وی دانش‌آموخته دکترای منطق ریاضی در یکی از بهترین دانشگاه‌های دنیا یعنی برکلی آمریکاست و از شاگردان آلفرد تارسکی دانشمند و ریاضیدان نامدار معاصر بوده است.
با این حال، محمدجواد لاریجانی علاوه بر فعالیت در حوزه‌های ریاضی و فیزیک، مهمترین تالیفات خود را در حوزه‌های مربوط به سیاست به معنای اعم کلمه انجام داده است. وی از معدود افرادی است که تقریباً در تمام حوزه‌های مربوط به حکومتداری و مملکت‌داری صاحب نظریه اختصاصی و کاربردی است. محمدجواد لاریجانی در حوزه سیاست خارجی جمهوری اسلامی برای اولین بار نظریه بسیار مهمی با عنوان "ام القری" ارائه داد که از دهه 70 تا کنون همواره مورد توجه اساتید و دانشجویان این حوزه بوده است. وی در حوزه حکومت نیز از یک صورت بندی اختصاصی با عنوان "مشروعیت و کارآمدی" بهره گرفته و حکومت‌ها را از این منظر توصیف و ارزشیابی می‌کند. این صورت‌بندی بسیار کاربردی نیز پس از ارائه توسط آقای لاریجانی، همواره مورد توجه دانش‌پژوهان بوده است.
اما محمد جواد لاریجانی درباره مسائل کلان و حیاتی روز نیز همواره تحلیلهای قابل توجه و کاربردی ارائه می‌دهد. پس از تفاهم لوزان با ایشان درباره روند مذاکرات هسته‌ای گفتگویی داشتیم که بسیار مورد توجه قرار گرفت. معاون اسبق وزارت خارجه و از مذاکره‌کنندگان ارشد کشورمان در جریان قطعنامه 598 در آن مصاحبه از لزوم تغییر اساسی در "استراتژی و مودالیته مذاکراتی" تیم مذاکره‌کننده ایرانی سخن گفته و استراتژی قابل توجه خود را نیز با عنوان "شفافیت در برابر همکاری" به تیم کشورمان پیشنهاد داده بود.
این تحلیل‌گر ارشد مسائل سیاسی و سیاست خارجی گفته‌های خود را با این نکته بسیار مهم و قابل تامل آغاز کرد: "شما قبل از توافق نهایی با من مصاحبه داشتید و من آنجا نظرات خود را گفتم. آن موقع، موقع بیان پیشنهادات مختلف در طول بحث بود، امروز ما با یک موافقت‌نامه روبرو هستیم، حالا مهم نیست عنوان چیست؛ به هرحال محتوایش تعهدی است که دولت ما آن را امضا کرده و همچنین کشورهای دیگر هم دولت‌هایشان موافقت خود را با این موافقت‌نامه اعلام کرده‌اند. حالا بحث ما باید چه جور باشد؟ ما باید از بحث‌های حاشیه‌ای که مفید عمل و مفید فایده نیست اجتناب کنیم."
محمد جواد لاریجانی پس از این مقدمه، نکات بسیار مهمی درباره چگونگی کار بر روی جمع‌بندی مذاکرات هسته‌ای در وین ارائه کرد که به نظر می‌رسد بکار بستن این راهکار عملیاتی در برهه کنونی می‌تواند به مقدار بسیار قابل توجهی برای مجلس، شورای عالی امنیت ملی،دولت و منتقدان کارآمد و مشکل‌گشا باشد.
