به گزارش مشرق ، علي مطهري در پاسخ به اين سوال که "به تازگي، خبر از حضور سيدحسن خميني به عنوان کانديداي اصلاح‌طلبان براي انتخابات رياست‌جمهوري داده‌اند، به نظر شما اين مي‌تواند مورد اقبال جامعه و مردم قرار بگيرد؟" گفت:

بعيد مي‌دانم ايشان اين پيشنهاد را بپذيرد و در انتخابات شرکت کند. نظر شخصي من اين است که ايشان همان کار علمي‌اش را دنبال کند. ايشان که نوه امام خميني (ره) هستند بهتر است بيشتر روي کار علمي سرمايه‌گذاري کنند، حوزه‌هاي علميه را تقويت و شاگرد تربيت کنند که اين بهتر و مفيدتر است. اساساً شهيد مطهري نظريه‌اي دارد که روحانيون در جمهوري اسلامي به کار اجرايي نپردازند مگر به اضطرار (اگر غير روحاني صالح نباشد) و روحاني نبايد دولتي شود تا نفوذ کلام خود را حفظ کند و رمز قدرت روحانيت شيعه در ايجاد حرکت هاي اجتماعي و اصلاحات، استقلال آن از دولتها بوده است