او سعی داشت خود را قدرت اول کشور نشان دهد ولی این موضوع برای پاسدارانی که خود را فرزند امامشان می دانستند برتابیده نمی شد. فرماندهان سپاه تمام دستوراتی را اجرا می کردند که خواست و اراده امام خمینی باشد و در راه تحقق فرمایشات ایشان جان خود را نیز فدا می کردند چرا که باور داشتند حرف امام(ره) حرف کسی است که بر جایگاه ولایت فقیه تکیه زده است.
پس از استعفای ابوشریف، ابوالحسن بنی صدر (رییس جمهور و فرمانده وقت کل قوا) در تاریخ 22 تیر 59 مرتضی رضایی را به عنوان چهارمین فرمانده سپاه انتخاب کرد. اما به دلیل اینکه در حکم بنی صدر اشاره ای به دستور و تایید حضرت امام نبود وی این حکم را به رسمیت نشناخت تا اینکه دست خط امام در تایید حکم فرماندهی وی را مشاهده کرد. تصاویر پیش رو حکم صادر شده از سوی بنی صدر و دست خط حضرت امام (ره) در تایید مرتضی رضایی است.
آقای مرتضی رضایی
بموجب این حکم، بفرماندهی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی منصوب میشوید.
انتظار دارد دستورالعملهای مندرج در پیام امام در روز پاسدار و فرصتهای دیگر را بدقت باجرا درآورده و چنان کنید که بینش توحیدی، اساس روشها بشود و بینظمیها به نظم تبدیل شوند.
بدیهی است گزارشهای مربوط به گردش کار و اطلاعات را به من میدهید و از طریق ناظر امام بعرض معظم له میرسانید.
از خداوند برای شما در این مسئولیت سنگین توفیق طلب میکنم.
رییس جمهوری و فرمانده کل نیروهای مسلح
ابوالحسن بنی صدر
اما رضایی حکم فرماندهی بدون امضاء امام(ره) را فاقد اعتبار دانست و آن را قبول نکرد تا اینکه این حکم در 28 تیر ماه 1359 به تایید حضرت امام(ره) رسید و ایشان در این تاییدیه نوشتند:
بسمه تعالی
فرماندهی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی شما مورد تایید است و لازم است با جدیت مواظبت کنید که احکام اسلام در سپاه پاسداران به مورد اجرا گذاشته شود.
روح الله الموسوی الخمینی
با این تایید حضرت امام(ره)، دوره یکساله فرماندهی مرتضی رضایی در سپاه پاسداران آغاز شد.