رسیدگی به مسائلی چون تجدیدنظر در تصمیمات نهایی هیئت امنای ممیزه دانشگاه‌ها، مسائل انضباطی دانشجویان، آزمون‌ها، بورسیه دانشجویان و فرصت‌های مطالعاتی از موارد مورد توجه در این دستورالعمل است.
براساس تصمیم اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی، ریاست این هیئت در وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی به‌‌عهده وزرای این وزارتخانه‌ها و در دانشگاه آزاد به‌‌عهده رئیس این دانشگاه است و اعضای این هیئت را اشخاصی چون معاون حقوقی وزارتخانه، معاون تخصصی ذی‌ربط، سه نفر از اعضای هیئت علمی دانشگاه‌ها بهانتخاب وزیر، دو نفر از اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی بهانتخاب این شورا و دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی تشکیل می‌دهند.
این هیئت عالی در شرایطی تشکیل می‌شود که مسئولان آموزش عالی، نمایندگان مجلس و مسئولان دولتی از نبود یک نهاد فراقانونی در زمینه بورسیه‌ها انتقاد داشتند، اما با تشکیل این هیئت عالی در شورای عالی انقلاب فرهنگی کار ویژه اصلی آن رسیدگی به پرونده بورسیه دانشجویان خواهد بود.
به گزارش تسنیم، با وجود روند طی‌شده درباره پرونده بورسیه دانشجویان و نظر کمیسیون اصل نود به‌عنوان بالاترین مرجع نظارتی درباره این پرونده و زیر سؤال رفتن تصمیمات کمیته تصمیم‌گیری و بدوی بورسیه‌ها در وزارت علوم، تشکیل این هیئت به‌نوعی به همه حرف و حدیث‌ها درباره تصمیمات این کمیته پایان می‌دهد، زیرا انتقاد اصلی به تصمیمات کمیته وزارت علوم عدم‌تأیید آن توسط شورای عالی انقلاب فرهنگی بود که با مصوبه روز گذشته شورا و ترکیب مشخص شده اعضای هیئت عالی رسیدگی به امور دانشجویان در صورت پیگیری مشکل بورسیه‌ها در این هیئت نتیجه‌ای جز نظر وزارت علوم درباره بورسیه به دست نخواهد آمد.