محمدجواد لاریجانی در ابتدای گفت‌وگوی خود، در پاسخ به سوال خبرنگار ما مبنی بر اینکه ارزیابی شما از آنچه نهایتاً در مذاکرات وین حاصل شد، چیست؟ تاکید کرد: ما قبل از هرچیز باید بحث را در شرایط خودش بررسی کنیم. شما قبل از توافق نهایی با من مصاحبه داشتید و من آنجا نظرات خود را گفتم. آن موقع، زمان بیان پیشنهادات مختلف در طول بحث بود، اما امروز ما با یک موافقت‌نامه روبرو هستیم، حالا مهم نیست عنوانش چیست؛ به هرحال محتوایش تعهدی است که دولت ما آن را امضا کرده و همچنین کشورهای دیگر هم دولت‌هایشان موافقت خود را با این موافقت‌نامه اعلام کرده‌اند. حالا بحث ما باید چه جور باشد؟ ما باید از بحث‌های حاشیه‌ای که مفید عمل و مفید فایده نیست اجتناب کنیم. مثلاً نباید مرتب بحث کنم که اگر اینجای این موافقت‌نامه به اینگونه یا به آنگونه بود، بهتر بود. خب این مناقشه قابل حل نیست چون آنها(مذاکره‌کنندگان) می‌گویند بهتر از این نمی‌شد.
وی همچنین "بحثهایی از این قبیل که ما باید توافق وین را رد کنیم" و همچنین "بحثهایی که به ایجاد دوقطبی در کشور منجر می‌شود" را به صلاح ندانست و تاکید کرد که از این نحو مباحث باید اجتناب شود.
رئیس پژوهشگاه دانش‌های بنیادی تاکید کرد: به نظر بنده، اولاً ما باید این قطعنامه را که دولت ما به آن متعهد شده است، بپذیریم؛ و این با توجه به همه نکاتی است که من در طول بحث قبل از این گفته‌ام؛ اما از این به بعد بحثمان چیز دیگری است، چون اگر این قطعنامه از طرف ما رد شود اعتبار این دولت در صحنه بین‌المللی به شدت پایین می‌آید. بنابراین نظرم این است که مراجع قانونی که شامل شورای عالی امنیت ملی و مجلس است-که بر روی مجلس هم تاکید دارم- باید بررسی کنند. اما باید پشتیبان دولتمان در این صحنه باشیم و پشت او را خالی نکنیم، چراکه برای منافع ملی‌مان بسیار اهمیت دارد.
محمد جواد لاریجانی با طرح این پرسش که "نکته دیگر این است که گفته شود خب ما اگر می‌خواهیم بپذیریم، دربست بگوییم توافقنامه وین را قبول داریم، پس چرا باید بحث و بررسی کنیم؟"، اظهار داشت: مقام معظم رهبری فرمودند تمام مراحل قانونی در مراجع قانونی باید طی شود. آیا این یک امر صوری است؟ نه! اتفاقا صوری نیست و مباحث بسیار مهمی وجود دارد که ضروری است درباره آنها بحث شود. بحث امروز من هم اگر بخواهد مفید باشد، راجع به این قسمت است که حالا با فرض این که بخواهیم این(توافق) را بپذیریم چه کار باید بکنیم که در عین اینکه منافع ما محفوط بماند، منافذ و راه‌‌های سوء استفاده دشمن نیز بسته شود.
وی در ادامه با اشاره به بررسی جمع بندی وین در کنگره آمریکا و با بیان اینکه "برخی می‌گویند کنگره این توافق را رد خواهد کرد"، اظهار داشت: علیرغم این نظرات، من معتقدم به احتمال قوی در آخرین لحظات که این طرح مطرح است در یک نشستی با اوباما-چه الان و چه بعد از وتو که باز باید دو سوم رای دهند- این توافق در کنگره آمریکا تصویب می‌شود.
