به گزارش مشرق به نقل از تسنیم، متن نامه تاریخی شهید مطهری به حضرت امام خمینی در سال 1356 به شرح ذیل است: 

بسم الله الرحمن الرحیم
«السلام علی مولینا امیرالمومنین و امام متقین قائد الغر المحجلین و السلام علیکم و رحمه الله و برکاته»
استاد و مقتدای بزرگوارم! حوادث ناگوار پی درپی برای اسلام از یک طرف، و روشن بینی ها و اقدامات مثبت و منفی به موقع و صحیح آن استاد بزرگوار از طرف دیگر، موجب شده که روز به روز جدی تر و با خلوص و صمیمیت بیشتر آرزو کنم و از خداوند متعال مصلحت نمایم که وجود مبارک آن رهبر عظیم الشأن را برای همه مسلمانان مستدام بدارد، اللهم آمین. خدا را گواه می گیرم که کمتر اتفاق می افتد که در حال یا مقام و موقف دعایی این وظیفه را فراموش کنم و امیدوارم که مشمول دعوات خیریه شما بوده باشم.
در حدود دو سال پیش از اروپا عریضه ای تقدیم داشتم و مایلم بدانم رسیده یا خیر. در اینجا جریانهای پیچیده و گمراه کننده ای وجود دارد که توجه و آگاهی حضرتعالی ضرورت دارد:
اول اینکه شاید به قدر کافی مستحضر باشید که نفوذ افکار مارکسیستی تا برخی محافل مذهبی و در میان بعضی از دوستانی که انتظار نمی رفت، پیشروی کرده لااقل در حدی که با هرگونه موضعگیری فکری در برابر آنها استناد اینکه فعلا صلاح نیست، مبارزه می شود و حتما به هر وسیله هست باید نظر حضرتعالی وسیله بیت محترم به افرادی که واقعا از این جهت در اشتباهند ابلاغ شود.
جریان دوم جریان به اصطلاح گروه مسمی به «مجاهدین» است. اینها در ابتدا یک گروه سیاسی بودند ولی تدریجا به صورت یک انشعاب مذهبی دارند در می آیند، درست مانند خوارج که در ابتدا حرکتشان یک حرکت سیاسی بود، بعد به صورت یک مذهب با یک سلسله اصول و فروع درآمدند. کوچکترین بدعت اینها این است که به قول خودشان به «خودکفایی» رسیده اند
و هر مقام روحانی و مرجع دینی را نفی می کنند. از همین جا می توان تا آخر خواند. دیگر اینکه در عین اظهار وفاداری به اسلام، کارل مارکس لااقل در حد امام جعفر صادق علیه السلام نزد اینها مقدس و محترم است. البته اینها آنهایی هستند که بر مسلک سابق خود باقی هستند. آنها که اعلام تغییر موضع کردند تکلیفشان روشن است. بنده هم اطلاعاتم درباره ی آنها مع الواسطه است، ولی افراد متدین و فهیمی که سالها با آنها هم زندان بوده اند ؛‌هستند و من معتقدم حضرتعالی از آنهانه فقط از یک نفر آنها- جدا جدا بخواهید نظریات خود و مشهودات خود را بنویسند و خدمتتان ارسال دارند؛ وعجب این است که هنوز هستند برخی از دوستان ما و ارادتمندان شما که کارهای اینها را توجیه و تأویل می کنند.
مسأله سوم مسأله روحانیت است. من خود از منتقدین روحانیت بوده و هستم اما اعتراف به مزایایش و با اعتقاد به لزوم حفظ و نگهداریش و در همان حال اصلاحش. ولی جریان غیر قابل انکار این است که تنها موضوعی که گروههای مختلف از مقامات دولتی گرفته تا کمونیستها و «منافقین خلق» و برخی جمعیتهای به ظاهر مذهبی مثل شریعتی ها در ان وحدت نظر دارند کوبیدن روحانیت از اساس و برداشتن این سدها از میان است، البته هر دسته ای به منظوری؛ یکی به منظور ایجاد یک روحانیت فرمایشی به شکل اهل تسنن که مطیع دولتها باشد، و دیگری به منظور از میان بر داشتن دین، و سوم چهارم به منظور تصاحب یک قدرت مردمی که دین است و آن را بر وفق مراد تفسیر کردن. در این مقام باید اظهار تاسف کنم که برخی دوستان ما طلاب جوان و جوانان دانش آموز و دانشجو را بر بغض کینه روحانین به استثنای شخص حضرتعالی پرورش می دهند و این برای اسلام و روحانیت عاقبت بسیار وخیمی دارد. خوب است حضرتعالی به بیت محترم دستور فرمایید از این جهت درباره دوستان و ارادتمندان تحقیق کامل بفرمایند و به کسانی که چنین روشی دارند تذکراتی داده شود.
