روزنامه جمهوری اسلامی با اشاره به ریاست آیت‌الله خامنه‌ای بر اولین مجمع تشخیص مصلحت با حکم حضرت امام خمینی می‌نویسد؛ با تشکیل مجمع تشخیص مصلحت نظام، آیت‌الله خامنه‌ای که در آن زمان رئیس‌جمهور بودند، عهده‌دار ریاست آن شدند. این دوره به مدت کمتر از دو سال طول کشید و چون امام خمینی در خرداد 1368رحلت نمودند و حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به رهبری انتخاب شدند، آیت‌الله هاشمی رفسنجانی که در همان سال به ریاست جمهوری انتخاب شده بود، ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام را برعهده گرفت.
بدین ترتیب، در دوره‌های اول و دوم ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام با رئیس‌جمهور بود.
بعد از آنکه دوران ریاست جمهوری آیت‌الله هاشمی رفسنجانی در سال 1376 پایان یافت، ایشان با حکم رهبری در ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام ابقا شد و تا پایان عمر یعنی 19 دی‌ماه 1395 عهده‌دار این مسئولیت بود.
این روزنامه می‌افزاید: اینکه در دوره‌های اول و دوم، ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام برعهده رئیس‌جمهور بود، به نظر می‌رسد یک رویه است. ابقای آیت‌الله هاشمی رفسنجانی در ریاست مجمع نیز به نوعی استمرار همان رویه محسوب می‌شود. بر همین اساس، این احتمال وجود دارد که رئیس‌جمهور کنونی به ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام منصوب شود هر چند انتصاب رئیس مجمع از اختیارات رهبری است و باید منتظر ماند تا ایشان در این زمینه تصمیم بگیرند.