به گزارش مشرق، منتقدین تاسیس این دانشگاه، دو شاخص «عدالت» و «فساد سازمان یافته مالی» را از بزرگترین ایرادات «مبنایی» عنوان می‌کردند و موافقین افزایش «سواد آکادمیک» جامعه و «توسعه» اجتماعی، فرهنگی و «اقتصادی» شهرها و روستاهای کوچک.
اما طی فعالیت‌های این دانشگاه که منتقدان آن را یک «مدیریت بسته» عنوان می‌کردند، انتقادات فراوانی را درباره فعالیت‌های غیرآموزشی این دانشگاه در پی داشته است؛ ریاست طویل المدت عبدالله جاسبی طی سال‌های ۶۱ الی ۹۰، عدم شفافیت مسئولین سابق در قبال مسائل مالی و جهت‌دهی «سیاسی» این دانشگاه به خصوص در ماجرای انتخابات سال ۸۸ باعث شد نگاه‌ها بیش‌ازپیش حتی از سوی تشکل‌های دانشجویی به این مدیریت دانشگاه آزاد جلب شود.
در این میان، حضور کوتاه مدت فرهاد دانشجو طی سال‌های ۹۰ الی ۹۲ به دلیل آنچه منتقدین «باند قدرت» عنوان می‌کردند، نتوانست این مسائل را آشکار کند، اما با انتخاب علی اکبر ولایتی به‌عنوان رئیس‌جدید هیئت امناء در اواخر سال ۹۵، همه معادلات قبلی به‌هم خورد تا طی روزهای اخیر پس از دستور حسابرسی مالی این دانشگاه، بار دیگر هجمه‌ها علیه مدیریت جدید آغاز شود!
این مسئله آنجایی با جنجال آفرینی همراه شد که ابتدای هفته جاری، سید حسن خمینی در نامه‌ای به رئیس‌دولت یازدهم مدعی شد روند عزل حمید میرزاده رئیس‌سابق این دانشگاه «از وجاهت قانونی برخوردار نیست و شبهه غیر‌قانونی دارد.». وی همچنین اعلام کرده نصب سرپرست دانشگاه بدون رأی‌گیری در هیئت‌امنای دانشگاه بوده است. او بر همین اساس از حسن روحانی خواست نسبت به این موضوع رسیدگی کند.
این نامه کافی بود که واکنش‌ها را به خود جلب کند. علی اکبر ولایتی در گفت‌وگو با کیهان، برخی از دلایل هیاهوهای اخیر را این‌گونه بیان کرد: «بخشی از مشکل اصلی در این میان دخالت فرزندان آقای میرزاده در امور دانشگاه آزاد و دخالت آنها در انعقاد قراردادهای مالی کلان است که اسناد همه اینها موجود است. جلسه فوق‌العاده تشکیل دادیم. در این جلسه تمام ۹ نفر اعضای هیئت امنا حاضر بودند. دستور جلسه رسیدگی به همین مفاسد مالی بود. در این جلسه آقای علی‌محمد نوریان دبیرکل هیئت موسس که منصوب مرحوم رفسنجانی بود چند نمونه از فسادهای مالی ثابت شده مدیریت دانشگاه آزاد را با اسلاید مدارک (که شامل ۶ زونکن بود) نشان داد.»
حجت‌الاسلام محمدیان رئیس‌نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری نیز در مصاحبه‌ای ضمن بیان جزئیات جلسه عزل میرزاده گفت: «جای بسیار تعجب است که یکی از آقایان عضو هیئت امنا که حداقل در عزل و نصب سه رئیس‌دانشگاه آزاد در زمان مرحوم آقای رفسنجانی حضور داشت و کمترین اعتراضی نکرد، اکنون که به صورت کاملا قانونی و مطابق اساسنامه رئیس‌دانشگاه برکنار و سرپرست قانونی به جای ایشان انتخاب شده است، لب به اعتراض می‌گشاید!ای کاش حداقل یکبار اساسنامه دانشگاه آزاد را مطالعه می‌کردند!»
از سوی دیگر تشکل‌های دانشجویی نیز به اظهارنظر درباره این جنجال پرداختند؛ ۱۰ دفتر انجمن اسلامی دانشجویان در نامه‌ای به حسن خمینی از وی خواستند: «بیت صالحه امام(ره) را بیش از این به حمایت از فساد آلوده نکنید.»!
اما این ماجرا طی هفته گذشته وارد دور تازه‌ای شد و اکثر روزنامه‌های کشور تیتر اول خود را به این مسئله اختصاص دادند.
روزنامه معلوم الحال آفتاب یزد، در گزارشی با عنوان «پیوند ولایتی و کیهان!» با «دعوا بر سر قدرت» دانستن این ماجراها نوشت: «دیگر پرده‌ها کنار رفته است، صحبت از حفظ حرمت و عیب‌پوشی نیست. دیگر کسی با کسی تعارف هم ندارد. اختلافات در دانشگاه آزاد اسلامی و هیئت امنای آن به حد اعلا رسیده و عنان از دست دو طرف دعوا(!) به در رفته است. این دانشگاه این روزها بدجور در سیاست و جنگ قدرت غوطه‌ور شده و فرصتی است برای تسویه حساب‌های شخصی.»!
