حمام شیخ بهایی از نظر معماری دارای ویژگی های حمام‌های دوره صفویه است اما در اقوال تاریخی از آن با عنوان حمام اسرار آمیز نام برده شده است. آب خزینه‌ای گرمابه شیخ بهایی بدون مصرف انرژی مستقیم گرم می‌شده؛ به عبارتی سیستم گرمایی این حمام از شاهکارهای مهندسی به شمار می رود که با استفاده از قوانین فیزیک و شیمی این اتفاق می افتاده است.