شمخانی با اشاره به پیام مقام معظم رهبری و دستور رئیس‌جمهور درباره بهره‌گیری از مجموعه ظرفیت‌های کشور برای مدیریت ابعاد و تبعات این حادثه افزود: از اولین ساعات وقوع این حادثه، ستاد ویژه‌ای در دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی با حضور مسئولان دستگاه‌های ذیربط تشکیل و ضمن ارتباط مستمر با سرپرست حجاج ایرانی مستقر در عربستان سعودی، اقدامات ضروری در حوزه هماهنگ‌سازی مجموعه ظرفیت‌های سیاسی، امدادی، درمانی و اطلاع‌رسانی در داخل کشور را در این زمینه آغاز کرد.
وی با ابراز تاسف نسبت به بی‌توجهی و تمرکز کافی دولت عربستان سعودی نسبت به برگزاری امنیت عظیم‌ترین کنگره جهان اسلام در ایام حج تمتع گفت: تغییر اولویت امنیتی عربستان سعودی و به‌کارگیری نیروهای امنیتی و انتظامی خبره برای تجاوز به کشور یمن و سرکوب مردم مسلمان بحرین و همچنین کاهش کمی و کیفی عوامل انتظامی در حج تمتع، نقش تعیین کننده‌ای در بروز این فاجعه داشته است.
شمخانی با تأکید بر حساسیت و پیگیری مجدانه این موضوع از سوی جمهوری اسلامی ایران تا دستیابی به نتیجه قطعی و همچنین بهره‌گیری از مجموعه ظرفیت‌های قانونی و حقوقی برای تبیین و تعیین عوامل شکل‌گیری و مسببان این فاجعه عظیم گفت: درحال حاضر مجموعه توان دستگاه‌های مسئول برای رسیدگی به وضعیت مجروحان و مشخص کردن وضعیت مفقودان حادثه و همچنین انتقال جانباختگان به کشور بسیج شده و توجیهات لازم در سطح استانداری‌های کشور نیز انجام شده است.
دبیر شورای عالی امنیت ملی در پایان ضمن ابراز همدردی با خانواده‌های داغدار ایرانی و مسلمانان کشورهایی که در این فاجعه عزیزان خود را از دست داده‌اند، آمادگی کشورمان را برای مساعدت به حجاج آسیب دیده سایر کشورها اعلام کرد.