معاون امور بین‌الملل قوه قضائیه با بیان اینکه "دولت آمریکا هربار که یک توافق، چه در ژنو و چه در لوزان صورت گرفت، بلافاصله یک فکت‌شیت صادر کرده و تفسیر خود را از آن توافق ارائه داد و اتفاقاً همان فکت‌شیت هم مبنا قرار گرفت" خاطرنشان کرد: دلیل این کار آمریکایی‌ها آن است که پرانتز‌هایی که قرار بود حذف شوند جایش را به عبارت‌هایی دادند که عمدتاً قابل تفسیر بودند، بنابراین فکت‌شیت‌ها بسیار مهم هستند. فک‌شیتی که آمریکا صادر می‌کند چون عمدتاً به نحوی پشتیبانی دو سه کشور غربی از همین 5+1 را دارد، امر بسیار مهمی است و این بار مسئولیت تهیه فکت‌شیت با کنگره است. یعنی اوباما اگر از خودش چیزی کم و یا اضافه کند برایش فایده‌ای ندارد، لذا اکنون هرچه می‌خواهند، اینها در بحث کنگره می‌آورند و در مباحثاتی که دولت آمریکا با کنگره دارد تفسیر خودش را از این توافقنامه رسمیت خواهد داد.
محمد جواد لاریجانی به ارائه پیشنهاد خود به ساختارهای قانونی کشور در زمینه توافقنامه هسته‌ای وین پرداخت و گفت: ما هم در سیستم خودمان دقیقاً باید همین‌کار را برای جلوگیری از نقشه آمریکایی‌ها انجام دهیم، یعنی این‌بار باید "فکت‌شیت" ایرانی توسط پارلمان جمهوری اسلامی ایران تصویب شود.
وی خاطرنشان کرد: این مناقشه‌ای که اکنون وجود دارد و دولت می‌گوید به مجلس ربطی ندارد و یا برخی در مجلس می‌گویند دولت لایحه‌ای بیاورد، وقت تلف کردن است. اگر دولت می‌خواهد لایحه بدهد که بدهد، ولی اگر نمی‌خواهد، مجلس می‌تواند این مسئله با استفاده از یک طرح چندفوریتی و با دقت تمام بررسی کند.
* بعضی بخش‌های برجام با قانون اساسی کشور اصطکاک دارد
رئیس پژوهشگاه دانش‌های بنیادی با تاکید بر این نکته که "اینکه بعضی‌ها می‌گویند آنچه حاصل شده موافقت‌نامه نیست وJoint Plan of Action " " است، صورت قضیه بوده و در حقیقت این یک موافقت‌نامه است که تصویب مجلس می‌خواهد و از طرف دیگر اگر مته روی خشخاش بگذاریم حتی بعضی جاهای آن با قانون اساسی نیز مقداری اصطکاک دارد" تصریح کرد: مثلاً توافق کرده‌ایم که اگر در یک جایی تصمیم به توسعه در بخش اتمی کشور گرفتیم- که این تصمیم در راستای منافع ماست- آن را باید به کمیته‌ای عرضه کنیم تا چندکشور خارجی ببیند ما اصلا به چنین توسعه‌ای نیاز داریم یا خیر؟!! این خلاق قانون اساسی است، ما باید خودمان برای منافع ملی‌مان تصمیم بگیریم. لذا حرفم این است که حتی شورای نگهبان نیز در این قضیه باید بسیار فعال باشد.
محمد جواد لاریجانی با انتقاد از بی‌عملی برخی دستگاه‌های قانونی کشور در مسئله توافق هسته‌ای گفت: این چه وضعی است که همه نشسته‌ایم تماشا می‌کنیم و ذکر "سبوحٌ قدوس" گرفته‌ایم! حرف من این است که ضمن اینکه باید این توافقنامه را تصویب کنیم، اما باید بدانیم که تصویب داریم تا تصویب. خیلی کار داریم که باید انجام دهیم؛ نباید تنبلی کنیم.
