سرویس چندرسانه ای مشرق- حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در مردادماه سال ۶۶ همزمان با سالگرد شهادت حضرت امام محمد باقر(ع) به تشریح ابعاد زندگی این امام همام پرداختند. ایشان با ذکر این نکته که خط اصلی زندگی ائمه معصومین علیهم‌السلام مبارزه با دشمنان خدا و طاغوت‌‌ها بوده و باید به عنوان زندگی یک انسان دویست و پنجاه ساله تفسیر شود، مبارزه با تحریف معارف و احکام اسلامی و نیز ایجاد تشکیلات بین شیعیان را دو اقدام مهم امام باقر(ع) عنوان کردند.

همچنین در فایل صوتی فوق نیز حضرت آیت الله خامنه ای به نقش امام باقر(ع) در سازماندهی تشکیلات پنهانی تشیع اشاره می کنند. ایشان در بخشی از این گفتار می فرمایند: «امام باقر(ع) در ایجاد تشکیلات تشیع و یک سازمان قوی و همگانی از همه‌ی وسایل مشروع و ممکن استفاده کرد.» (۶۷/۶/۲۵)

«همین‌که افرادی را تربیت کند، به عنوان وکیل و نایب ‌خود بگذارد که کار آن حضرت را دنبال کنند، و ادامه‌ی تبلیغات و تعلیمات آن حضرت را به عهده بگیرند. این سازماندهی ‌پنهانی امام باقر بود، که از زمان قبل از امام باقر شروع شده بود، اما در زمان آن حضرت یک هیجان بیشتری پیدا کرد که کاری بسیار خطرناک بود.» (۶۶/۵/۹)»