متن حکم رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
نقش مؤثر و شایسته دانشگاه امام صادق(ع) و دست‌اندرکاران صدیق آن بویژه عالم مجاهد و روشن‌بین مرحوم آیة‌الله مهدوی کنی از ابتدا تاکنون در گسترش پژوهشهای کاربردی اسلامی و تربیت و تأمین بخشی از نیازهای کارشناسی و مدیریتی نظام جمهوری اسلامی بر هیچکس از آشنایان این مؤسسه‌ی مبارک پوشیده نیست. برای تعالی و ادامه‌ی این نقش و با توجه به ضرورت صیانت و اعتلای این حرکت علمی مبتنی بر معارف اسلامی که به همّت بلند و زحمات مخلصانه مرحوم آیة‌الله مهدوی کنی اعلی‌الله‌مقامه پایه‌گذاری شده و به شکوفایی رسیده است، پس از ترسیم راهبردهای روشن و اطمینان‌بخش، نیاز به هیئت امنائی متناسب با اهمیّت این دانشگاه، احساس می‌گردد، لذا حضرات آیات و حجج اسلام باقری کنی، آملی لاریجانی، سیّداحمد علم‌الهدی، سعید مهدوی کنی، علیرضا امینی، احمد واعظی، سیّدعباس موسویان، سیّدمصطفی میرلوحی و آقایان سیّدعلا میرمحمّدصادقی، دکتر علی رضائیان و دکتر هادی همایون به عنوان هیئت امناء مؤسسه جامعة‌الامام‌الصادق تعیین می‌گردند که در اوّلین فرصت با بهره‌گیری از میراث و تجربیات گذشته و با رعایت راهبردهای ابلاغی که به پیوست خواهد آمد، به تنظیم و تصویب اساسنامه‌ی جدیدی مبادرت ورزند تا بر آن اساس و با تلاشهای جدّی خود نصاب این تشکیلات علمی را بعنوان یکی از مهمترین کانون‌های اعتلای معارف اسلامی و تحوّل علوم انسانی در کشور ارتقاء بخشند. حضور جناب آقای آملی لاریجانی در صدر این هیئت امناء فرصتی برای دستیابی هر چه زودتر به اهداف مذکور خواهد بود انشاءالله. توفیقات آقایان محترم را از خداوند متعال مسألت می‌نمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
25 خرداد 94