خواجوی در اواخر عمر می‌گفت: کاری از کتاب‌های پیشینیان در دنیای اسلام نیست که بنده تأملی در آن نکرده و آن را مورد تصحیح یا ترجمه و روان‌نویسی قرار نداده باشم.
او با این‌که می‌توانست صاحب کرسی درس در حوزه‌ها و دانشگاه‌ها باشد، ترجیح می‌داد تا در گوشه‌ای در شهرستان رشت خلوت کند و به تألیف و ترجمه کتاب‌هایی که می‌تواند مورد استفاده قرار گیرد، بپردازد.
پیکر محمد خواجوی شنبه صبح (11 آذرماه) در استان گیلان، شهرستان رشت تشییع می‌شود.