در همین زمینه 10 حزب اصلاح‌طلب در قالب شورای هماهنگی اصلاحات با صدور بیانیه‌ای کنایه‌آمیز که فعالیت خارج از قالب حزب را فعالیت بی‌شناسنامه و غیردموکراتیک می‌خواند، تاکید کردند: «پر واضح است که جایگزین کردن افراد و شخصیت‌ها و گروه‌های فاقد شناسنامه حزبی و قانونی، به معنای نادیده گرفتن فرهنگ دموکراسی و تقویت فردمحوری و دوری از خرد جمعی و روی آوردن به استبداد و شخص‌محوری خواهد بود. براساس مطالب پیش گفته، اعلام می‌نماییم که از این پس، تمامی فعالیت‌های سیاسی اصلاح‌طلبان، تنها در قالب احزاب و تشکل‌های قانونی انجام خواهد شد و شورای هماهنگی جبهه اصلاحات (اصلاح‌طلبان) و کمیته‌های مربوطه، در مرکز و استانها و شهرستان‌ها طبق آیین‌نامه‌های مصوب، انجام وظیفه می‌نمایند و در موارد گوناگون با صاحب‌نظران و شخصیت‌ها مشورت خواهند کرد.»[1]
بر همین اساس تصمیم‌گیری‌هایی که در شورای سیاستگذاری اصلاحات صورت می‌گیرد که گاها وابسته به انتخابات هستند سبب بروز اختلافات و ناهماهنگی‌هایی در این جریان شده که اعضای شورای هماهنگی اصلاحات آنرا کار خود دانسته و به مثابه دخالت در امور خود به آن می‌نگرند.
اخیرا نیز در شورای سیاستگذاری به ریاست عارف رابطین استانی جهت تشکیل شورای اصلاح طلبان استانها انتخاب و مقرر شد این شوراها در روزهای آینده در استانها با هماهنگی رابطین توسط احزاب و اشخاص اصلاح‌طلب استانها تشکیل شود.[2]
این درحالی است که پیش از این احزاب مردم سالاری و اعتماد ملی که در ساختار شورای هماهنگی فعالیت خود را تنظیم می‌کنند نسبت به دخالت شورای سیاستگذاری در کار استانها انتقاد کردند.
وی با بیان اینکه نظر اکثریت روی مرکزگرایی است، تاکید کرد: « تعداد کسانی که می‌گویند در استانها و شهرستان‌ها اصلاح‌طلبان مستقل عمل کنند بسیار کم است. آنها در اقلیت هستند.»
البته میرزایی اظهار امیدواری کرده که این اختلافات در سطوح بالاتری و با میانجی‌گری زعمای این جریان حل شود اما از سوی دیگر از گروکشی برخی از اصلاح‌طلبان که پایه و ریشه سهم‌خواهی دارند نیز انتقاد کرده است.
او درباره طرح نامزد پوششی ازسوی برخی اصلاح طلبان نیز گفت: «دنبال حق خواهی و گروکشی هستند که آقای روحانی به این شرط و به این شکل از شما حمایت می‌کنیم. اما به نظر من به سهم خواهی شان نمی‌رسند. »
با این حال به نظر می‌رسد که در دو حیطه کلی در جریان اصلاحات اختلافات بروز کرده است که چندان موضوع قدیمی نیست. اول اینکه اصلاح‌طلبان در حوزه مدیریتی این جریان و اینکه چه کسی و گروهی هدایت این جریان را برعهده بگیرد دچار چالش و اختلاف هستند. ثانیا در حوزه تعیین نامزد نیز اگرچه دست اصلاح‌طلبان در این زمینه بسته است اما اختلافاتی بروز کرده که به سهم‌خواهی در این جریان تعبیر می‌شود. البته ضعف عملکردی دولت و وقایع مهمی که بر تصمیمات اصلاح‌طلبان اثر می‌گذارد نیز ممکن است مزید علت شود و این جریان را برای تعیین نامزدهای جایگزین ترغیب کند که تا به اینجا نام اشخاصی چون اسحاق جهانگیری و محمدرضا عارف به میان آمده است که البته بیشتر به طور احتمالی از نامزدی این افراد سخن به میان آمده است.