نایب رئیس مجلس خبرگان رهبری در فراز دیگری از سخنان آغازین در درس خارج فقه و اصول، با اشاره به دست نشاندگی و هم پیالگی آل سعود با نظام سلطه و خصوصا شیطان بزرگ امریکا، تولی ایشان با دشمنان خدا و دین را بزرگترین مصداق شرک دانسته و عقاید خرافی و باطل وهابیت در باب شرک آلود بودن زیارت را به چالش کشید.

گروه سیاسی مشرق - آیت الله العظمی هاشمی شاهرودی در ابتدای اولین جلسه درس خارج فقه و اصول خود در سال جدید تحصیلی با اشاره به فاجعه دلخراش منی، این مصیبت سنگین را به خانواده های داغدار تسلیت گفته و بر ضرورت پیگیری بین المللی این حادثه تأکید کرد.
آیت‌الله هاشمی شاهرودی در ادامه به انتقاد شدید از عملکرد دولت یازدهم در واکنش به این فاجعه پرداختند که متن سخنان وی در ادامه می‌آید:
به نظر من اینجا بایستی گله درست و حسابی از دولت کرد. برخوردی که متاسفانه دولت ما دارد با این جریان می‌کند بسیار برخورد نامناسبی است؛ کشوری که 500 نفر از افرادش اینجوری تلف شدند و با این جنایت از بین رفتند خیلی بیش از این نیاز دارد به برخورد با این قضیه، نبایستی رها شود این قضیه. نبایستی در حد این بحث‌های معمولی انجام گیرد.
این یک جنایت است. یک دشمنی است، یک تعدی و تجاوز است و غیر از آن هتاکی‌ها و بی‌اعتنایی‌ها است. معنا ندارد 500 نفر از حجاج کشتته شوند و از بین برود برخوردها در حد مسائل دیپلماسی معمولی باشد....  اینها با ویزای رسمی رفته‌اند. اینها ضیوف‌الرحمانند آنجا این طور با آنها برخورد شود. بیش از این توقع بود و لازم است این دولت اقدام کند.
ایشا درباره وظیفه دولت بعد از اعلام عزای عمومی رهبر انقلاب فرمودند: رهبری معظم انقلاب وقتی اعلام عزای عمومی کردند و آن روز اول بیانیه دادند هنوز عمق فاجعه معلوم نشده بود و بحث 40 تا 30 نفر بود، نه 500 نفر. خوب آن بیانیه که جوابش این نیست که بیانیه مشابه آن صادر کرد. جوابش آن است که باید بیایی وسط میدان. خیلی از کارهای دیگر باید لغو شود کنار شود برای این کار. اجازه ندادند که یک نفر از وزارت خارجه برود کمک کند، ویزا نداند یعنی چه؟

ریس سابق قوه قضاییه گفت: بحث، بحث یک نفر از بعثه و فلان نیست. بحث کل نظام است ... چطور 500 نفر کشته شوند در منا کنار خانه خدا در این حریم. نمی‌دانم این کدامش مطابق با اسلام است با شیوه‌های حکومت اسلامی است. مطابق با آرمان‌های امام است! امام در آن کشتار مکه چگونه برخورد کرد؟ گفت اگر از صدام بگذریم از آل سعود منحوس نمی‌گذریم. گفت این ها بدتر از آنهایند و واقعا هم خوب تشخیص داده بود. 

آیت الله هاشمی شاهرودی درباره کم‌کاری دولتمردان گفت: چطور آقایان از این مسئله به راحتی رد می‌شوند من نمی‌فهمم چطور اینطور شده است، خیلی بیش از این توجه می‌خواهد به این قضیه و با شدت و حدت و از همه تمام توان نظام جمهوری اسلامی باید استفاده شود در این قضیه.

ایشان در ادامه افزودند: اولین مطلب باید گفته شود که ما شما را متهم می‌دانیم نه مسئول. متهم می‌دانیم که شما عمدا این کار را کردی. نیروهای امنیتی شما عمدا این کار را کردند. می‌خواستید شیعیان و ایرانیان را بکشید. معنا ندارد که در این قضیه 50 درصد کشتار مربوط به شیعیان باشد. نسبت شیعیان به کل حجاج که 50 درصد نیست. این همه از ایرانیان در این فاجعه از بین بروند.... باید تحقیق شدید قضایی بین‌المللی و حقوقی بخواهند و دنبال کنند. درد بزرگی است؛ باید تشخیص بدهیم تا کی می‌خواهیم در این مسائل سیاسی خودمان را گول بزنیم؛ امروز رأس دشمنی با نظام ما همین آل سعودند. این را باید درست درک کنیم.... خیلی ما نسبت به این مسائل متاسفانه کم توجه شدیم و تحت تاثیر پروتکل‌ها و تشریفات سیاسی و دیپلماسی قضایای اصلی و اساسی را فراموش کردیم و کمرنگ شده است.

ایشان درباره وظایف حکومت اسلامی فرمودند: این مناسب با وظایف یک حکومت اسلامی نیست. حکومت اسلامی بایستی از امیرالمومنین درس بگیرد. از خود امام الگو بگیریم که در مقابل این قبیل مسائل خیلی خوب درک می‌کرد، تشخیص می‌داد و خوب موضع می‌گرفت. چطور از ابتدا تشخیص داد که شیطان بزرگ آمریکا است و همه مشکلات جهان اسلام از او است ... امام هم خوب تشخیص می‌داد و هم صریح موضع می‌گرفت. دولت ما باید منش امام را الگوی خودش قرار بدهد. بعد هم واقعا این خیلی دردناک است این فاجعه را که نگاه می کنیم. مقداری از طلاب و روحانیون در این فاجعه از بین رفتند ... حجاج زیادی از شهرستان‌های مختلف تلف شدند. خلاصه درد بزرگی است و با این درد انسان حال درس گفتن هم ندارد. انا لله و انا الیه راجعون.

خدا به مسئولین مربوطه در دولت ما ان‌شاءالله همت بدهد، توجه بدهد، بفهمند این قضایا را به شکل بهتری و دقیق‌تری تا موضع قوی تری بگیرند. قطعا دولت می بایستی بالاترین راه‌ها را انتخاب کند برای تحقیق جنایی در این قضیه. ما قبول نمی کنیم که یک چیز اتفاقی بوده است. قطعا نباید قبول کرد. اگر اتفاقی بود اینقدر نسبت کشته‌ها از شیعیان بالا نبود... آن وقت ما این را مثلا یک کار اتفاقی بدانیم که یک مسئولی می‌خواسته رد شود، این حرفها نیست. باید تحقیق شود و باید این اتهام به اینها خورده شود چون واقعا متهمند واقعا متهمند. ظن به اتهام هست، ظن به جنایت و تعمد هست در این کار، اگر نگوییم اطمینان هست از این رژیم تکفیری.... این را بایستی جور دیگری برخورد کرد... خدا مسئولان را هدایت کند درست برخورد کنند با این قضیه و اینگونه از کنار این قضیه نگذرند.