از مهمترین اهداف این طرح ملی که تاکنون نیز مورد توجه برخی کشورهای جهان از جمله سازمان بهداشت جهانی قرار گرفته است کاهش دریافت غیرمتعارف (زیرمیزی)، ترویج زایمان طبیعی، کاهش پرداختی از جیب مردم (بیماران بستری) در بیمارستان تحت پوشش این طرح و... به همراه بحث اصلاح آموزش پزشکی و ارتقای بهداشت در حا شیه شهرها و همچنین توسعه بهداشتی خدمات دندانپزشکی به اجرا گذاشته شده است.
حال کمااینکه بسته‌هایی به مانند حمایت بیشتر از بیماران صعب‌العلاج و مبتلا با سرطان با وجود تاکیدات فراوان همچنان در سنگلاخ بودجه به دلیل عدم حمایت بیماران مورد بی‌مهری قرار گرفت در حالی که در قالب این طرح 11 میلیون نفر فاقد بیمه تحت پوشش بیمه قرار گرفتند. ولی با این وجود بیمه‌ها برمدار این مسئله انتقاد می‌کنند که با افزایش تعرفه‌های پزشکی توان مالی آنان بر حمایت بیشتر طرح تحول سلامت کاهش یافت. کما اینکه علی ربیعی وزیر رفاه همچنان بر زمین نخوردن این طرح تاکید می‌کند.
حال پس از 730 روز از اجرای طرح ملی که قدمی در راه اجرای منویات رهبر معظم انقلاب بر کاهش درد و رنج بیماران به حساب می‌آید هنوز برخی از مردم از ارجاع آنان برای تهیه دارو، تجهیزات پزشکی و انجام آزمایشات به خارج از بیمارستانهای طرح تحول گلایه دارند.
در این رابطه عباس زارع‌نژاد مشاور وزیر بهداشت و مدیر کل روابط عمومی و اطلاع‌رسانی وزارت بهداشت با تخلف خواندن این نوع ارجاعات به خارج از بیمارستانهای تحت پوشش طرح تحول به تسنیم عنوان کرد: مردم در این مواقع با شماره 1590 تماس حاصل کنند و نوع ارجاعات خود را گزارش دهند.
مشاور وزیر بهداشت ادامه داد: از 570 بیمارستان کمتر از 4 درصد ممکن است چنین تخلفاتی صورت پذیرد و با بخشنامه صریح وزیر بهداشت قاعدتا نباید چنین ارجاعاتی صورت پذیرد چون برخورد شدید خواهد شد.
همچنین در این زمینه ایرج حریرچی - قائم مقام وزارت بهداشت نیز در باره اقدامات و فعالیت‌ها در اجرای دو ساله طرح تحول سلامت عنوان کرد: در این مدت 2300 پزشک عمومی به شبکه روستایی تزریق شد و 14 میلیون و 700 هزار نفر در این مدت در حوزه بستری مورد حمایت مالی قرار گرفتند و در نهایت 920 هزار زایمان طبیعی نیز صورت پذیرفت.
حریرچی همچنین با اشاره به اینکه اصلاح نظام سلامت 10 تا 40 سال زمان می‌برد پاشنه‌آشیل طرح تحول سلامت را عدم تامین منابع مالی از طریق نظام بیمه‌ای عنوان کرد و افزود: در این مدت دو میلیون و 100 هزار متر مربع بازسازی و بهسازی کف و دیوار مراکز درمانی و 6 هزار و 640 مطب بازسازی شده‌اند و قیمت 42 درصد تجهیزات پزشکی نیز کاهش یافت.
در طول این 730 روز انتقادات، تشویق‌ها و اظهارنظرهای متعددی درباره طرح تحول سلامت از طرف مسئولان و مردم صورت پذیرفت و بارها نیز وزیر بهداشت و مدیران وزارت بهداشت تاکید داشتند که هدف غائی آنان کاهش درد و آلام بیماران خواهد بود کما اینکه این طرح اشکالاتی نیز دارد و تاکنون حتی همایشی برای نقد بزرگترین طرح اجتماعی دولت یازدهم نیز برگزار شد ولی همچنان منتقدین این طرح بر مدار انتقاد خود می‌کوبند و متعاقبا سیدحسن هاشمی کرسی‌دار مقام ارشد سلامت کشور باید با درایتی بتواند پاسخگوی منتقدین و کاهش رنج بیماران باشد کما اینکه وی در اظهارنظرهای متعددی بزرگترین مشکل سلامت ایران را عدم همراهی مناسب بیمه‌ها عنوان می‌کند و راهکار آن را تجمیع بیمه براساس سیاست‌های توسعه و سیاست‌های ابلاغی رهبر معظم انقلاب عنوان کرده است.