وی افزود: من این نکات را در خدمت ریاست محترم مجلس(دکتر علی لاریجانی) هم گفته‌ام و از همه نمایندگان مجلس هم به عنوان برادر کوچکشان که سالها در مجلس بوده، خواهش می‌کنم که این فرصت تاریخی را از دست ندهند، چرا که ملت از آنان انتظار دارد. باید بند بند این توافق را بررسی کنند و تمام منافذ سوء استفاده آمریکا را ببندند. لذا باید طرحی در مجلس ارائه شود که مصوبه‌ای 30 یا 40 بندی از آن استخراج شود و البته یک بندش هم این باشد که این توافق را قبول داریم و دولت هم نباید ناراحت شود. چرا که این کار مجلس کمک به دولت در آینده خواهد بود.
معاون اسبق وزارت خارجه و مذاکره‌کننده ارشد کشورمان در مذاکرات قطعنامه 598 در ادامه این گفت‌وگو و در پاسخ به این سوال که مجاری سوءاستفاده‌ها از توافق هسته‌ای توسط طرف مقابل ایران چیست و از کجاها ممکن است آسیب ببینیم و چگونه می‌شود جلوی این آسیب‌ها را گرفت؟ خاطرنشان کرد: من قسمت‌های عمده آن را می‌توانم بگویم. این بحث، بحث مورد علاقه من است که اگر بخواهم همه این قضایا را شرح کنم یک کتاب 1000 صفحه‌ای می‌توان منتشر کرد. چرا که نکات بسیار مهمی در قطعنامه و "Joint Plan of Action " و نیز در road map توافق شده بین ایران و آژانس وجود دارد.
در ادامه این گفت‌وگو خبرنگار گفت: اولاً راهکاری که ارائه کردید به نظر بنده بسیار جالب و جذاب بود؛ نکته مهمی که شما نیز بدان اشاره کردید آن است که بالاخره توافقی توسط تیم مذاکره‌کننده صورت گرفته که اگر بخواهیم آن را رد کنیم، احتمالا هزینه بسیاری برای کشور خواهد داشت. هم از نظر سیاسی و هم از نظر امنیتی. درباره بحث فکت‌شیت هم که فرمودید، به نظرم ایده بسیار مهمی است. یعنی اگر می‌خواهیم توافق را بپذیریم باید با الصاق یک فکت شیت بسیار کلیدی که جلوی سوءاستفاده‌ها را حتی الامکان بگیرد، این کار را انجام دهیم. اما نکته دیگری که وجود دارد آن است که درصحبت‌های آقایان ظریف، صالحی و عراقچی طی این مدت بعد از جمع بندی وین، نکات مهمی وجود داشت که درباره نقاط تفسیربرانگیز مطرح کردند. این توضیحات یا توجیهات اکثراً از باب اطمنیان‌بخشی به داخل بوده که مسئله امنیتی و یا غیره متوجه کشور نخواهد شد. این پیشنهاد چگونه است که خود آقایان ظریف و عراقچی یک فکت‌شیتی را آماده کنند و این را همراه همان برجام به مجلس ارائه دهند و درباره آن بحث صورت گیرد؟
*مجلس با تصویب فکت‌شیت، راه تحمیل تفسیر غرب از توافقنامه را سد کند
محمد جواد لاریجانی در پاسخ گفت: مقام معظم رهبری این کار را به مراجع قانونی فرستاده‌اند. بر اساس مصوبه خود مجلس این توافق باید در مجلس و هماهنگی با شورای عالی امنیت ملی تصویب شود، بنابراین دو مجرای قانونی داریم که هر دو باید فعال شوند، اینگونه نیست که مثلا فقط شورای عالی امنیت ملی باشد یا فقط مجلس. مجلس باید کار خود را بکند و با شورای عالی امنیت ملی هم هماهنگ باشد و طبیعتاً در این مباحث از حضور کسانی که در مذاکره بودند باید استفاده شود.
