بنا به گفته دانشجویان دانشگاه امام صادق (ع)، تدریس درس تفسیر آیات سیاسی قرآن توسط جلیلی بیشتر بر مبنای پایان نامه دکتری وی با عنوان "بنیاد اندیشه سیاسی اسلام در قرآن" است که در سال 1381 در دانشگاه امام صادق(ع) با نمره بالا مورد پذیرش قرار گرفته است.
جلیلی معتقد است اندیشه سیاسی مفهومی است که بیانگر یک نوع تفکر و اندیشه منسجم و دارای چارچوب درباره موضوع سیاست می باشد.
این چارچوب و ساختار فکری منسجم، مؤلفه ها ، اجزاء و تعاریف خاص خود را دارد که چگونگی تعریف این مؤلفه ها و ربط آن ها به یکدیگر، یک اندیشه سیاسی را به مثابه یک «بنیان » خاص از سایر اندیشه ها متمایز می سازد.
تبیین اندیشه سیاسی اسلام، می تواند در چگونگی عمل پیروان آن تأثیر گذار باشد. از یک سو طرح اسلام در جهان به عنوان مبنای نظام حکومتی و از سوی دیگر بروز رفتار های سیاسی به نام اسلام در گوشه و کنار جهان، موجب شده است تا تبیین اندیشه سیاسی این دین نه تنها برای پیروان و بازیگران عمل سیاسی آن، بلکه برای پیروان سایر ادیان و دیدگاه ها نیز که تماشاگر این نوع از عمل سیاسی هستند، قابل توجه باشد.
قرآن درباره هر یک از مؤلفه های اندیشه سیاسی مباحثی را مطرح می نماید که به هر یک از این اجزاء و پایه ها، قوام و اتحکام منطقی می بخشد و در مجموع طرح کلی بحث از همگونی، توازن، انسجام منطقی و عدم تعارض بین بخش ها برخوردار می باشد.
بنا بر مطالب بیان شده توسط جلیلی، پایه و بنیان دولت و جامعه بر 4 مفهوم انسان شناسی، معرفت شناسی، هستی شناسی و فرجام شناسی بنا شده است که با پژوهش و بررسی آیات قرآن و تطبیق این آیات با مفاهیم ذکر شده، بنیان‌های اندیشه‌ای جامعه و دولت را می توان یافت.
نگاهی به پایه‌های اندیشه سیاسی اسلام نشان می‌دهد محوری مشترک مباحث آن را به یکدیگر مرتبط می‌سازد؛ این محور مشترک مؤثر دانستن مبدأ ربوبی در تمام مناسبات هستی است که حلقه های وصل این پایه ها به محور مبدأ ربوبی، دو عنصر «ایمان و عمل صالح» می باشد و این دو عنصر نیز مبتنی بر اراده و اختیار انسان می باشند.
بر این چهار پایه و محور و حلقه های وصل است که سقف اندیشه سیاسی درباره مباحث جامعه و دولت معنی پیدا می‌کند و چرایی تجویزهایی که در این باره صورت می گیرد، روشن می شود. دولت و جامعه دو بستر مهم برای تحقق یک اندیشه در عمل می‌باشند.
محورهای تدریس
یکی از دانشجویان کلاس جلیلی، عمده محورهای تدریس وی در این ترم را اینگونه بیان می‌کند:
مباحث مقدماتی درس تفسیر و بیان معانی مختلف تفسیر
بیان مفهوم رب به عنوان اصلی ترین عامل مجادله پیامبران الهی با مستکبران
مباحث مرتبط با هستی شناسی، معرفت شناسی، انسان شناسی و فرجام شناسی در قرآن
تعریف دولت و بیان ماهیت آن مبتنی بر دو مؤلفه حکم و طاعت
لزوم تداوم راه پیامبران و شهادتشان بر جامعه توسط ربانیون و احبار
نقش مردم در حکومت
توجه به کارویژه‌های خاص دولت در اندیشه اسلامی در کنار کارویژه‌های عام آن
بیان نقش دولت در زمینه هدایتگری و نقش کارگزاران دولتی در هموار کردن راه سعادت مردم
نحوه تدریس
بنا به گفته دانشجویان، وی معمولاً رأس ساعت 8 صبح در کلاس حاضر می‌شود و بعد از گپی کوتاه با دانشجویان، تدریس خود را آغاز می‌کند.
وی مطالب خود را عمدتاً با پاورپوینت ارائه می‌کند و در حین تدریس نیز اگر سئوالاتی از جانب دانشجویان بیان شود، با روی باز به این سئوالات جواب می‌دهد و از بحث دو طرفه در کلاس استقبال می کند.
وی علاوه بر بیان مؤلفه‌های اصلی اندیشه در قرآن، به بررسی و مقایسه این مفاهیم با نظرات فیلسوفان و اندیشمندان غربی نیز می پردازد. به طور مثال وقتی صحبت از انسان شناسی در قرآن می‌شود، قبل از آن تعارف فیلسوفان غربی از سقراط تا فیلسوفان عصر روشنگری و مدرن مانند هابز و لاک از انسان و ماهیت انسان گفته می‌شود.
حواشی کلاس
بعد از اتمام هر جلسه از کلاس، وی با همراهی برخی از دانشجویان به دفتر دانشکده مراجعه می‌کرد و در مسیر رسیدن به دفتر دانشکده، به سئوالات دانشجویان پاسخ می‌داد.
دانشجویان دیگر کلاس‌ها نیز بعد از مشاهده وی، معمولاً سئوالات خود را که مربوط به مسائل سیاسی جاری در کشور است از وی می‌پرسیدند که جلیلی از پاسخ به اینگونه سئوالات امتناع می‌کرد.
یکی از موارد شایع در برخورد دانشجویان با جلیلی سئوالات مربوط به مذاکرات هسته‌ای می‌باشد که در بیشتر موارد دانشجویان جوابی در این زمینه از جلیلی دریافت نمی‌کردند. در مواردی نیز درخواست‌هایی از جانب دانشجویان برای حضور جلیلی در جلسات و جشنواره‌های سیاسی فرهنگی ارائه می‌شد که جلیلی بیشتر این دعوت‌ها را رد می‌کرد.
کلاس‌های درس و مطالب بیان شده توسط جلیلی با دوربین فیلمبرداری ضبط می‌شود و معمولاً دانشجویان دیگر کلاس‌ها نیز به صورت مستمع آزاد در جلسات درس شرکت می‌کنند.
نحوه امتحان و نمره دادن
یکی از مواردی که جلیلی در چند سال تدریسش در دانشگاه به آن شهره شده است، اهتمام وی برای حضور منظم دانشجویان در کلاس درس و سخت گیری در امتحانات است.
بنا به گفته دانشجویان، این رویه جلیلی در این ترم تدریس وی نیز ادامه داشت؛ به گونه‌ای که برخی از دانشجویان از میزان نمره‌ی خود در امتحان میان ترم ناراضی بوده و خواهان ارائه تحقیق برای افزایش نمره خود هستند و برای جبران نمره‌ی در امتحان پایان ترم وقت ویژه‌ای را اختصاص داده‌اند.