او آموزش نظامی را توسط «شهید اندرزگو» به طور کامل فرا گرفت و به یک چریک زبده و کارآزموده تبدیل شد.
در اوایل پیروزی انقلاب به فرمان امام خمینی(ره) عضو کمیته انقلاب اسلامی شدند و با تشکیل سپاه پاسداران به عضویت رسمی این نهاد مقدس درآمد. از جمله مسئولیت‌هایی که در سپاه به عهده بهروز بود عبارتند از «عضو شورای اطلاعات سپاه پاسداران ، مسئول رسیدگی به پرونده گروهک فرقان و منافقین در سال‌های 60 و 61 ، مأموریت‌هایی در شهرهای گنبد، بانه، سردشت، جنگ‌های شمال (جهت درگیری و دفع منافقین شرور) و حضور در جبهه خصوصاً در عملیات آزاد سازی خرمشهر و کردستان .
بهروز بابایی سال 62 مسئول اطلاعات و عضو شورای فرماندهی منطقه سه کشوری بود که، استان‌های کردستان، گیلان، مازندران و گلستان را شامل می‌شد. سرانجام او در حین مأموریت ، در تاریخ هشتم خرداد ماه 1362در استان مازندران به فیض شهادت نائل آمد و در قطعه 24 شهدا، در کنار دوستان فرمانده شهیدش همچون «چمران» ، «بروجردی» ، «حسینی»و در جایگاه ابدی‌اش که خود قبلاً پیش بینی کرده بود ، به خاک سپرده شد .
به همین مناسبت مراسمی با حضور خانواده شهید ،عده‌ای از همرزمان شهید و مسئولین انجمن سپاس و با اجرای برنامه‌های متنوعی مانند پخش کلیپ، خاطره گویی خانواده شهید و همرزمان و تجلیل از خانواده این شهید برگزار شد.
انجمن پیشکسوتان سپاس به پاسداشت و تکریم مقام این شهید کتابی با عنوان «پرستوی هدایت» به قلم علی اکبر والایی منتشر و فیلم مستند «راز قطرهژ» را تهیه و تولید کرده است.