به گزارش مشرق،  کمتر از 24 ساعت پس از تکذیب استعفای محمد علی نجفی از ریاست سازمان میراث فرهنگی و گردشگری که توسط خود او صورت پذیرفت، خبر موافقت رییس جمهور با کناره گیری ایشان و انتصابش به عنوان دبیرستاد هماهنگی اقتصادی منتشر شد.
زمزمه استعفای نجفی  مدت‌ها قبل از استعفای وی شنیده می شد و در برخی از سایت ها نیز انعکاس یافت و در روزهای آخر قوت گرفته بود.
در اولین روز استعفای نجفی از سازمان میراث فرهنگی و گردشگری سه روایت شنیده شد:

اول این که کسالت قلبی دارد و پزشک معالج  توصیه کرده از حجم فعالیت خود بکاهد. روایت دوم این که با زمزمه احیای سازمان مدیریت ترجیح می دهد همچون دولت خاتمی ریاست این سازمان را برعهده گیرد و انتصاب او به ریاست ستاد هماهنگی اقتصادی  این ظن را تقویت می کند  ولو محمد باقر نوبخت گزینه جدی تری باشد.

روایت سوم هم این است که چون ابتدا برای وزارت آموزش و پرورش معرفی شده بود و بعدتر به خاطر رای عدم اعتماد مجلس برای ریاست سازمان میراث در نظر گرفته شد احساس می کرد حضور او تحت الشعاع مدیرانی چون مهدی حجت و محمد بهشتی است و انگار رییسان واقعی این دوهستند و او جنبه نمادین دارد.

اما نکته مهم در این استعفا این بود که آقای نجفی در شامگاه 8 بهمن نه تنها استعفای خود که «قصد استعفا» را هم تکذیب می کند ولی روز بعد نه تنها این استعفا محقق می شود که رییس جمهور از «تقاضاهای مکرر» او برای کناره گیری خبر می دهد و موافقت می کند.

روزنامه شهروند، امروز در این‌باره نوشته است: در میان تمام اخبار و شایعاتی که درباره دلایل کناره‌گیری محمدعلی نجفی مطرح می‌شود، این شایعه که نقطه شروع ماجرا به گزارشی بازمی‌گردد که از سوی یک «آشنا» در نهاد ریاست‌جمهوری درباره عملکرد نجفی تهیه شده، در برخی محافل به گوش می‌رسد؛ گزارشی که عملکرد سازمان میراث فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری را در ۱۰۰روزه ابتدایی شروع به کار دولت یازدهم زیر سوال برده است.

ظاهرا عملکرد ضعیف نجفی در سازمان میراث فرهنگی و همچنین محتوای گزارش آشنا در مورد عملکرد وی موجب تکدر نجفی و دلسردی او شده است.