث معتبری که موجب اطمینان باشد و خصوصیات متضمن تفاصیل این موضوع باشد، نرسیدیم و دنبال کردن و تعقیب این موضوع لزومی هم ندارد.
بنابراین ما نه دلیلی بر ازدواج حضرت داریم و نه سندی بر ازدواج نکردن او، ضمن این که مبهم بودن این مسئله می‌تواند دارای حکمتی باشد؛ چون در هر صورت مشکلاتی پیش می‌آید.
*پوشش امام
امام زمان (عج) در قبل و بعد از ظهور چه نوع لباسی می‌پوشد؟ آیا لباس امام مثل لباس روحانیون است یا لباس عربی و شال سبز و عمامه سبز بر سر دارند؟
امام در زمان غیبت برای ناشناخته ماندن از لباس‌های مختلف استفاده می‌کند و در لباس‌های متعددی دیده شده‌‌اند، لباس امام مهدی (عج) در زمان ظهور مثل لباس پدران بزرگوارش (ع) و پیامبر اکرم (ص) است. حضرت علی (ع) می‌فرمایند: «به خدا سوگند، گویی او را با چشم خود می‌بینم که وارد مکه شده، در حالی که بُرد پیامبر (ص) بر تن و عمامه‌ای زرد بر سر دارد. کفش‌های پیامبر (ص) اندازه پای اوست...».
*خوراک امام
آیا غذاهای امام زمان (عج) از دنیاست یا بهشت؟
در مورد خوراک ایشان، روایت خاصی نداریم، اما به طور عادی غذای ایشان طبیعی و از دنیاست؛ زیرا سنت و قانون الهی این است که غیر از موارد استثنایی، خلاف قانون عادی جهان آفرینش عمل نشود. پس امام بدن معمولی دارد و از غذای طبیعی استفاده می‌کند؛ هر چند ممکن است در بعضی مواقع، خداوند هدیه‌ای از بهشت برای آن حضرت بفرستد؛ چنان که لطف شامل حضرت مریم (ع) و دیگران نیز شده است.