وی با اشاره به موضوع هسته‌ای گفت: زمانی که دولت در دست داعیه‌داران «ایران برای همه ایرانیان» بود، آنها تلاش داشتند تا با امریکایی‌ها مذاکره کنند، اما امریکایی‌ها قبول نمی‌کردند، و حتی در پاسخ به پیشنهاد غیررسمی ایران علاوه بر مسئله هسته‌ای، درباره موضوع فلسطین و ...، پاسخ دادند که «ما با تروریستها مذاکره نمیکنیم» اما هنگامی که گفتمان اتکا به توانمندی‌های داخلی قوت گرفت، این امریکایی‌ها بودند که خواهان مذاکره بودند. از این‌رو پس از آن که فعالیتهای هسته‌ای در کشور توانست در عمل پیشرفت خود را به طرف مقابل تحمیل کند، آنها با کنار گذاشتن پیش‌شرط خود، مجبور شدند مانند بقیه اعضای گروه 1+5 در میز مذاکره حاضر شوند.
باقری با اشاره به این که مذاکره به تنهایی موضوعیت ندارد، بلکه مذاکره‌ای مطلوب است که تأمین کننده منافع کشور باشد، اظهار داشت: در ژنو 3 یعنی در آذر ماه 88 آمریکایی‌ها 9 بار و در استانبول یک یعنی بهمن 88، 16 بار درخواست مذاکره کردند.
وی گفت: ما به واسطه‌ها گفتیم اگر امریکایی‌ها برای مذاکره جدی هستند باید چند شرط را رعایت کنند از جمله این که چون موضوع هسته‌ای است، لذا باید بپذیرند که NPT مبنای مذاکره باشد. بعد از پیگیری واسطه‌ها در نهایت امریکایی‌ها این شرط را نپذیرفتند و خود واسطه‌ها نیز قانع شدند که امریکایی‌ها در انجام مذاکره صادق نیستند.
عضو ارشد سابق تیم مذاکره کننده هسته‌ای اضافه کرد: اما چند ماه بعد، در استانبول دو یعنی فروردین 91 آمریکایی‌ها در مذاکرات متن نامه اوباما را خطاب به رئیس هیأت مذاکره کننده ایرانی قرائت کردند که در آن نامه اوباما، نه تنها آن شرط را پذیرفت (پذیرش حقوق هسته‌ای ایران در چارچوب ان پی تی)، بلکه تصریح کرد که امریکا نمی‌خواهد ایران در حقوق و تکالیف هسته‌ای ان پی تی یک استثنا باشد (نفی حقوق کمتر و تکالیف بیشتر برای ایران توسط رئیس جمهور امریکا).
باقری ادامه داد: این دستاورد حاصل اتکا به ارزشها در سیاست خارجی و آغاز سیاست خارجی از منابع قدرت داخلی بود. به عبارت دیگر بدون مذاکره، ولی با سیاست‌ورزی متکی به ارزشها و توانمندی‌های داخلی، امریکا مجبور به عقب‌نشینی از مواضع خود و احترام به حقوق ایران شد.
وی با تاکید بر اینکه پافشاری بر ارزشها در سیاست خارجی منافع ملی را در بر دارد، خاطر نشان کرد: این شبهه که اتکا و پافشاری روی ارزشها در سیاست خارجی موجب لطمه دیدن و تضییع منافع ملی می‌شود گزاره‌ای غلط است.
باقری گفت: این گزاره را کسانی ترویج می‌کنند که یا شناخت درستی از ارزشهای مورد نظر امامین انقلاب در عرصه سیاست خارجی ندارد و یا این که در زمین دشمن که درصدد انهدام منابع قدرت ملی است، بازی می‌کنند.
باقری تصریح کرد: پافشاری بر ارزشها در سیاست خارجی عین عقلانیت است، اما عقلانیتی که منافع ملی ایران را تأمین می‌کند و نه عقلانیتی که مورد قبول کاخ سفید است.