برگزاری محاکمه وی در مکانی که پیش از این حسنی مبارک محاکمه شده بود، از سوی کارشناسان و تحلیلگران سیاسی دارای پیام‌هایی بود که تشبیه کردن مرسی و مبارک از نظر وضعیت سیاسی و اجتماعی از آن جمله است.

اولین جلسه دادگاه در حالی برگزار شد که جان کری وزیر خارجه یک روز پیش (یکشنبه) با حضور در قاهره و کنفرانس خبری که در آن هیچ سخنی از وضعیت رئیس‌جمهور برکنار شده به میان نیامد به نوعی موافقت ضمنی دولت آمریکا از این وضعیت را نشان داد.

مرسی که دادگاه را به رسمیت نمی‌شناخت، بدون گرفتن وکیل در جلسه شرکت کرد و حاضر به پوشیدن لباس سفید مخصوص محاکمه نشد که همین موضوع برگزاری نشست را مدتی به تعویق انداخت. این در حالی بود که بیش از 20 وکیل برای دفاع از مرسی اعلام آمادگی کرده بودند و بنا بر گفته مقامات «حزب آزادی و عدالت» تنها 4 وکیل از وکلای داوطلب از سوی هیئت قضایی اجازه حضور در دادگاه را یافتند.

مرسی با یک هلی کوپتر ویژه از زندان «طره» به آکادمی پلیس منتقل شد چراکه وضعیت شهر قاهره به دلیل اعتراضات گسترده محیطی امنیتی داشت و میادین مهم این شهر از جمله میدان‌های «التحریر»، «عبدالمنعم ریاض» و «رابعه العدویه» شاهد تظاهرات و نیز حضور گسترده نیروهای نظامی و امنیتی و حتی تانک بود.

بیش از 20 هزار پلیس و نیروی امنیتی، وظیفه ایجاد امنیت امروز قاهره را بر عهده گرفته بودند.

اندکی پس از جلسه دادگاه، جلسه برای مدتی به دلیل شعارهای متهمین متوقف شد و مرسی خطاب رئیس دادگاه اعلام کرد که «من همچنان رئیس جمهوری هستم و تو غیرقانونی و باطلی».

برخی منابع غربی به نقل از شاهدان عینی اعلام کردند که مرسی شعارهایی علیه دولت نظامی تحت عنوان «حکومت نظامی ساقط باد» سر داده است.

دادگاه مرسی پس از ساعتی از سر گرفته شد، اما باز هم به دلیل شعارهای متهمان جلسه که از درون قفس اقدام به شعار علیه دولت کودتاگر کردند دوباره متوقف شد و سرانجام رئیس دادگاه با توجه به شرایط موجود محاکمه مرسی را متوقف و جلسه بعد را به 18 دی ماه (8 ژانویه) موکول کرد.

تلویزیون مصر نیز اعلام کرد که محمد مرسی به زندان «برج‌العرب» در اسکندریه منتقل شد.