این عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام در ادامه صحبتهای خود، با تمجید از مدیریت جعفر توفیقی، وی را فردی توانمند، متعهد و کارشناسی زبده در عرصه آموزش عالی کشور و بااشراف به مسائل فرهنگی توصیف کرد افزود: دکتر توفیقی مناسب‌ترین فرد برای تصدی وزارت علوم است و جای تعجب دارد که برخی رسانه‌ها در آغاز فعالیت وی، به دنبال تخریب و اتهام‌زنی علیه فردی هستند که سابقه درخشانی در انقلاب و عرصه مدیریت آموزش عالی دارد.
این سخنان محمدرضا عارف در حالی گفته می‌شود که جعفر توفیقی سرپرست وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در روز 26 خرداد 88 در جمع اساتید متحصن در مسجد دانشگاه تهران در حمایت از میرحسین موسوی سخنانی را بیان کرده است.
توفیقی در این تحصن با اشاره به نتیجه انتخابات می‌گوید: در این سطح ملی این که ما به رای مردم توهین کنیم و در رای مردم دستکاری کنیم و متاسفانه رای را به اسم کسانی بگذاریم که کمترین اخلاق و ادب و همه چیز را در واقع فرو ریخته‌اند بنیان‌های اخلاقی را فرو ریختند (تشویق حضار و صدای الله اکبر) ای کاش واقعا بنده آرزو می‌کنم و ای کاش نمی‌دانستیم که این 24 میلیون رای به اسم چه کسی رفته است. ای کاش این ویژگی‌ها پشت پرده باقی می‌ماند و ما فقط یک تخلف کوچک انتخاباتی را شاهد بودیم.
توفیقی در قسمت دیگری از سخنان خود در این تحصن گفته است: به نظر من از هر جنبه که نگاه کنیم واقعا ابعاد این تاسف و تاثر و تالم بسیار گسترده است و ما رای شخصیت با تقوا سالم و مدیر با تجربه‌ای مثل آقای مهندس موسوی را بگیریم و به اسم کسانی بنویسیم که ... (تشویق حضار) که در واقع انقلابیون چند روزه هستند.
حال این سوال پیش می‌آید که آیا سخنان توفیقی در این تحصن اتهام زنی به نظام است و یا انتشار این سخنان برای روشنگری افکار عمومی، که آقای عارف آنرا اتهام‌زنی می‌داند و آیا منظور آقای عارف از سابقه درخشان در انقلاب چنین سوابقی است.