ماجرا از عدم اجازه سخنرانی وی در مشهد نشأت می‌گرفت. نامه تند علی مطهری هم در مورد لغو همین سخنرانی بود. وی در این واقعه به ماجرای جنجالی شیراز اشاره کرد و از حجت‌الاسلام حسن روحانی خواست تا فکری به حال اوضاع مشهد کند با قید اینکه اگر کاری صورت نگیرد مجلس خود دست به کار می‌شود.

نائب رئیس مجلس شورای اسلامی کنایه‌هایی هم به برخی شخصیت‌های مشهدی به خصوص به آیت الله علم‌الهدی، امام جمعه مشهد مقدس زد.

وی در نامه گلایه‌آمیزش به رئیس‌جمهور در این باره این‌چنین نوشت: «امیدوارم این نامه از آقای علم الهدی امام جمعه مشهد نباشد. ارتباط این موضوع با دادستان و احیانا امام جمعه برای من روشن نیست. آن که در این موارد مسئولیت دارد استاندار و شورای تامین است که ظاهرا مسلوب الاختیارند. لطفا برای ما روشن فرمایید که حاکم در استان خراسان رضوی استاندار است یا دادستان و امام جمعه؟»

محسنی اژه‌ای معاون اول قوه قضاییه درباره لغو سخنرانی مطهری گفت: برداشت من این بوده که با توجه به مجموعه مسائل روزهای قبل آن روز و نامه ها و خبرهایی که به دادستان می رسید مبنی بر اینکه اگر این مراسم تشکیل شود و در آن مراسم چارچوب ها شکسته شود ما به آنجا می رویم و واکنش نشان می دهیم. طبق این موازین اقدام دادستان مطابق با قانون بوده که البته اگر شورای تامین تشکیل می شد خیلی بهتر بود.

حال سئوالات و نکات قابل تاملی در این عرصه وجود دارد که به قرار زیر بدان اشاره می‌شود:

1- چه کسی پاسخگوی تهمتی است که مطهری به آیت الله علم‌الهدی زد: بعد از بررسی موضوع مشخص شد که امام جمعه مشهد در این زمینه دخیل نبوده است و دادستانی مشهد طی دلایلی که برخی آن‌را به واسطه سخنان عجیب مطهری درباره امام رضا (ع) قلمداد کرده‌اند و گزارش‌هایی که به وی داده شده است که در خصوص این سخنرانی تدابیر لازم را انجام دهد، حکم به لغو این مراسم داده است.

مطهری در نامه خود به اصطلاح یکی به نعل و یکی به میخ زده است و از یک سو اظهار امیدواری می‌کند که امام جمعه مشهد در این زمینه دخیل نباشد اما از سوی دیگر با کنایه به دخالت امام جمعه مشهد در این زمینه اشاره می‌کند که دستاویزی برای برخی توهین‌ها به آیت الله علم الهدی می‌شود.

2- دروغ و غیبت اتفاق افتاده است: علی مطهری می‌توانست به جای جنجال‌سازی با نامه و ذکر نام یک فرد که اغلب شیوه عملکردی اوست این موضوع را از مراجع ذی‌ربط و با استفاده از جایگاه نمایندگی‌اش جویا شود اما با رسانه‌ای کردن این موضوع و انتساب تلویحی آن به آیت الله علم‌الهدی درواقع فعل دروغ وغیبت را به طور توامان در نامه انجام داده است.

3- سازماندهی هجمه به امام جمعه مشهد: نامه علی مطهری درباره لغو سخنرانی‌اش در مشهد و با سئوال کنایه‌آمیز « حاکم مشهد کیست؟» سیلی از اتهامات و توهین‌ها را به سمت امام جمعه مشهد روانه ساخت.

نامه‌ای که از آن تلاشی سازماندهی شده علیه یک شخصیت سیاسی مذهبی کلید خورد و خوراک و محتوایی دروغی برای فعالیت رسانه‌های ضدانقلاب علیه کشورمان به‌وجود آورد. در این زمینه از رسانه‌های زنجیره‌ای اصلاح‌طلب تا ضدانقلاب دست به کار شده و با کنایه‌ای که علی مطهری در این زمینه زده بود کار را به توهین و افترا کشاندند.

4- علی مطهری عذرخواهی نکرد: با مشخص شدن علت لغو سخنرانی علی مطهری وی از اتهاماتی که علیه آیت‌الله علم‌الهدی در این باره زده‌ و او را مسبب ماجرا معرفی کرد هنوز رسما عذرخواهی نکرده است. در صورتی که مطهری به عنوان یکی از وکلای ملت در قوه مقننه بایستی افعال خود را بر اساس موازین قانونی هماهنگ سازد.

5- چه کسی کشور را از موضوعات اصلی به سمت موضوعات حاشیه‌ای هدایت کرد: نامه علی مطهری به حسن روحانی در حالی به نگارش در آمد که در موارد بسیار دیگر از جمله مسئله برجام که به زعم بسیاری از کارشناسان، اقتصاد کشور به خاطر آن مسکوت مانده و رکود اقتصادی به سبب آن تشدید شده است، نامه‌‌ای از علی مطهری در فضای سیاسی کشور نمی‌بینیم.

رئیس‌جمهور نیز بلافاصله به نامه مطهری پاسخ داده و اتفاقی که افتاده را مایه شرمساری دانست و برخی از وزرای کابینه خود را مامور بررسی این ماجرا کرد. موضوعی که با واکنش افکارعمومی همراه شد که مسائل دیگر از جمله عدم رسیدگی به مسائل معیشتی مردم بیشتر مایه شرمساری است.