این مدارك بر خلاف دانشگاه، تأثیر مستقیم در القاب و پیش‌وندهای روحانیون ندارد. خصوصاً این‌كه این مدارك در دهه‌های اخیر پس از انقلاب اعطا شده است. این بدین معنا نیست كه این القاب بدون ضابطه است. مثلاً فقط به مجتهدین آیت الله میگویند و هر مجتهدی ناگزیر باید دوره‌ی خارج را – ولو چند سال- گذرانده باشد و این تقریباً به معنای همان اتمام سطح چهار است.
نكته دیگر این است كه این الفاظ در طول تاریخ دست‌خوش تغییر شده اند. مثلاً ثقة الاسلام كه اینك برای طلاب مقدمات‌خوان و مبتدی به كار می‌رود در گذشته برای علمای بزرگ به كار می‌رفت مانند ثقةالاسلام كلینی. یا لفظ حجة الاسلام و المسلمین برای مراجع به كار برده می‌شد چنان‌چه بر روی رساله‌ها ی مرحوم آیت الله بروجردی می‌بیننیم، اما امروز این الفاظ معنای دیگری یافته‌اند. حتی برخی استعمال‌ها نوظهور و مربوط به سده‌ی اخیر است، لقب آیت الله العظمی پس از مرحوم بروجردی رایج شد.
كاربرد این القاب قاعده و قانون خاصی ندارد و توده‌ی مردم بیشتر از مرحله‌ی تحصیل در آن نقش دارند. به این معنا كه در قوانین حوزوی قانونی نیست كه گفته شود این مرحله‌ی تحصیلی مساوی این لقب است. اما عرف تحصیلات را نیز در نظر می‌گیرد.
مهم‌ترین این القاب عبارتند از: ثقة الاسلام، حجة الاسلام، حجةالاسلام والمسلمین، آیت الله، آیت الله العظمی.
ثقة الاسلام
ثقة الاسلام به طلاب مبتدی و مقدمات‌خوان اطلاق می‌شود. دوره ی مقدمات از آغاز طلبگی تا پایان كتاب شرح لمعه است كه معمولا در شش سال به پایان می‌رسد. در این دوره طلاب با ادبیات عرب به طور مفصل و فقه و اصول به صورت نیمه استدلالی آشنا می‌شوند. واژه ی ثقة الاسلام كاربرد اندكی دارد و غالباً استعمال نمی شود.
حجةالاسلام
حجةالاسلام به طلاب دوره سطح گفته می‌شود. در این دوره طلاب سه كتاب فرائدالاصول معروف به رسائل و كفایة الاصول را كه در علم اصول نگاشته شده است به همراه كتاب مكاسب تلمذ می‌كنند. این كتب شامل فقه و اصول استدلالی است كه به صورت متن محور تدریس می‌شود. این معمولاً چهارسال به طول می‌انجامد.
حجةالاسلام والمسلمین
با ورود به مرحله بعد و اشتغال به درس خارج، لقب طلاب كمی سنگین‌تر می‌شود و به آنان حجة الاسلام و المسلمین گفته می‌شود. دوره‌ی خارج ادامه دوره‌ی سطح است و در آن فقه و اصول به صورت مفصل و استدلالی بحث می‌شود با این تفاوت كه متن محور نیست و استاد كتاب خاصی را محور درس قرار نمی‌دهد و بحث آزاد است. البته سیر درس و فهرست آن معمولاَ منطبق با یكی از كتب معروف است. برای نمونه بحث اصول غالباَ مطابق با سیر كتاب كفایه است، كه در سالیان اخیر عده‌ای از بزرگان در صدد تكمیل این سیر بودند مانند آیت الله شیخ محمدحسین اصفهانی كه الاصول علی نهجه الحدیث را با ترتیب و تبویب نو نگاشت و پس از وی به شهید آیت الله سید محمدباقر صدر نیز می‌توان اشاره كرد. سیر خارج فقه نیز غالباَ بر اساس كتاب عروة الوثقی یا شرایع است. مرحوم آیت الله فاضل لنكرانی تحریرالوسیلهِ امام خمینی را محور سیر درس خارج فقه قرار داده بود.
آیت الله
آیت الله به كسی اطلاق می‌شود كه دوره‌ی خارج را با موفقیت گذرانده باشد و به درجه اجتهاد رسیده باشد. اجتهاد به این معناست كه این فرد این توانایی را دارد كه خود با استفاده از ادله و مبانی فقهی و اصولی احكام را استخراج كند. مجتهد خود بر دو گونه است، كسی كه در برخی از ابواب فقه مجتهد است كه وی را مجتهد متجزی می‌نامند و كسی كه در تمام ابواب فقه مجتهد است.
آیت الله العظمی
به مراجع تقلید آیت الله العظمی گفته می‌شود. مرجع تقلید مجتهد اعلم جامع الشرایط است. هر مجتهدی به مقام مرجعیت نمی‌رسد. برخی از این عنوان و مقام فرار می‌كنند مانند مرحوم سید محمد فشاركی و برخی به احترام استاد خود ردای مرجعیت بر تن نمی‌كنند مانند شیخ محمدعلی كاظمی نویسنده فوائد الاصول كه تقریر نویس درس میرزای نائینی است و برخی خود قائل به مرجعیت دیگری هستند.
واژه‌هایی دیگر نیز برای تجلیل از مقام علمی روحانیون استفاده می‌شود مانند علامه. كه بیشتر ناظر به جامعیت و ذوالفنون بودن است مانند علامه شعرانی و علامه طباطبائی.