چهارم مسأله شریعتی هاست. در نامه قبل معروض شدم که پس از مذاکره با بعضی ؛ مشترک قرار بر این شد که بنده دیگر درباره مسائلی که که به شخص او مربوط می شود، از قبیل صداقت داشتن و صداقت نداشتن از قبیل التزامات عملی سخن نگویم ولی انحرافاتی راکه در نوشته های او هست به صورت خیرخواهانه و نه خصمانه تذکر دهم؛ وای اخیرا می بینم گروهی که علاقه وعقیده درست به اسلام ندارند و گرایشی انحرافی دارند با دسته بندیهای وسیعی در صدد این هستند که از او بتی بسازند که هیچ روحانی جرات اظهار نظر در گفته های او را نداشته باشد. این بزنامه در مراسم چهلم او در مشهد- متا سفانه با حضور دوستان خوب ما- و بیشتر در ماه مبارک رمضان در مسجد قبا اجرا شد تحت عنوان اینکه بعد از سید جمال واقبال- این شخص رنسانس اسلامی به وجود آورده و اسلام را نو کرده و خرافات را دور ریخته و همه باید به افکار او بچسبد؛ ولی با عکس العمل شدید گروهی دیگر مواجه شد و بعلاوه {با} هوشیاری و حسن امام جماعت مسجد که متوجه شد تؤطئه علیه روحانیت بوده در شب های آخر فی الجمله اصلاح شد.
عجبا! می خواهند با اندیشه هایی که چکیده ی افکار ماسینیون مستشار وزارت مستعمرات فرانسه در شمال آفریقا و سرپرست مبلغان مسیحی در مصر و افکار گورویچ یهودی ماتریالیست و اندیشه های ژان پل سارتر اگزیستانسیالیست ضد خدا وعقاید دورکهایم جامعه شناس ضد مذهب است، اسلام بسازند، پس و علی السلام السلام.
به خدا اگر روزی مصلحت اقتضا کند که اندیشه های این شخص حلاجی شود و ریشه هایش بدست آید و با اندیشه های اصیل اسلامی مقایسه شود صدها مطلب بدست می آید که بر ضد اصول اسلامی است و بعلاوه بی پایگی آنها روشن می شود. من هنوز نمی دانم فعلا چنین وظیفه ای دارم یا ندارم؛ ولی با اینکه می بینم چنین بت سازی می شود، فکر می کنم که تعهد درباره این شخص دارم دیگر ملغی است، در عین حال منتظر اجازه و دستور آن حضرت می باشم. کوچکترین گناه این مرد بدنام کردن روحانیت است. او همکاری روحانیت با دستگاه های ظلم و زور علیه توده مردم را به صورت یک اصل کلی اجتماعی در آورد، مدعی شد ملک و مالک و ملا و به تغییر دیگر تبغ و طلا و تسبیح همیشه در کنار هم بوده و یک مقصد داشته اند. این اصل معروف مارکس را که دین ودولت و سرمایه سه عامل همکار بر ضد خلقند و سه عامل از خود بیگانگی بشرند به صد زبان پیاده کرد، منتها به جای دین، روحانیت را گذاشت؛ نتیجه اش این شد که جوان امروز به اهل علم به چشم بدتری از افسران امنیتی نگاه می کند و خدا می داند که اگر خداوند از باب « و یمکرون و یکمر الله خیر الما کرین» در کمین او نبود او در ماموریت خارجش چه به سر روحانیت و اسلام می آورد. تبلیغاتی در اروپا و آمریکا له او از زهد و ورع و پارسایی تا خدمت به خلق و فداکاری و جهاد در راه خدا و پاکباختگی در راه حق شده است و بسیار روشن است که دستهای مرموزی در کار بوده و دوستان خوب شما در اروپا و آمریکا اغفال شده اند. من لازم می دانم که حضرتعالی گاهی برخی افرادبصیر را ولو به طور خفا به اروپا و آمریکا بفرستید، جریانها را از نزدیک ببینید و گزارش دهند که به عقیده بعضی از دوستانتان در آنجا پاره ای از حقایق از حضرتعالی کتمان می شود. گروهای چهارگانه فوق با من به حساب اینکه تا اندازه ای اهل فکر و نظر و بیان و قلم هستم به شدت مبارزه می کنند، شایعه برایم می سازند، جعل و افترا می بندند به طوری که خود را مصداق آن شعر فارسی می بینم که محقق اعظم خواجه نصیرالدین طوسی در آخر شرح اسارات به عنوان زبان حال خود آورده است:
به گردا گرد خود چندان که بینم / بلا انگشتـــــری و من نگـــــینم
ولی به لطف و عنایت پروردگار و توجهات اولیاء دین هراسی به خود راه نخواهم داد، این مقدار بَثّ شکوی را جز به مثل حضرتعالی که استاد عالیقدر و به جای پدرم هستید نمی کنم. من الان مرکز ثقل حملات این گروه هستم، اگر بفرمایید ایستادگی کن ایستادگی می کنم؛ اگر بفرمایید مصلحت نیست، خود را کنار می کشم.
