این موضوع سبب طرح سناریوهای متعددی درباره سرنوشت وی در آینده شده است که از جمله آنها اعدام یا حبس ابد یا بی گناهی وی است که این حالت خوشبیانه و تلاشی از سوی نظام کنونی مصر برای فراهم آوردن آشتی سیاسی که برخی از آن دم می زنند است.
اما سناریوی تیره و تار،ترور مرسی در داخل زندان به منظور قطع هر گونه امکان بازگشت وی به قدرت در مصر است.ناظران بر این باورند که محاکمه محمد مرسی بر مصر تاثیر می گذارد و سبب افزایش اعتراضات و ترورها می شود.
علاء البحار سردبیر روزنامه آزادی و عدالت معتقد است: محاکمه مرسی تلاشی و نمایش مضحک از سوی نظام برای سرپوش گذاشتن بر شکست اش است و می کوشد که از این طریق پایداری مخالفان کودتا را در هم بشکند.
وی افزود: صدور حکم اعدام یا ابد برای محمد مرسی بعید است.مرسی پایداری می کند و این تاثیر مثبتی بر طرفدارانش دارد و افزایش اعتراضات را به دنبال خواهد داشت.
محمد عبد الرازق علی از و کلای مصری معتقد است: دادگاه مرسی احتمالا با تبرئه وی در موضوع مربوط به قتل تظاهرات کنندگان منتهی شود اما در موضوع جاسوسی به نفع بیگانگان اعدام انتظار وی را می کشد.
وی افزود: محاکمه محمد حسنی مبارک و محمد مرسی ظرف دو سال نشان می دهد که مصر در مجرای درست خود حرکت می کند و دو انقلاب مردم مصر موفق شده است.
عادل سلیمان مدیر مرکز بین المللی مطالعات استراتژیک مصر می گوید: پیش بینی سناریوهای آتی بسیار دشوار است زیرا مصر شرایط دشواری را پیش رو دارد و موضوع فقط به سرنوشت رئیس جمهوری عزل شده مربوط نمی شود.
وی درباره محمد مرسی افزود: ترور وی به مثابه مصیبت خواهد بود و مصر را دچار نابسامانی می کند.