* بازگشت با قهرمانی
علی دایی که بعد از اخراج از تیم ملی چند‌ماهی خارج از محیط ورزش بود با وجود اینکه زلاتکو کرانچار توانسته بود با پرسپولیس نتایج خوبی کسب کند و با این تیم در رده سوم جدول قرار داشت جایگزین او در پرسپولیس شد. دایی در دو هفته ابتدایی حضورش در پرسپولیس نتوانست نتایج قابل ‌قبولی بگیرد اما پنج برد پیاپی سرخ‌پوشان با دایی هواداران این تیم را به ادامه لیگ برتر امیدوار کرد.

دایی موفق شد در اولین فصل حضورش به‌عنوان سرمربی در پرسپولیس و اولین تقابلش مقابل استقلال به شش بازی پیاپی که دو تیم به تساوی رسیده بودند پایان دهد و با گل کریم باقری سرخ‌پوشان پایتخت موفق شدند استقلال را با نتیجه 2 بر یک شکست دهند.

دایی در نهایت در اولین فصل حضور خود با پرسپولیس در لیگ برتر به رده چهارم جدول رده‌بندی و پایین‌تر از استقلال رده‌سومی رسید اما موفق شد با این تیم اولین قهرمانی خودش در جام حذفی به‌عنوان سرمربی را جشن بگیرد تا بازگشتش به فوتبال همراه با قهرمانی باشد.

* پایان کار در پرسپولیس

هواداران پرسپولیس انتظار داشتند دایی در فصل دوم هدایت سرخ‌پوشان با این تیم بتواند عنوانی بهتر از چهارمی لیگ برتر را به دست آورد اما پرسپولیسی‌ها با هدایت دایی نتوانستند در لیگ دهم، عملکرد قابل قبولی داشته باشند و در نهایت مقام چهارمی خود در لیگ نهم را تکرار کردند.

دایی که در اولین داربی خود به‌عنوان سرمربی مقابل استقلال به پیروزی رسیده بود در هر دو بازی لیگ دهم مقابل رقیب سنتی خود تن به شکست داد تا آغاز بردهای پیاپی پرویز مظلومی مقابل پرسپولیس در زمان علی دایی باشد. در اواخر لیگ دهم، اختلافات علی دایی و حبیب کاشانی، مدیرعامل باشگاه پرسپولیس زیاد شد ولی با وجود این، دایی موفق شد پرسپولیس را با وجود همه اختلاف‌هایی که با مدیرعامل باشگاه و برخی لیدرهای این تیم داشت، برای دومین سال پیاپی به قهرمانی جام حذفی برساند.

در لیگ یازدهم با وجود اینکه علی دایی از سوی کمیته فنی باشگاه پرسپولیس به‌عنوان سرمربی این تیم انتخاب شد به دلیل قبول‌نکردن همکاری با حبیب کاشانی مدیرعامل این باشگاه هدایت سرخ‌پوشان پایتخت را نپذیرفت.

* عملکرد متوسط

علی دایی بعد از اینکه هدایت سرخ‌پوشان را بر عهده نگرفت برای دو فصل به تیم راه‌آهن پیوست. با وجود اینکه راه‌آهن همیشه یکی از تیم‌هایی بود که کاندیدای سقوط به شمار می‌آمد در دو فصلی که علی دایی هدایت این تیم را بر عهده داشت عملکرد متوسطی داشت و با هدایت آقای گل جهان در میانه‌های جدول رده‌بندی قرار داشت.

علی دایی در فصل اول حضورش در راه‌آهن با این تیم به مقام یازدهم رسید. او در فصل دوم با راه‌آهن عملکرد بهتری داشت و با این تیم توانست تا رده هشتم لیگ برتر برسد تا کارنامه‌ای بهتر از مربیان سابق این تیم از خود به جای بگذارد.

* بازگشت به پرسپولیس

با وجود اینکه مسئولان راه‌آهن از عملکرد علی دایی در این تیم رضایت داشتند و او برای لیگ سیزدهم با این تیم قرار‌داد داشت بعد از توافق با مسئولان باشگاه راه‌آهن، دایی در لیگ سیزدهم به باشگاه پرسپولیس برگشت. دایی در برگشت به پرسپولیس موفق شد بهترین عنوان خود با پرسپولیس را در لیگ برتر به دست آورد و با این تیم به مقام نایب‌قهرمانی لیگ برتر برسد.

با وجود اینکه علی دایی موفق شده بود دو بار پرسپولیس را به قهرمانی جام حذفی برساند در بازگشت به این تیم نتوانست در جام حذفی قهرمان شود و سرخ‌پوشان پایتخت با شکست مقابل فولاد خوزستان در ضربات پنالتی از جام حذفی کنار رفتند.

تیم دایی در لیگ سیزدهم نکات مثبتی هم داشت که از آن جمله می‌توان به صدر‌نشینی پرسپولیس بعد از 110 هفته در لیگ برتر، 18 کلین‌شیت سرخ‌پوشان و میانگین 0.5 گل خورده در هر بازی که یکی از بهترین خط دفاع های تاریخ لیگ برتر را ساخت، اشاره کرد. پرسپولیس در لیگ سیزدهم با دایی پس از شش سال بالاتر از استقلال در جدول رده‌بندی قرار گرفت و بعد از دو سال موفق شد به آسیا صعود کند.
* دومین اخراج

علی دایی که توانسته بود با پرسپولیس سهمیه آسیا را به دست آورد در لیگ چهاردهم هم کار خود را با این تیم ادامه داد. بعد از اینکه دایی با مدیریت علی پروین بعد از استعفای محمد رویانیان توانست با پرسپولیس نایب‌قهرمان لیگ برتر شود در لیگ چهاردهم علیرضا رحیمی مدیرعامل سابق سپاهان، جایگزین علی پروین در این تیم شد.

فصل برای پرسپولیسی‌ها با اختلافات حمید‌رضا سیاسی رئیس هیأت‌مدیره باشگاه و علی دایی آغاز شد. در نهایت حمید‌رضا سیاسی بعد از باخت سرخ‌پوشان در ورزشگاه آزادی مقابل تراکتورسازی تبریز علی دایی را از سمت خود برکنار کرد.

دایی در حالی از هدایت پرسپولیس کنار رفت که از هفت بازی، هشت امتیاز به دست آورده بود و انتظار داشت مسئولان این باشگاه از او حمایت کنند. اخراج دایی کمکی به پرسپولیس نکرد و این تیم در ادامه لیگ برتر حمید درخشان و برانکو ایوانکوویچ را به‌عنوان سرمربی روی نیمکت خود دید و در نهایت به مقامی بهتر از هشتمی نرسید.

* بازگشت خوب با صبا

علی دایی که در لیگ چهاردهم از پرسپولیس اخراج شده بود مانند دوران اخراج اول خود در تیم ملی چند ماهی هدایت تیمی را بر عهده نگرفت. دایی چند روز مانده به آغاز لیگ پانزدهم به‌عنوان سرمربی صبای قم جایگزین مهدی تارتار شد. با وجود اینکه دایی کارش را در قم دیر شروع کرد ولی عملکرد خوبی در این تیم در نیم فصل اول داشت و در مقطعی (هفته 13) تا رده چهارم جدول رده‌بندی هم رسیدند اما در نهایت فصل را با رده هفتمی به پایان رساندند.