بر اساس ماده 216 آیین‌نامه داخلی مجلس شورای اسلامی، در صورتی که در گزارش تحقیق و تفحص، تخلف احراز و درخواست تعقیب شود، متخلف توسط هیأت رییسه مجلس حسب مورد به قوه قضاییه یا مرجع رسیدگی به تخلفات اداری معرفی می‌شود تا خارج از نوبت، تقاضای کمیسیون را مورد رسیدگی قرار دهد.
بر این اساس، مجلس گزارش کمیته تحقیق و تفحص را به دستگاه قضایی ارسال کرد و 21 دی سال 1392 دادستانی تهران از رسیدگی به گزارش تحقیق و تفحص مجلس شورای اسلامی از سازمان تأمین اجتماعی در دادسرای کارکنان دولت خبر داد.
پرونده گزارش کمیته تحقیق و تفحص مجلس شورای اسلامی برای رسیدگی در مرحله دادسرا در اختیار شعبه 15 دادسرای کارکنان دولت قرار گرفت و با احضار دادسرا، مرتضوی به‌منظور ارایه دفاعیات و توضیحات خود، چندین مرتبه در دادسرا حضور یافت.
در نهایت 24 دی امسال عباس جعفری دولت‌آبادی دادستان عمومی و انقلاب تهران طی اطلاعیه‌ای که روی پایگاه اطلاع‌رسانی دادستانی تهران منتشر شد، اعلام کرد بخشی از پرونده گزارش مجلس شورای اسلامی از تأمین اجتماعی با صدور کیفرخواست به دادگاه ارسال شد.
کیفرخواست دادستانی تهران در پرونده تأمین اجتماعی، برای مطالعه در اختیار شعبه 79 دادگاه کیفری استان تهران قرار گرفت و دادگاه پس از مطالعه، پنجم اردیبهشت را برای برگزاری جلسه محاکمه تعیین کرد.
بر اساس این گزارش، این پرونده مرتضوی که قرار است پنجم اردیبهشت بابت آن محاکمه شود، شامل 3 قسمت است که بخش نخست آن در ارتباط با رأی نقض‌شده از سوی دیوان عالی کشور در پرونده کهریزک و ارجاع آن به شعبه هم‌عرض برای رسیدگی مجدد است. در پرونده کهریزک، شعبه دیوان عالی کشور انفصال دائم از خدمات قضایی و 5 سال انفصال از خدمات دولتی در خصوص مرتضوی را تأیید کرد اما نسبت به جریمه نقدی صادرشده ایراد گرفت.
بخش دوم این پرونده نیز در ارتباط با شکایت اولیای دم مرحوم روح الامینی (یکی از کشته‌شدگان حادثه بازداشتگاه کهریزک) به‌اتهام معاونت در قتل است. بخش سوم نیز موضوع عدم‌اجرای رأی دیوان عدالت اداری و دریافت مبالغی در پرونده تخلفات سازمان تأمین اجتماعی است که از 24 دی عباس جعفری دولت‌آبادی دادستان تهران از ارجاع بخشی از پرونده تأمین اجتماعی با صدور کیفرخواست به دادگاه خبر داد.
شعبه 79 دادگاه کیفری استان تهران طی روزهای گذشته با ارسال اخطاریه به طرفین پرونده از جمله نماینده سازمان تأمین اجتماعی و مرتضوی، آنها را برای حضور در جلسه دادگاه فراخوانده است.