این عضو مجلس خبرگان با بیان اینکه مسجد باید پاتوق جوانان باشد، اظهارکرد: میدان دادن به جوانان به واسطه عضویت آنان در هیئت امنای مسجد و واگذاری امور به آنان از ضرورت های جذب جوانان به مسجد است.
خاتمی تبدیل شدن به کانون رشد علمی را دومین کارکرد مسجد بیان کرد و گفت: جوانان و نوجوانان باید به واسطه حضور در مسجد به درجات بالای علمی دست پیدا کنند.
وی سومین کارکرد مسجد را کانون تحکیم تقویت و تحکیم اعتقادی دانست و خاطرنشان کرد: در شرایطی که جامعه با بمبارانهای شبهه افکنی دشمنان مواجه است مسجدیها باید نسبت به تقویت باورها و اعتقادات دینی جوانان و دیگر اقشار جامعه جدی و حساس باشند.
امام جمعه موقت تهران نقش و رسالت امام جماعت در مقابله با تهاجم دشمن را کلیدی خواند و افزود: امام جماعت باید با برگزاری جلسات پرسش و پاسخ به شبهات در مسجد فضایی را فراهم کند که هیچ جوانی به خودش اجازه ندهد شبهه‌ها و تردیدها را در دل خودش نگه دارد.
خاتمی با اشاره به سخن شهید بهشتی مبنی بر اینکه «شک معبری خوب، اما توقفگاه بسیار خطرناکی است»، خاطرنشان کرد: امام جماعت اگر شده باید با اصرار شبهات جوانان را جویا و نسبت به رفع آنان پاسخ بدهد.
وی در همین زمینه به مسئله وحدت بین شیعه و سنی و چگونگی پاسخ گویی به شبهات در این عرصه اشاره و خاطرنشان کرد: برخی در تفسیر نادرست، وحدت را در مطرح نکردن مبانی اعتقادی شیعه و سنی میدانند در حالی که معنای صحیح وحدت یکی بودن در برابر دشمن است در عین حال باید مبانی اعتقادی را نیز بیان کرد.
این عضو مجلس خبرگان با اشاره به اینکه مسجد باید کانون توسل، دعا و عشق به خدا باشد گفت: گاهی یک دعای توسل و روضه با معرفت اثرش از چهل کلاس اعتقادی بیشتر و موثرتر است چرا تاثیر عاطفی کمتر از تاثیر عقل نیست.
وی بر لزوم تبدیل شدن مسجد به کانون افشاگری علیه انحرافات تاکید کرد و افزود: فتنههای دشمنان تمام نشده است لذا مساجد باید به مرکز خنثیسازی فتنه‌ها تبدیل شوند.
خاتمی گفت: رییس جمهور آمریکا به صراحت میگوید که باید نسل جدید ایران را به گونهای بار بیاوریم که باور کنند با «مرگ بر آمریکا و اسرائیل» به هیچ جایی نخواهند رسید، حال در چنین شرایطی مسجد و امام جماعت می تواند نسبت به خنثی سازی این فتنه‌ها بی تفاوت باشد؟
این عضو مجلس خبرگان در ادامه به مسئله مذاکرات نیز اشاره کرد و گفت: در عرصه مذاکرات هسته‌ای اولین کسی که شیطنت میکند خود آمریکاییها هستند.
خاتمی در پایان گفت: توافق صورت گرفته بین ایران و 5+1 است و نه آمریکا. همچنین این توافق نیز هنوز مراحل قانونی خود را طی نکرده است و چه به نتیجه برسد و چه نرسد ما با آمریکاییها آشتی نکرده بلکه همچنان 180 درجه با هم اختلاف داریم.