مختار در چنین روزی دستور داد بر بالای بام‌ها، نی‌ها را آتش زده و به دنبال آن صدای «یا منصور اَمِت» و «یا لثارات الحسین»، در کوفه طنین‌انداز شد، در این هنگام جنگ‌هایی میان سپاهیان مختار به فرماندهی ابراهیم اشتر و سپاهیان ابن مطیع در گرفت که در همه آنها سپاهیان مختار به پیروزی رسیدند.
پس از گذشت چندی، مختار سر عبیدالله بن زیاد را برای امام سجاد(ع) فرستاد، امام زین‌العابدین(ع) خیلی خوشحال شدند و نقل است که مختار را دعا کردند و فرمودند: «جزى الله المختار خیرا» و این گونه بود که اهل بیت(ع) بعد از واقعه عاشورا یک حالت جشن کوچک همراه با پخش میوه برگزار کردند.
*فرجام برخی قاتلان امام حسین(ع)
در آن زمان جامعه اسلامی شاهد چند جناح بود، یکی «عبدالله بن زبیر» که حجاز در دست او بود. دیگری شام بود که باقی مانده بنی‌امیه آنجا بودند و بعد از مختار ظهور کرد، در حقیقت مختار، کوفه را از دست فرماندار ابن زبیر درآورد، بنابراین اصطکاک شدیدی بین مختار و ابن زبیر وجود داشت و امام سجاد(ع) در مدینه تحت حاکمیت شدید ابن زبیر حضور داشت، تأیید علنی و رسمی امام سجاد(ع) از مختار به معنی مقابله با ابن زبیر بود که چند خصوصیت بارز داشت، یکی اینکه به شدت مخالف اهل بیت(ع) بود، ویژگی دیگر ابن زبیر خشونت بود. ماجرایی معروف است که محمد بن حنفیه و ابن عباس و گروهی از بنی‌هاشم را کنار زمزم جمع کرد و گفت که یا باید با من بیعت کنید یا شما را با آتش می‌سوزانم! هیزم هم برای این کار جمع‌‌آوری کرده بود که مختار نیرو فرستاد و آنها را آزاد کرد.
شمار کشته شدگان در قیام مختار را بر سه هزار نفر از جمله عمربن سعد و پسرش، شمر بن ذی الجوشن، حکیم بن طفیل، زیاد بن مالک، خولی، منقذ بن مره، عبدالله بن اسید، سنان، زید بن رقاد، مالک بن بشر، حرمله، عمرو بن حجاج، ربیعة بن مخارق گفته شده است.
جدول پیش‌رو با استناد به دانشنامه 14 جلدی امام حسین(ع) به بیان فرجام برخی از قاتلان امام حسین(ع) و یاران با وفای ایشان از سوی مختار و طرفداران وی می‌پردازد:
| نام | نقش وی در کربلا | سرانجام و چگونگی مرگ |
| شمر بن ذی‌الجوشن | نقش‌آفرین اصلی جنایات کربلا، صدور دستور یورش همه جانبه به امام حسین(ع) و یارانش | دستگیری توسط مختار ثقفی، گردن زدن او و انداختن وی در روغن داغ |
| عبید الله بن زیاد | در حادثه کربلا، همه جنایت‌ها به دستور مستقیم عبیدالله تحقق یافت و بعد از یزید بیشترین نقش را در فاجعه عاشورا داشت | چکیدن قطره خونی از سر مبارک امام حسین(ع) بر ران او و باقی ماندن آن زخم تا آخر عمر، جسدش توسط ابراهیم بن مالک اشتر به آتش کشیده شد |
| عمر بن سعد | مجرم شماره سوم فاجعه کربلا و فرماندهی عملیات کربلا را بر عهده داشت | به دستور مختار ثقفی به قتل رسید و سرش از تن جدا شد |
| حرملة بن کاهل | پرتاب تیر بر گلوی علی‌اصغر(ع) | مختار ثقفی دستور داد تا بدنش را تیرباران کنند |
| حصین بن نُمیر | فرمانده تیراندازان لشکر عمر بن سعد و تیراندازی به امام حسین(ع) | ابراهیم بن اشتر جسد او را سوزاند و سرش را برای مختار به کوفه فرستاد، سر او در مکه و مدینه آویزان ماند تا درس عبرتی برای دیگران باشد |
| شبث بن ربعی | با شمشیر به صورت مبارک امام حسین(ع) زد | ابراهیم بن مالک اشتر آنقدر ران‌هایش را برید تا مرد. سپس سرش را جدا و جسدش را سوزاند |
| ابحر بن کعب | برداشتن مقنعه حضرت زینب(س) و کشیدن گوشواره از گوش ایشان | ابراهیم بن مالک اشتر، دست و پاهایش را قطع کرد، چشم‌هایش را از حدقه درآورد |
| شرحبیل | از پشت بر صورت امام حسین(ع) زد | مختار او را با آتش سوزاند |
| بَجدل بن سُلیم | انگشت مبارک امام(ع) را برای در آوردن انگشتر برید | مختار او را دستگیر، دست و پاهایش را برید آنقدر در خون غلتید تا هلاک شد |
| اسحاق بن حَیوه حضرمی | داوطلبانه بر پیکر امام حسین(ع) تاخت و پیراهن حضرت را به غارت برد | با پوشیدن پیراهن اباعبدالله(ع) به مرض پیسی مبتلا شد و موهایش ریخت، توسط مختار دستگیر شد و دستور داد بر بدنش تاختند تا به هلاکت رسید |
*مهم‌ترین اقدام مختار
مهم‌ترین اقدام مختار را می‌توان مقابله با سپاه شام دانست، این جنگ در سال 67 هجری میان سپاه اعزامی مختار به فرماندهی ابراهیم بن مالک اشتر و سپاه شام به فرماندهی عبیدالله بن زیاد، حصین بن نمیر سکونی، شرحبیل بن ذی الکلاع بود که سپاه شام شکست خورده و متفرق شدند.
حمله سپاه زبیریان به فرماندهی مصعب بن زبیر را باید پایان کار مختار به حساب آورد، آنها می‌خواستند مختار را سرکوب کرده و کوفه را زیر سلطه خود درآورند. در این رابطه افرادی چون محمد بن اشعث بن قیس که از قاتلین امام حسین(ع) بود، در شمار افرادی بود که به عنوان یکی از فرماندهان نیروهای زبیری به کوفه حمله برد. جریان درگیری به نفع زبیری‌ها خاتمه یافت و مختار با گروهی از یارانش به شهادت رسیدند.
درباره اینکه آیا مختار شیعه بوده است یا نه نمی‌توان به صراحت سخن به میان آورد، چرا در آن زمان شیعه‌ای که ما امروز آن را مطرح می‌کنیم، خیلی ملموس نبود. در حقیقت بعد از امام صادق(ع) و ائمه متأخر، تفکر شیعه بسط یافته است، پس می‌توان این گونه بیان کرد که در آن زمان شیعه به کسانی اطلاق می‌شد که طرفدار اهل بیت(ع) و حکومت آنان بودند و این خیلی روشن نیست که درباره مختار و حتی خیلی‌های دیگر بگوییم که آنها شیعه دوازده امامی بودند، بنابراین مختار در آن زمان بیشتر به مثابه اینکه محب اهل بیت(ع) و طرفدار آنان بود، شیعه محسوب می‌شد، وی از محبان اهل بیت(ع) و از طرفداران خط اهل بیت(ع) بود و در آن شکی نیست و به خاطر این طرفداری به زندان رفت.