وی در حال حاضر استاد پايه 25 و عضو هيات علمي گروه قدرت دانشكده مهندسي برق دانشگاه صنعتي اميركبير است.

سوابق دکتر جعفر ميلي منفرد عبارتند از:

1- قائم‌مقام وزير و معاون طرح و توسعه وزارت علوم، تحقيقات و فنّاوري (مهر 1384 - 27/8/1382)

2-سرپرست وزارت علوم، تحقيقات و فنّاوري (16/7/1382- 1/6/1382)

3-معاون فنّاوري وزارت علوم، تحقيقات و فنّاوري(اسفند 1382- 1/6/1381)

4- معاون فنّاوري وزير و رئيس سازمان پژوهشهاي علمي و صنعتي ايران(1/6/1381- 6/11/ 1379)

5-معاون دانشجويي و فرهنگي وزارت علوم، تحقيقات و فنّاوري(بهمن 1379- 5/6/1376)
   
6-معاون پژوهشي دانشگاه صنعتي اميركبير(1376- 1372)
   
7- معاون دانشجويي وزارت علوم، تحقيقات و فنّاوري(1372- 1369)
  
8- مسئول چهار دوره تقويتي كارشناسي ارشد ايثارگران كشور(1369- 1365)
   
9- سرپرست پرديس تفرش دانشگاه صنعتي اميركبير(1369 - 1368)

10- سرپرست دانشكده فيزيك دانشگاه صنعتي اميركبير(1369- 1368)

11- معاون آموزشي دانشگاه صنعتي اميركبير(1369 - 1368)
  
12- رئيس دانشكده مهندسي برق دانشگاه صنعتي اميركبير(1368 - 1367)

13- معاون امور جنگ دانشگاه صنعتي اميركبير(1369 - 1366)

14-معاون دانشكده مهندسي برق دانشگاه صنعتي اميركبير(1367 - 1365)
   

قبل از قطعی‌شدن وزیر پشینهادی علوم در گمانه‌زنی‌های رسانه‌ای نام افرادی همچون رضا مکنون، علی عباسپور تهرانی، جعفر توفیقی، عبدالله جاسبی، غلامرضا ظریفیان، جواد اطاعت و رضا فرجی‌دانا بیشتر از هر کس دیگری برای این وزارتخانه مطرح شده بود اما ظاهراً اکنون قرعه فال به نام "جعفر ميلي منفرد" خورده است.

علی شریعتمداری، سیدحسن عارفی، حسن حبیبی، محمدعلی نجفی، محمد فرهادی، مصطفی معین، محمدرضا هاشمی گلپایگانی، مصطفی معین، جعفر توفیقی، محمدمهدی زاهدی و کامران دانشجو مسؤولیت این وزارتخانه را تاکنون برعهده داشته اند.