فرماندهی وقت کل سپاه، به فرماندهی قرارگاه کربلا، احمد غلامپور مأموریت طرح‌ریزی و آماده‌سازی منطقه عمومی شرق بصره را واگذار کرد.
فرماندهی قرارگاه کربلا نیز پس از دریافت مأموریت و مشخص شدن یگانهای تابعه خود به سرعت اقدام به تشکیل جلسات توجیهی و ابلاغ مأموریت هر یک از یگانهای تابعه پرداخت.
به علت درصد بالای انهدام در برخی از یگانها در نبرد کربلای چهار و عدم آشنایی بعضی دیگر با منطقه تعیین شده، جلسات توجیهی برای مجاب کردن فرماندهان آن یگانها مطول و سبب ایجاد نوعی عقب ماندگی و عدم هماهنگی در انجام کارها شده بود، به طوری که فرماندهی قرارگاه کربلا به نشانه اعتراض به وضعیت موجود به فرماندهان رده بالا از پای کار نیامدن کامل تیپ 18 الغدیر استان یزد و لشکر 33 المهدی استانهای بوشهر و فارس شکایت کرد و چنین اظهار داشت: «اینها اصلاً باور ندارند که به همین زودیها عملیات می‌شود؛ برای همین برای شناسایی نیامده‌اند.»
به هر حال، مشکلات مربوط به موضوعات شناسایی و طرح مانور جناح راست، مسائل مهندسی، آتش و بسیاری از مسائل دیگر که در طرح‌ریزی هر نوع عملیاتی حتی تک‌های تعجیلی باید حل می‌شد، همچنان در مراحل اجرای عملیات به صورت لاینحل باقی مانده بود.
طبق طرح عملیاتی، قرارگاه کربلا مأموریت داشت محورهای پنج ضلعی، جاده شلمچه-بصره، غرب کانال پرورش ماهی، پاسگاه و پد بوبیان را تصرف و تأمین کند و ضمن پدافند از مواضع متصرفی، زمینه را جهت عبور قرارگاه‌های قدس و نجف برای ادامه تک فراهم کند.
این قرارگاه، جهت سهولت در اجرای مانور خود چهار محور را برای انجام عملیات با دو فلش، یکی تلاش اصلی «از شمال به جنوب» و دیگری یک تلاش فرعی از منتهی‌الیه جناح راست عملیات پاسگاه و پد بوبیان با سمت 90 درجه «از شرق به غرب» طرح‌ریزی کرد؛ این چهار محور و سازمان رزم قرارگاه در عملیات کربلای پنج عبارتند از:
جناح راست: پاسگاه و پد بوبیان، سیل بندهای محل اتصال شرق کانال پرورش ماهی با اراضی مربعی شکل جنوب پاسگاه زید.
یگانهای عمل‌کننده: تیپ 18 الغدیر استان یزد و لشکر 33 المهدی استانهای بوشهر و فارس.
محور دوم: غرب کانال پرورش ماهی تا شمال پنج ضلعی.
یگانهای عمل‌کننده: لشکر 41 ثار الله استانهای سیستان و بلوچستان، کرمان و هرمزگان و لشکر ویژه 25 کربلا استانهای گلستان فعلی، گیلان و مازندران.
محور سوم: غرب و جنوب پنج ضلعی.
یگانهای عمل‌کننده: لشکر 31 عاشورا استانهای آذربایجان شرقی، غربی و اردبیل و 19 فجر استانهای بوشهر و فارس.
محور چهارم: منتهی‌الیه سمت چپ خط حد قرارگاه کربلا در عملیات کربلای پنج از جنوب پنج ضلعی تا جاده شلمچه-بصره.
یگانهای عمل‌کننده: بخشی از لشکر 19 فجر استانهای بوشهر و فارس و لشکر 10 نیروی مخصوص سید‌الشهدا (ع) استان البرز فعلی و مناطقی از غرب و شمال استان تهران.
تاریخ انجام عملیات، شامگاه روز هفدهم دی ماه سال 1365 بود که به علت وضعیت جوی نامناسب انجام عملیات به روز بعد موکول شد.
علی‌رغم هماهنگ نبودن یگانهای عمل‌کننده و آغاز درگیری زودهنگام در برخی محورها، دشمن غافلگیر شد و تا روشن شدن هوا نتوانست عکس‌العمل شایسته‌ای نشان دهد.
پس از روشنایی هوا و کشف تک خودی توسط دشمن، حجم آتش سنگینی روی نیروهای خودی گشوده شد؛ ارتش بعثی-صهیونیستی صدام تلاش می‌کرد با یگانهای احتیاط دست نخورده موجود خود در منطقه، پاتک کند و نیروهای خودی را به علت عدم تثبیت سر پلها (جای پا) و بعضاً جناح دادن به دشمن مانند محور اول (جناح راست عملیات) از منطقه به عقب برانَد، لیکن این تلاش‌های مذبوحانه به جایی نرسید و در بسیاری از محورها یگانهای عمل‌کننده توانستند مواضع متصرفی را تثبیت و تحکیم کنند.
شب و روز دوم نبرد نیز (بیستم دی ماه سال 1365) در مرحله دوم عملیات، به پر کردن رخنه‌ها، تثبیت و تحکیم مواضع و در برخی محورها به توسعه وضعیت گذشت و در شب سوم قرارگاه کربلا با ورود لشکر 27 پیاده-مکانیزه محمد رسول الله (ص) استان تهران به فرماندهی حاج محمد کوثری به منطقه، ضمن هماهنگی با لشکر 10 نیروی مخصوص سید الشهدا (ع) استان البرز فعلی و مناطقی از غرب و شمال استان تهران –که از سمت چپ آن یگان وارد عمل می شد- و لشکر ویژه 25 کربلا نیز از سمت راست مرحله سوم عملیات را آغاز کرد؛ در این مرحله اگرچه آن سه یگان بخشی از غرب کانال پرورش ماهی را تأمین کردند؛ ولی پاتکهای سنگین دشمن، سبب شد که از مواضع متصرفی عقب بنشینند.
15 روز مدام مقاومت رزمندگان اسلام در مقابل شدیدترین پاتکهای یگانهای فوق‌العاده زبده ارتش بعثی-صهیونیستی صدام باعث خوشنودی قلب رهبرشان حضرت روح الله و پذیرش درخواست دیدار با رزمندگان یکه‌تاز لشکر 10 نیروی مخصوص سید‌الشهدا (ع) استان البرز فعلی و مناطقی از غرب و شمال استان تهران شد.
در بهمن ماه و اسفندماه سال 1365 عملیات کربلای پنج و مرحله تکمیلی آن با هدف تعمیق پیشروی‌ها توسعه وضعیت و نزدیکتر شدن به دروازه‌های شرقی شهر بصره ادامه یافت؛ ولی پاتکهای سنگین و استفاده گسترده دشمن از سلاح‌های شیمیایی در منطقه، سبب محقق نشدن کامل اهداف و تثبیت نیروهای خودی در غرب نهر جاسم شد.