وی افزود: اگر چه رئیس این هیأت وزیر ارشاد است و دولت و وزارت ارشاد هم نقش تأثیرگذاری در این هیأت دارند، اما به هر حال اعضای این هیأت هفت نفر هستند که از نهادهای مختلف مانند قوه قضائیه، شورایعالی انقلاب فرهنگی، حوزه علمیه قم، قوه مقننه، وزارت علوم و نماینده مدیران مسئول نشریات هستند که با هم تصمیم می‌گیرند و صرفاً تصمیم دولت نیست اما دولت نقش مؤثری در این هیأت دارد.
علی مطهری بر همین اساس یادآور شد: قبول دارم که هفته‌نامه 9دی لحن تندی دارد به طوری که گاهی توهین‌آمیز می‌شود، اما من شخصاً معتقدم نباید در این موارد سخت‌گیری کنیم و اساساً نیازی به اینگونه سخت‌گیری‌ها وجود ندارد، ممکن است با اینگونه برخوردها خود دولت متهم به نقض آزادی بیان و کم‌تحملی در مقابل انتقادات شود و ممکن است اساساً شک و تردیدهایی ایجاد شود که اطمینان کافی از توافق وجود ندارد به همین دلیل اینگونه با رسانه‌ها و سایت‌های منتقد با توافق هسته‌ای برخورد می‌شود.
وی با اشاره به توقیف هفته‌نامه 9دی و دریافت تذکر از سوی روزنامه کیهان و سایت رجانیوز، تأکید کرد: «تدبیر» اقتضا می‌کرد چنین برخوردی با منتقدان توافق هسته‌ای انجام نشود، هر چند این اقدام هیأت نظارت بر مطبوعات قانونی و مستند به برخی از مواد قانون مطبوعات بوده است، اما معتقدم بهتر بود ملاحظه شرایط روز می‌شد و چنین برخوردی با این رسانه‌ها صورت نمی‌گرفت.
این عضو کمیسیون فرهنگی مجلس یادآور شد: اگر بخواهیم به مُرّ قانون عمل کنیم، به هر بهانه‌ای می‌توانیم چنین سخت‌گیری‌هایی داشته باشیم و خیلی از نشریات را لغو امتیاز یا توقیف کنیم، اما به طور کلی عمل به قانون باید با توجه به شرایط روز انجام شود.
علی مطهری در پایان خاطرنشان کرد: در مجموع اگر بنده همچنان عضو هیأت نظارت بر مطبوعات بودم، قاعدتاً نظر مخالف با این برخوردها را داشتم، اما باید به قانون و تصمیم هیأت نظارت بر مطبوعات احترام گذاشت، اگر چه نشریه 9دی همیشه از حمایت‌هایی برخوردار بوده که بعد از مدت کوتاهی رفع توقیف شده است.