بنیانگذار مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی با بیان اینکه "مجلس نمی‌تواند وظیفه خود را به دیگری تفویض کند"، افزود: تهیه این فکت شیت، مسئولیت مجلس است و به نفع نظام است که این مباحث تبدیل به مصوبه‌ای شود تا جاهایی که غرب می‌خواهد با سواستفاده، تفسیرهای خود را به موافقت‌نامه تحمیل کند آنها را در این مصوبه Block (سد) کند. این یک کار بسیار مهمی است و همه می‌توانند در این زمینه به مجلس کمک کنند اما مجلس نباید این مسئولیت را از دوش خود بردارد و هیچ رافع مسئولیت از دوش مجلس نیست.
* آسیب‌پذیری برجام فراتر از خطوط قرمز است
معاون امور بین‌الملل قوه قضائیه در پاسخ به این سوال که آیا منظور شما از نقاط آسیب پذیر موجود در توافقنامه مربوط به جاهایی است که ممکن است از خطوط قرمز عبور شده باشد، تصریح کرد: آسیب‌پذیری ما فراتر از این خطوط قرمز است، حتی جاهایی که دولت ما خطوط قرمز را رعایت کرده معنایش این نیست که نقطه آسیب‌پذیر وجود ندارد.
* اولین نقطه آسیب‌پذیری برجام در زمینه سیاسی است
لاریجانی با بیان اینکه "اولین نقطه آسیب‌پذیری در زمینه سیاسی است که کمتر درباره آن بحث شده است" اظهار داشت: آمریکایی‌ها با قوّت تبلیغ می‌کنند که جمهوری اسلامی ایران بعد از 36 سال که استراتژی مقاومت پیشه کرده بود، حالا به خواسته آمریکایی‌ها و غرب گردن نهاده و در امر انرژی هسته‌ای حرف آنها را قبول کرده است و این در حالی است که تاکنون معتقد بود حرفهای طرف مقابل مشروعیتی ندارد.
* پیشگفتار برجام به گونه‌ای نوشته شده که گویا فقط ایران نشسته تا نگرانی‌های غرب را برطرف کند!/ مجلس نگرانی‌های ایران را در فکت‌شیت بنویسد
وی با بیان اینکه "در متونی که ما قبول کردیم زمینه برای چنین سوء‌استفاده‌هایی توسط طرف مقابل و بویژه آمریکا وجود دارد" تصریح کرد: بعنوان مثال سند توافق نهایی یک مقدمه، پیشگفتار، متن و ضمائم دارد که در پیشگفتار تماماً نگرانی‌های آمریکا و غرب بیان شده؛ یعنی گویی ما نشسته‌ایم و وظیفه داریم نگرانی‌های غرب را برطرف کنیم؛ خب دو کلمه هم گفته شود که نگرانی ایران هم در این توافقنامه باید برطرف شود. آنها به ما می‌گویند باید نشان دهید دنبال سلاح هسته‌ای نیستید، خب ما هم باید بگوییم شما باید نشان دهید نسبت به ما استاندار دوگانه ندارید، حقوق ما را زیر پا نمی‌گذارید و تبعیض قائل نمی‌شوید. پس معتقدم در این بخش توافق متوازن نیست؛ یعنی همیشه ما هستیم که باید نشان دهیم بچه خوبی هستیم
رئیس پژوهشگاه دانش‌های بنیادی با بیان اینکه هر کس این متن را بخواند در معرض سوءتعبیر سیاسی قرار می‌گیرد، تاکید کرد: مجلس می‌تواند این را دقیقاً تبیین کند چون این سوءتعبیر برای طرف‌های مقابل ایران، آغاز کار است؛ بعداً معتقدند که ایران باید بقیه دغدغه‌های آمریکا و غرب را هم در امر حقوق بشر، در امر منطقه، حزب‌الله و ... گوش دهد. پس به نظر غرب این یک آغازی است برای یک تغییر بسیار مهم. خب مجلس این را می‌تواند سد کند. اینکه مقام معظم رهبری مرتباً می‌فرمودند این مذاکرات فقط مربوط به مسئله هسته‌ای است، ناظر به جلوگیری از این سوء استفاده سیاسی بود.