بار دیگر تکرار می کنم من جدا از خداوند متعال طول عمر برای شما می خواهم و فوق العاده نگرانم که اگر خدای ناخواسته پای حضرتعالی که تنها شخصیتی هستید که همه این گروهها از او حساب می برند از میان برود اوضاع فوق العاده ناراحت کننده ای خواهد بود. ای بسا که گروههای منحرف منتحل، مقاصد شوم و مسلکهای مختلف روشن و روشن تر بفرمایید و حتی لازم است به بعضی دوستان به طور خصوصی تذکراتی بدهید. شنیدم به یکی از دوستان مشهد که اخیرا به نجف مشرف شده است تذکرات مفیدی داده اید و دورادور اطلاع دارم که موثر بوده است و در روش ایشان که اخیرا خیلی خطرناک شده بود موثر واقع شده و الحمدلله.
خوب است اطلاع داشته باشید که در ماههای آخر عمر شریعتی بنده مکرر وسیله اشخاص مختلف به او پیغام دادم که در نوشته های تو مطالبی هست بر ضد اسلام ولازم است اصلاح شود، من حاضرم در حضور جمعی صاحبنظر و یا تنها، به تو ثابت می کنم، اگر ثابت شد خودت آنها را ولو به نام خودت نه به نام من اصلاح کن و شأن تو بالا هم خواهد رفت والا مجبورم از تو صریحا و مستدل انتقاد کنم و برایت گران تمام خواهد شد. آخرین شخصی که از طرف او نزد من آمد، اظهار داشت که او حاضر است اختیار بدهد به آقای محمدتقی جعفری و آقای محمدرضا حکیمی که از آثارش انتقاد کنند و در نهایت امر تو صحّه بگذاری، من گفتم بسیار خوب ولی به شرط این که کتبا بنویسید. مقارن با حرکتش به خارج اطلاع پیدا کردم که تنها به آقای حکیمی نوشته که شما مجازی نوشته های مرا نقد کنی. در اروپا خبر موثق این بود که گفته بود تا یک سال کاری نخواهم کرد جز اصلاح نوشته های خودم و یکی از دوستان نزدیک حضرتعالی نقل کرد که به او گفته بود منتظرم فلانی به اروپا بیاید، راجع به اصلاح کتابهایم با او مشورت کنم، و البته من این جهت را تحسین کردم و دلیل حسن نیت او و سوء نیت اطرافیانش در ایران گرفتم. روی این حساب می بایست از نشر آثارش قبل از اصلاح و تجدید نظر لااقل وسیله آقای حکیمی که کتبا به او اجازه داده است جلوگیری شود؛ ولی افرادی که اخیرا تصمیم گرفته اند او را مظهر رنسانس اسلامی قرار دهند و راه برای اظهار نظرهای خود در اصول و فروع اسلام باز کنند در شعاع وسیعی به نشر و تکثیر همه آثار او پرداخته اند. بنده فکر می کنم اگر صلاح می دانید به برخی از ارادتمندان خودتان در اروپا و آمریکا که ضمنا ناشر آثار و افکار او هستند یادآوری فرمائید که قبل از انجام اصلاحات وسیله آقای حکیمی یا گروهی خودتان تعیین می فرمائید از نشر آثارش جلوگیری شود و اگر هم صلاح نمی دانید که در کار او مستقیما دخالتی فرمائید راه دیگری باید اندیشید.
