وی با بیان اینکه «من مطمئن هستم که هرگز هیچگونه اطلاعاتی که طبقه‌بندی بوده باشد را ارسال و یا دریافت نکرده‌ام» ادعاهای مطرح در این زمینه را رد کرد.
دیدگاه درونی تیم مدیریت کارزار تبلیغات ریاست جمهوری کلینتون هم اینگونه است: «کلینتون آنچه را که لازم بوده است انجام داده است، در رابطه با ایمیل‌ها هیچ نگرانی واقعی وجود ندارد، خاصه، کل موضوع مربوط به عصبانیت موجود از تلاش‌های وی برای پیروزی و ورود به کاخ سفید است».
اما پس از اینکه مقامات قضایی و امنیتی به بررسی این موضوع علاقه‌مند شدند، عدم وجود نگرانی در بین اعضای کارزار انتخاباتی کلینتون تغییر کرد و به احساس اضطراب تبدیل شد.
یکی از اعضای کارزار انتخاباتی کلینتون که خواست نامش فاش نشود در این زمینه به واشنگتن‌پست گفت: «آن‌ها در این‌باره نگران هستند. آن‌ها نمی‌دانند این موضوع به کجا کشیده می‌شود، این مشکل است».
مناقشات بر سر ایمیل شخصی کلینتون به یک مرحله جدید و احتمالا جدی‌تر کشیده شده است. آنچه که پنج ماه پیش و به صورت یک سؤال کوچک در مورد آرشیو مناسب اسناد دولتی بود به یک مورد بزرگتر و از نظر سیاسی خطرناک‌تر تبدیل شد: اینکه عملکرد وزیر وقت خارجه آمریکا و دستیاران نزدیک وی در انتخاب گزینه استفاده از سیستم ایمیل شخصی، به مثابه نادیده انگاشتن عقل سلیم بوده و ممکن است که اطلاعات حساسی را در معرض دسترسی از سوی افراد ناپاک قرار داده باشد.
31 جولای بود که اولین اخطار از سوی دادستان وزارت دادگستری آمریکا خطاب به وکیل باسابقه کلینتون، دیوید کندال صادر شد و خواستار دسترسی به حافظه محتوی حدود 30 هزار ایمیلی بود که کلینتون پیشتر در اختیار وزارت خارجه این کشور قرار داده بود. شش روز پس از آن، کندال این حافظه را که در یک گاوصندوق در دفتر وی در وزارت خارجه آمریکا قرار داشت، در اختیار اف‌بی‌ای قرار داد. پس از آن اف‌بی‌آی خواهان در اختیار گرفتن سرور اختصاصی کلینتون شد. این سرور نیز که در یک مرکز داده در نیوجرسی قرار داشت نیز به اف‌بی‌ای ارائه شد.
علاقه‌مندی اف‌بی‌آی به بررسی سیستم ایمیل شخصی هیلاری کلینتون پس از آن ایجاد شد که بازرس کل نهادهای اطلاعاتی آمریکا موضوع را در ششم جولای به وزارت دادگستری ارجاع داد. مقامات اطلاعاتی نگرانی خود را بابت این موضوع ابراز کرده بودند که اطلاعات حساس در اختیار دولت نبوده و سیستم غیرعادی ایمیل‌های کلینتون حاوی «مفاد» محرمانه بوده است.
این تحقیقات که همچنان در مراحل اولیه خود هستند، بر این نکته تمرکز دارد که چگونه مانع از خسارت‌هایی شوند که ممکن از ناحیه ایجاد ریسک برای اطلاعات طبقه‌بندی شده حاصل می‌شود. مقامات عنوان داشته‌اند که کلینتون هدف نیست. اما طبق نظر کارشناسان حقوقی، اگر شواهدی یافت شود که یک نفر به صورت غیرعمدی اطلاعات محرمانه دولت را به درستی مدیریت نکرده باشد، این نوع از بررسی امنیتی می‌تواند به یک تحقیق جنایی تبدیل شود.
حامیان دموکراتیک کلینتون در کنگره آمریکا شامل آن‌هایی که به پرسش‌های مطرح در مورد ایمیل‌ها دسترسی دارند این امکان را که کلینتون به خاطر مدیریت و برخورد نامناسب با اطلاعات محرمانه مسئول شناخته شود را رد کردند.
اما پس از آنکه مشخص شد برخی بیانیه‌های صادر شده در دفاع از عملکرد کلینتون نادرست بوده‌اند، موضوع مرتبط با ایمیل‌های وی تشدید شده است.
کلینتون همانگونه که در آیوا عنوان کرد، تا کنون چندین مرتبه تأکید کرده است که ایمیل‌های حاوی اطلاعاتی که در آن زمان محرمانه بوده‌اند را هرگز نه فرستاده و نه دریافت کرده است.
اما بازرس کل نهادهای اطلاعاتی آمریکا که نمونه‌ای کوچک از ایمیل‌های کلینتون را بررسی کرده است، دیدگاهی متناقض با این ادعا دارد. در حالی که ایمیل‌ها در آشکار اینگونه به نظر نمی‌رسند، اما حاوی اطلاعاتی طبقه‌بندی شده هستند. بازرس کل این هفته اعلام کرد که وی اطلاعاتی را در دو ایمیل یافته است که از نظر نهادهای اطلاعاتی به کلی سری، بالاترین رده از طبقه‌بندی اطلاعاتی، هستند.
پس از این اتفاقات بود که کلینتون و دستیاران وی در کارزار انتخاباتی او همچنین وزارت خارجه آمریکا لحن خود را تغییر داده و با شدت و حدت کمتری ادعاهای مطرح در مورد اطلاعات طبقه‌بندی شده را رد می‌کنند.