این روزنامه اصلاح‌طلب در گزارش خود بدون اشاره به مسئله شفافیت مالی این دانشگاه و با «بهانه» دانستن عزل میرزاده، در ادامه می‌نویسد: «اما تغییرات عمده در ساختار دانشگاه آزاد پس از تلاش ولایتی و بر مسند نشاندن نوریان، به عنوان رئیس‌دانشگاه آزاد، بیش از هر زمانی نشان می‌دهد که فساد میرزاده تنها یک بهانه برای پاکسازی این دانشگاه و سیاسی‌کاری در آن است، که اگر نبود، تمامی معاونت‌های دانشگاه آزاد و حتی برخی از مدیرکل‌‌های بخش‌‌های نامرتبط با مسائل مالی و اقتصادی، از جمله حوزه فرهنگی، در این دانشگاه تغییر نمی‌کردند و عزل‌ها به همان میرزاده و یا کسانی که در این فساد دخیل بودند ختم می‌شد، نه آنکه حتی به یاسر‌هاشمی هم رحم نشود و او را عزل نموده تا هاشمی زدایی در دانشگاه آزاد را به طور کامل در معرض بگذارند.»!
روزنامه آرمان، منتسب به خاندان هاشمی رفسنجانی نیز در همین ارتباط، با تیتر «میرزاده سکوت را شکست»، برکناری یاسر هاشمی رفسنجانی و نزدیکان هاشمی را به عنوان خط اصلی گزارش خود انتخاب کرده است: «برکناری‌های زنجیره‌ای در دانشگاه آزاد که شامل فرزند و نزدیکان آیت‌الله هاشمی می‌شود، واکنش‌های زیادی را به دنبال داشته است، اما برکناری رئیس‌سابق این دانشگاه روایت مفصلی دارد، یعنی از سوم اردیبهشت که خبر برکناری میرزاده از ریاست دانشگاه آزاد منتشر شد تا همین امروز اخبار و حواشی این برکناری پررنگ است.»!
اما از سوی دیگر روزنامه‌هایی همچون وطن امروز، خراسان و جوان به بررسی دقیق‌تر این مسئله پرداختند.
روزنامه جوان در تیتر اول خود با عنوان «رسوایی باندبازها در صحنه دانشگاه آزاد» نوشت: «سال‌هاست که دانشگاه آزاد را ملک طلق هاشمی‌ها می‌دانند؛ اکنون هم که دم‌خروس فسادهای مالی دانشگاه آزاد بیرون زده، قسم‌های حضرت عباسی مدعیان بلند شده است. بیش از ۳۵ سال است که از این دانشگاه حسابرسی مالی به عمل نیامده و حالا که رئیس‌هیئت امنا دستور حسابرسی مالی صادر کرده است، یکی از اعضای هیئت امنا بدون مطالعه اساسنامه دانشگاه آزاد به رئیس‌جمهور نامه نوشته، میرزاده رئیس‌برکنار شده بیانیه داده و روزنامه‌های زنجیره‌ای - خاندانی هم به دفاع از حریم ملک طلق‌شان برخاسته‌اند. فسادهای مالی شرکت‌های خانوادگی دانشگاه آزاد برملا شده است و آنهایی که واهمه دارند جزئیات بیشتر حیف و میل چند ده ساله‌شان با شهریه‌های گزاف دریافتی از دانشجویان بیشتر از این رو شود، به فرافکنی روی آورده‌اند، وگرنه یک عزل و نصب و یک حسابرسی آن هم بعد از ۴۰ سال این همه نامه‌نگاری و هوچی‌گری ندارد.»
به علاوه، روزنامه وطن امروز نیز طی گزارشی تحت عنوان «آغاز حسابرسی از دانشگاه آزاد» در واکنش به حواشی رخ داده اخیر نوشت: «هر چند برکناری حمید میرزاده از ریاست دانشگاه آزاد اسلامی در اوایل اردیبهشت‌ماه سال جاری و به آرامی صورت گرفت اما یک نامه‌نگاری عجیب و روایت ۲ تن از اعضای هیئت امنای دانشگاه آزاد اسلامی از ماجرای برکناری ریاست دانشگاه، بار دیگر دانشگاه آزاد را در صدر توجهات قرار داد. در این میان آنگونه که علی‌اکبر ولایتی –رئیس‌هیئت امنا و هیئت موسس دانشگاه- گفته، فساد مالی و دخالت فرزندان میرزاده در قراردادهای دانشگاه آزاد از علل برکناری رئیس‌دانشگاه آزاد اسلامی بوده است.
پس از این بود که ولایتی، از یک موسسه حسابرسی مستقل خواسته به بررسی ۳۵ سال فعالیت مالی دانشگاه آزاد اسلامی بپردازد.»
به هر حال بار دیگر دانشگاه آزاد در معرض یک حسابرسی قرار گرفته است، موضوعی که با توجه به سرمایه «افسانه ای» که این دانشگاه از شهریه دانشجویانش اخذ می‌کند، با حواشی‌های زیادی همراه خواهد شد؛ مسئله‌ای که مجلس نیز به آن ورود پیدا کرده است. با این وجود باید منتظر ماند و دید که آیا پس از گذشت سالیان دراز، محتویات جعبه سیاه این دانشگاه برملا خواهد شد؟!