بسیار خوب است و برای شناختن ماهیت این شخص لازم است که حضرتعالی مجموعه مقالات او را در کیهان که یک سال و نیم پیش چاپ شد شخصا مطالعه فرمائید. این مقالات دو قسمت داشت: یک قسمت ضد مارکسیسم است که مقالات خوبی بود درباره ملیت ایرانی(و مستقلا ماشین شده و در حقیقت فلسفه ای بود برای ملیت ایرانی و قطعا تا کنون احدی از ملیت ایرانی به این خوبی و مستند به یک فلسفه امروزپسند دفاع نکرده است. شایسته است نام آن را«فلسفه رستاخیز» بگذاریم. خلاصه این مقالات که یک کتاب می شود، این بود که ملاک ملیت، خون و نژاد که امروز محکوم است نیست، ملاک ملیت فرهنگ است و فرهنگ به حکم اینکه زاده تاریخ است نه چیز دیگر، در ملتهای مختلف، مختلف است؛ فرهنگ هر قوم فرهنگ آن قوم است؛ هر قوم که فرهنگ مستمر نداشته نابود شده است؛ ما ایرانیان فرهنگ دو هزار و پانصد ساله داریم که ملاک شخصیت وجودی ما و من واقعی ما و خویشتن اصلی ماست، در طول تاریخ حوادثی پیش آمد که خواست ما را از خود واقعی ما بیگانه کند ولی در طول تاریخ حوادثی پیش آمد که خواست ما را از خود واقعی ما بیگانه کند ولی ما هر نوبت به خود آمدیم و به خود واقعی خود بازگشتیم، آن سه جریان عبارت بود از حمله اسکندر، حمله عرب، حمله مغول، در این میان بیش از همه درباره حمله عرب بحث کرده و نهضت شعوبیگری را تقدیس کرده است، آنگاه گفته اسلام برای ما ایدئولوژی است و نه فرهنگ؛ اسلام نیامده که فرهنگ ما را عوض و فرهنگ واحدی به وجود آورد، بلکه تعدد فرهنگها را به رسمیت می شناسد همان طوریکه که تعدد نژادی را یک واقعیت می داند؛ آیه کریمه«اِنّا خَلَقناکُم مِن ذَکَرٍ وَ اُنثی وَ جَعَلناکُم شُعوباً وَ قَبائِلَ...» ناظر به این است که اختلافات نژادی و اختلافات فرهنگی که اولی ساخته طبیعت است و دومی تاریخ، باید به جای خود محفوظ باشد.ادعا کرده است که ایدئولوژی ما روی فرهنگ ما اثر گذاشته و فرهنگ ما روی ایدوئولوژی ما، لهذا ایرانیت اسلامی شده است و اسلام ما اسلام ایرانی شده است.
با این بیان عملا و ضمنا- نه صریحا فرهنگ واحد به نام فرهنگ اسلامی را انکار کرده است و صریحا شخصیتهایی نظیر بوعلی و ابوریحان و خواجه نصیرالدین و ملاصدار را وابسته به فرهنگ ایرانی دانسته است؛ یعنی فرهنگ اینها ادامه فرهنگ ایرانی است، این مقالات بسیار خواندنی است؛ در انتساب آنها به او شکی نیست، به بعضی ها مثل آقای خامنه ای و آقای بهشتی گفته مال من است، ولی مدعی شده که من اینها را چندین سال پیش نوشته ام و اینها را پیدا کرده و چاپ کرده اند؛ در صورتی که دلائل به قدر کافی هست که مقالات، جدید است. به هر حال مطالعه حضرتعالی بسیار مفید است.
این روزها سوال و جوابی ار حضرتعالی مورخه شعبان 97 منتشر شد که اثر بسیار مطلوبی از نظر انحرافات منتحلین داشت و عجب این است که شایع کرده اند این سوال و جواب به وسیله فلانی تهیه شده است. به آنها گفتم شما با این اتهام، به آقا اهانت می کنید، گویی ایشان از خود رأی ندارند و تابع رأی مثل منی هستند.
خبر عجیب دیگر این است که اخیرا آزادی غیر مترقبه ای به دسته جات مختلف مخصوصا دسته جات سیاسی داده شده است. البته نسبت به روحانیین به مقیاس بسیار کمتری داده شده، ممنوعیت های آنها غالبا به حال خود باقی است. این تبعیض نیز سوال انگیز است.
خدمت آقازادگان عظام دامت برکاتهم عرض سلام این بنده را ابلاغ فرمایید.
والسلام علیکم و رحمه الله و نلتمس منک و الدّعاء.