وی افزود: وقتی پیامبر(ص) به مدینه هجرت کردند، بنیانگذار مسجد شدند، بنابراین نگاه نبی اکرم(ص) به مسجد فقط مکانی برای خواندن نبوده است، یک کارکرد مسجد از نگاه حضرت(ص) اقامه نماز بوده است، اما در حقیقت نگاه ایشان به مسجد مرکز تجمع مسلمانان در عرصه های مختلف بوده است.
آیتالله خاتمی با بیان اینکه مسجد مرکز حکومت نبی اکرم(ص) بوده است، ابراز داشت: البته موقعیت مسجد در آن زمان بسیط بوده است و با توجه به ظرفیت مسجد که یک حکومت را اداره کرده، بنابراین نگاه دین به مسجد وسیع‌تر از آن است، مسجد تنها مکانی برای اقامه چند وعده نماز در زمان‌های مختلف نیست.
وی با بیان اینکه مسجد به عنوان کانون فرهنگی بزرگ اسلام باید مطرح شود، ادامه داد: برای ایجاد جاذبه در مسجد بایستی که امام جماعت، هیأت امنا، بسیج مسجد، کانون‌های فرهنگی مساجد و بخش‌های دیگر فرهنگی اولاً با هم متحد شوند، ثانیاً هدف بزرگ آن‌ها جذب مردم به معنای عام و جذب نوجوانان و جوانان به معنی الاخص باشد.
امام جمعه موقت شهر تهران خاطرنشان کرد: برای سامان دادن به چنین مسجدی در همه نهادهای مدیریتی مسجد، چه امام جماعت که در حقیقت در رأس همه نهادهای مدیریتی مسجد است و چه دیگر کارگزاران مسجد، نگاه دینی به مسجد باید وجود داشته باشد. امام جماعت نباید اداره مسجد را کار حاشیه‌ای خود بداند و هم در بخش سخت‌افزاری و نرم‌افزاری مسجد تلاش شایسته‌ای داشته باشد.
وی افزود: در بخش سخت‌افزاری؛ نظافت مسجد، معطر بودن مسجد و در یک کلام زیباسازی مسجد برای ایجاد جاذبه بسیار تأثیرگذار است، در بخش نرم‌افزاری برپا کردن برنامه‌های فرهنگی جذاب در خور و شأن مسجد می‌تواند از شاخصه‌های مسجد نمونه باشد.
آیتالله خاتمی در بخش دیگر سخنانش با بیان اینکه مساجد در طول تاریخ کانون خیزش‌های الهی هستند، خاطرنشان کرد: مساجد کانون ابراز عشق به خداوند در زندگی بوده است، انقلاب اسلامی بزرگ ما از مساجد شروع شد و با مساجد ادامه پیدا کرد، در دفاع مقدس مساجد نقش اساسی در کمک‌های پشت جبهه را داشت، همین نقش را مساجد در سطح بین‌المللی دارند.
وی با اشاره به اینکه مسجد کانون یاد خداوند است و خداوند محور وحدت دل‌ها است «إِنَّمَا الْمُؤْمِنُونَ إِخْوَةٌ» و مسجد می‌تواند کانونی برای نزدیکی دل‌های خدایی باشد، درباره مهم‌ترین مأموریت مسجد گفت: نمی‌توان مهم‌ترین مأموریت مسجد را بیان کرد، ولی می‌توان گفت از جمله رسالت‌های مهم مسجد آن است که بتواند مردم به ویژه نوجوانان و جوانان را جذب کنند.