مبارزه با تفکر وهابی
محمد این عبدالوهاب معاصر شیخ جعفر کاشف الغطاء بود. وی با احیاء آراء ابن تیمیه و با تعامل با محمد بن سعود؛ جد آل سعود تفکر وهابی را گسترش داد. وهابیت با شعار دفاع از اندیشه توحیدی و نفی شرک به مبارزه با دیگر فرق اسلامی پرداخت. عالمان شیعه و سنی در برابر تفکر وهابی موضع گرفتند. نخستین کتاب علیه تفکر وهابی را برادر محمد ابن عبدالوهاب با نام الصواعق الالهیه فی الرد الوهابیه نوشت.
نخستین کتابی که از طرف عالمان شیعه بر رد عقاید وهابی نگاشته شد، منهج الرشاد است که شیخ جعفر کاشف الغطاء نگارنده آن است. وی این کتاب را در پاسخ رساله ای که یکی از امیران آل سعود به نام عبدالعزیز ابن سعود برای او فرستاده بود، نوشت و در آن مجموعه عقاید محمد ابن عبدالوهاب را جمع کرد. این کتاب در سال ۱۳۴۳ قمری در نجف چاپ شد.
مبارزه مسلحانه با هجوم وهابیت
با گرایش ابن سعود به وهابیت، محمد ابن عبدالوهاب به وی نوید تسلط بر همه شبه جزیره را داد. با کافر حربی خواندن دیگر مسلمین به آنان یورش بردند و در نجد و یمن و حجاز و سوریه و عراق جنگ‌هایی را راه انداختند. محمد ابن عبدالوهاب در سال ۱۲۰۶ مرد، اما پیروانش این جنگ‌ها را ادامه دادند. در سال ۱۲۱۶ امیر سعود با بیست هزار نفر به کربلا حمله ور شد و با غلبه بر مدافعان شهر بیش از پنج هزار نفر را کشت و خزانه‌های حرم اباعبدالله را غارت کرد. این حمله در حالی انجام شد که بسیاری از اهالی کربلا در عید غدیر به نجف اشرف رفته بودند.
سعودبن عبدالعزیز، پس از قتل و غارت در کربلا، متوجه نجف اشرف گردید و آن را محاصره کرد و تعدادی از مردم نجف را به قتل رساند. نخستین اقدام مردم نجف این بود که خزانه حرم امیر مؤمنان علی(ع) را به بغداد منتقل ساختند تا مانند خزانه حرم نبوی به غارت نرود. پس از آن آماده دفاع از وطن و جان خود شدند. رهبر مردم در دفاع از شهر نجف، عالم بزرگ شیعه «علامه شیخ جعفر کاشف‌الغطاء» بود که علمای دیگر نیز او را یاری می‌کردند. تعداد وهابیان مهاجم به نجف ۱۵۰۰۰ تن بودند که ۷۰۰ نفر از آنان به هلاکت رسیدند و بقیه به ناچار از شهر عقب نشستند و به غارت نواحی و اطراف پرداختند.
پس از این حادثه براى اینکه نجف اشرف از هر گزندى مصون بماند، شیخ جعفر اقدام بـه ساختن سور نجف [دیوارى بزرگ دراطراف نجف اشرف] نمود و محمد حسن خان صدر اصفهانى به دستور آن بزرگوار کار ساختمانى این سور مهم را به عهده گرفت و بنا کرد.
مبارزه با روس‌ها در حمله به ایران
در هنگام جنگ روس و ایران شیخ جعفر کاشف الغطاء با توجه به مقام خود به مردم فرمان داد تا در برابر روس‌ها بایستند و نیز مقام فرماندهی جنگ را به عنوان نایب امام عصر در اختیار فتحعلی شاه قرار داد.
«من اگر مجتهد هستم و قابلیت نیابت از سادات زمان را دارم به سلطان ابن سلطان، خاقان ابن خاقان موید به عنایت خدای منان فتحعلی شاه که خدا سایه او را بر سر مردم مستدام بدارد اذن می دهم که آنچه برای هزینه جنگ و سرکوبی اهل کفر طغیان نیاز دارد، از خراج و درآمد زمین‌های مفتوحة العنوه و نظیر آن و نیز زکات طلا و نقره و جو و… بگیرد و… به هر مسلمانی واجب است امر سلطان را اطاعت کند.»