به گزارش گروه جهاد و مقاومت مشرق، طاهر اجاقلو در پاییز سال ۱۳۴۰ در زنجان متولد شد . پس از اتمام تحصیلات ابتدایی، در سال ۱۳۵۴ به مدرسه راهنمایی آیت‌الله طالقانی (فعلی) رفت و پس از پایان موفقیت‌آمیز این دوره، در دبیرستان دکتر شریعتی (فعلی) زنجان ثبت‌نام کرد و به تحصیل خود ادامه داد.
پدر طاهر از خصوصیات این دوره از زندگی پسرش چنین می‌گوید: در این دوره بیشتر اوقاتش را در خانه سپری می‌کرد و به مطالعه می‌پرداخت. با تشکیل بسیج به فرمان امام خمینی (ره) در پایگاه مسجد راه‌آهن زنجان ثبت‌نام کرد و روزها درس می‌خواند و شب‌ها نگهبانی می‌داد. او تا سال سوم دبیرستان ادامه تحصیل داد و سپس به عضویت سپاه پاسداران انقلاب اسلامی درآمد. خدمت‌گذاری بی‌منت و خالصانه به انقلاب و اسلام و طلبکار نبودن از انقلاب از مهم‌ترین ویژگی‌های طاهر در این دوره است. اولین بار در سن هجده سالگی عازم جبهه شد.
او ابتدا یک بسیجی ساده بود؛ اما دیری نگذشت که مسئولیت گروهان و سپس فرماندهی گردان و بالاخره فرمانده طرح و برنامه و عملیات لشکر ۱۷ علی بن ابی طالب (ع) را به عهده گرفت. با این حال هر گاه از وی سئوال می‌شد در جبهه به چه کاری مشغول است، پاسخ می‌داد: سنگر می‌سازم و سقای رزمندگان هستم. اولین بار که به جبهه رفت، بیش از سه ماه در منطقه بود و سپس برای پنج روز به مرخصی آمد.
بعد از آن، هر بار سه یا چهارماه در جبهه می‌ماند و به یک مرخصی دو و یا سه روزه می‌آمد.او ابتدا به مریوان اعزام شد؛ سپس به جزیره مجنون رفت و بعد در جبهه‌های جنوب و هر کجا که عملیات بود، حضور می‌یافت. دیری نپایید که ناصر برادر کوچک‌ترش نیز به جبهه شتافت. از آن پس، خانواده اجاقلو به طور مستمر یک یا دو رزمنده در جبهه داشت.
طاهر در عملیات سوسنگرد دچار مجروحیت نه چندان جدی از ناحیه پا و در بیمارستان اهواز بستری شد. ولی شب هنگام به دور از چشم پزشکان و نگهبانان از بیمارستان گریخت و به منطقه بازگشت. در جریان عملیات بیت‌المقدس در خرمشهر از ناحیه گردن مورد اصابت گلوله قرار گرفت؛ جراحتی که به سختی بهبود یافت. در این ایام وصیت‌نامه خود را نوشت که در بخشی از آن آمده است:«خوشحالم که جانم را نثار اسلام و مکتب محمد (ص) و علی (ع) می‌کنم و افتخار می‌کنم که مکتبم اسلام است؛ اسلامی که به من فهماند، چگونه بیندیشم، چگونه راهم را انتخاب کنم. ما خلق شده‌ایم تا آزمایش شویم و اساساً این جهان محل آزمایشی بیش نیست و زندگی جاوید در آن جهان است».
سر انجام طاهر اجاقلو در روز ۲۲ اسفندماه سال ۱۳۶۲ و چهار روز پس از شهادت برادرش ناصر بر اثر اصابت ترکش به سرش در عملیات خیبر در جزیره مجنون به شهادت رسید. پیکر مطهرش مدتی در منطقه عملیاتی باقی ماند و بعد از پایان عملیات به پشت خط انتقال یافت. آرامگاه شهیدان طاهر و ناصر اجاقلو در گلستان شهدای زنجان قرار دارد.